最近小编的一篇候选基因关联分析文章被reviewer质疑样本量太小。对于第一次投稿的我看到这个致命的问题自然惊慌失措,惶恐不安,但后来还是自信从容地回复质疑者说我的研究有足够的power检测到遗传易感位点。以上由危转安的改变得力于一个小工具的使用,那就是——Quanto,一款由南加州大学开发用于计算样本量和power的神器。
(一) Quanto的获取
输入网址
http://biostats.usc.edu/Quanto.html,填入邮件地址等信息后点击下载。如图一
图1, Quanto下载界面
(二) Quanto的安装
Quanto的安装非常简单,解压下载后的文件,里面包含一个安装程序,双击后一路安装指示点击下一步即可。
(三) Quanto的初始化使用
安装成功之后,会在桌面上出现
的图标,直接双击打开即可。打开后会看到如图2的界面,这时点击Parameters开始配置参数。
图2, Quanto启动界面
(四) 根据设定的统计阈值估计样本量
假设我们研究是表型属于数量性状,那么要求至少有90%的power能检测到频率在1%以上的遗传位点对表型差异大于1%的贡献,需要多少样本才能达到呢?
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