最近在做危险因素OR的森林图,stata效果较好。但也遇到问题,如一些文献中横坐标X轴坐标尺不一样,如何调整,论坛里一直每一找到这方面太多的解释,但在公卫人里面的peking_sky里面提到了这个问题的解决方法。坛里有朋友说是对数转换,是正解呀,但没有给出步骤。我就来个抛砖引玉吧,跟大家一起学习
Stata 做森林图,一个采用命令metan;一是用鼠标,即User---Meta-analysis下面的选项、
一、数据步:
1. 数据中输入4个变量分别为factor OR CI1 CI2 (分别代表OR值,CI下限、CI上限),并输入数值。
2.产生新变量,对数据进行对数转换。程序:
gene lnor=ln(OR)
gene lnci1=ln(CI1)
gene lnci2=ln(CI2)
二、作图步:
3.作图,我们看到的横坐标标尺不一样,即是使用了对数转换,使用eform这个命令:
Metan lnor lnci1 lnci2, eformlabel(namevar=factor)
4.我们常常在X轴上要添加坐标数值,常常0.5,1.0,10也要写上,用xlabel语句,如xlabel(0.5,1.0,10),数值可随意增加和修改,用逗号分开即可;X轴的坐标尺采用xtick命令,xtick只显示坐标轴下面的小线条即坐标尺,不出现数值,如xtick(2,3,4,5,6,7,8,9)。
5.我们如果是做危险因素OR的森林图,那我们常常不需要最后一行stata直接给出的overall,那就用nooverall,即overall那一行的OR不出现;不需要出现最右边加权项的值,则用noowt;图中的OR点上有时候去会看到灰色的大方块,这个灰色方块表示权重的大小,常常不好看,若不需要显示则用nobox。
好,那综合这个功能,做OR的森林图程序就是
metan lnor lnci1 lnci2,eformlable(namevar=factor) xlable(o.5,1.0,10) xtick(2,3,4,5,6,7,8,9) nowt nooverallnobox
若作图了,我们可以看到横坐标的标尺是不均衡的,这是由于上面采用了对数转换的关系。
但是,我们现在一般是采用鼠标点击User—Meta-analysis—of binary and continuous—进行操作。
在鼠标操作用,若要横坐标标尺不一致,使用的数据必须对数ln转换(用excel或者前面的gene命令语句),同时在effect选上Exponentiate。
这是采用了横坐标对数转换的图。(即使用ln数据,和选上Effect中的Exponentiate的结果)
对比一下,如果我们采用原始数据OR,CI1,CI2作图的话,同时不勾选Exponentiate(下面这个图的横坐标标尺是一致的、等距的)
这两个森林图相比,可能第一个比较方便,尤其是有OR的CI比较接近且小时候,第二个等间距坐标较难看,而且近似一个点。当然第二个森林图的标记线在X=0处,这是我们不需要的;我们需要的是X=1出,即在Graph Opts增加一个null(1)即可;若不写,此处默认是null(0),即X=0处。
好了,对比这几张森林图,我想,关于横坐标转换,标尺不一致的问题大家应该了解了,核心就是对原始数据对数转换,写程序的话,加上eform语句;若使用鼠标,也选对数的数据,同时选上effect中的exp选项。
当然,后续的图表编辑,修改Study id和变量、调整位置等,都是鼠标单击双击点选的问题了,比较繁杂。以后有机会再一块探讨吧~
版主水天之间留言:
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