从明朝以来，准噶尔汗国一直是中原帝国的威胁，它还叫“西蒙古”、“厄鲁特”等。
准噶尔地理位置十分重要，向南可控制西藏，向东可统一东蒙古，因而关系到大清西部边疆的稳定。大清如果不能控制准噶尔，东蒙古就不会安宁。没有了东蒙古的安宁，北京也不会安定。
明末清初，准噶尔汗国首领噶尔丹制定了统一天山南北，再东进，统一整个蒙古族，最后灭亡满清，恢复昔日大元基业的宏伟目标。这个计划野心勃勃，像成吉思汗一样建立庞大的帝国，一直都是大多数蒙古人的梦想。
但噶尔丹生不逢时，遇到了雄才大略的康熙，而大清也才入主中原不久，军队的战斗力仍非常强。那时，蒙古人分成几块，康熙的政策是分而治之。当时，康熙笼络和控制了北方的喀尔喀蒙古，支持它和准噶尔汗国对抗，充当战略屏障。这种策略导致噶尔丹无法东进，无法统一蒙古，也不能对抗大清。接着，康熙两次御驾亲征，举全国之力与之较量，均大败噶尔丹。
康熙三十六年（1697年），噶尔丹抑郁而亡。但其继承者很快又让西蒙古强大起来，继续与大清帝国对抗。雍正九年（1731年），大清军队和他们在蒙古地区和通泊大战，结果清军惨败。第二年，准噶尔汗国乘胜继续向大清这边进兵，幸亏喀尔喀蒙古拼命抵抗，阻止了准噶尔人。
这场战争双方虽然握手言和，划定了边界，带来了20年的和平，但准噶尔汗国一直虎视眈眈，随时会向大清帝国进攻。有人说那时他们就像狼群一样威胁着大清，一旦出现风吹草动，就立即会向大清的咽喉狠狠咬来。
乾隆登基后，时刻关注着准噶尔汗国的动向。早在乾隆十五年（1750年），准噶尔汗国有1000多户牧民归顺了清朝。乾隆赏给他们许多牲畜、土地，并从他们嘴里获得大量情报。乾隆得知，这时准噶尔汗国的首领策凌病死了，他的三个儿子为争夺汗位，大打出手，导致汗国四分五裂，力量衰微。乾隆十八年（1753年），又有1万多西蒙古人脱离了准噶尔汗国，投奔大清，也被乾隆接纳了。
掌握了很多关于准噶尔汗国的情报，乾隆做出决定：对准噶尔汗国发动战争，大举进兵。这个决定遭到很多大臣们的反对，但乾隆审时度势，认为如果不趁此有利时机出兵，一举消灭准噶尔汗国，不仅大清，西藏和东蒙古都将受到威胁，永无宁日。
乾隆认为，此时准噶尔内部分裂，而大清经过三代经营，国力强盛，胜利十拿九稳，出兵很有把握。至于后勤方面，乾隆认为，可让士兵自带两个月的口粮，其余的都在沿途取之于蒙古牧民，采取“因粮与敌”的办法，实际上就是让他们沿途抢掠。
经过乾隆苦口婆心的说服动员工作，朝廷大臣们的思想统一了，大清走上战争轨道。
第一次出兵是乾隆二十年（1755年2月），乾隆两路大军加上后勤民工共约8万人向准噶尔汗国进军。当时一个清军士兵配备了3匹战马，一共15万匹马，还有骆驼1万峰。
乾隆以准噶尔降将阿睦尔撒纳为先锋，浩浩荡荡，杀向准噶尔地区。此时，准噶尔汗国正逢内乱，人心厌战，清军一到，许多部落在头人的带领下，纷纷闻风而降，在数千里沿途，清军未遇到任何抵抗。
在众叛亲离的情况下，准噶尔汗国首领达瓦齐无心抵抗，率1万多人逃到伊犁，清军穷追不舍，把他抓获，押送到北京。
到北京后，乾隆为表示要怀柔准噶尔人，决定释放了达瓦齐，不仅把他封为亲王，入了旗籍，还在北京给他划了一块地。先锋阿睦尔撒纳则留在当地，与伊犁将军共同管理准噶尔人。
但阿睦尔撒纳并不安分，见清兵主力已退，萌发了做准噶尔新汗王的野心。平定准噶尔部后，乾隆准备把准噶尔人分成四部分，分而治之，但阿睦尔撒纳却提出，要当四个部落的首领，这就不是分而治之了。乾隆当然不同意这种想法，于是，在乾隆二十年（1755年），阿睦尔撒纳杀死清军官兵，自立为汗，决定造反了。
不得以，乾隆二十一年（1756年2月），乾隆只好第二次出兵，目的是剿灭阿睦尔撒纳。但清军第二次出兵时，准噶尔人四分五裂的情况已经发生变化，没有人再迎接清军。而清军还是采取“因粮于敌”的策略，士兵沿途夺走了牧民的牲畜、粮食，使大批百姓饿死，这种做法遭到喀尔喀蒙古、准噶尔人的强烈反对。包括喀尔喀蒙古在内，许多牧民百姓纷纷起来反抗清军。加上清军屡屡错失战机，阿睦尔撒纳一再逃脱，第二次用兵没能达到战役目标，只得撤回了。
乾隆意识到自己的失误，迅速采取了措施。他写信给喀尔喀蒙古首领，表示道歉和抚恤，许诺给他们很多利益，从而安抚住喀尔喀蒙古，扫除了后顾之忧。
乾隆二十二年（1757年3月），乾隆第三次出兵。这次，乾隆放弃了“因粮于敌”的做法，调集大批粮草，运到前线。而这时，经过连年战乱和饥荒，准噶尔人疾病流行，穷困交加，军队也毫无战斗力，根本不是清军对手。清军所到之处，都能迅速取胜，阿睦尔撒纳走投无路，逃到俄罗斯境内，后来病死于俄国。
西域彻底平定后，乾隆将这块160多万平方公里土地纳入了大清王朝的版图，并将其命名为“新疆”，这个名称也有“新附旧疆”之意。
乾隆平定“新疆”历时三年，花费了几千万两白银，三次进兵，折损了多名大将。战争中，准噶尔四部中只有杜尔伯特部第一次投降后，一直忠心耿耿，其他三部均屡降屡叛。深思熟虑之后，乾隆决定：对准噶尔部蒙古人，除了已经迁入内陆的杜尔伯特部，“总以严行剿杀为要”。
这实际上是一道种族灭绝令，这道命令下达后，许多准噶尔人被杀。据记录，几十万户准噶尔人中，死于传染病的大约百分之四十，逃到俄罗斯、哈萨克的有百分之二十，被杀的约为百分之三十左右。除了一些妇女、小孩被掳走当奴隶外，准噶尔人所剩无几，作为一个种族已经不存在了。
乾隆夺取新疆后，北疆成了一片“旷地”，于是，乾隆在北疆实行了屯田。他调来了“兵屯”、“民屯”、“犯屯”和“回屯”。“兵屯”以满族绿旗兵为主；“民屯”和“犯屯”以汉族农民和犯罪官员、家属、其他犯人为主；“回屯”的主要构成成份是回民。
有人认为，新疆汉族人来得比较晚，其实这没有历史依据。北疆现在所有的民族中，最早的居民应该是满族人、汉族人和回族人，汉族是来北疆最早的民族之一。
为了填补空白，乾隆除了从内陆移民外，让吉尔吉斯人、哈萨克人，喀尔喀蒙古人、察哈尔人、东干人，甚至有来自满洲的锡伯人和高丽人也来到新疆。十多年后，伏尔加河西岸的土尔扈特部回归祖国，也被安置在这片土地上。
乾隆平定新疆之后，在南疆的广大地区仍保留了原有的“伯克”制度。“伯克”是突厥语“财主，贵族”的意思，也可以译成“巴依”。这些“伯克”是拥有大量土地的封建领主，国产动画片《阿凡提》里，那个非常贪婪的“巴依老爷”，就是一个很典型的低级“伯克”形象。
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