测两个平面的二面角的方法

殷赋云平台-分子对接方案，智能化预测蛋白与小分子结合位点

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A:有人知道pymol里面可以测两个平面的二面角吗?

B:测量二面角，需要用到“get_dihedral”指令;例如：get_dihedral atom1, atom2, atom3, atom4(把atom1-4换成你自己需要的原子)。也可以用 Wizard>Measurment>Dihedral测量。

C:我们知道三个点才能定一个平面，按我的理解，测定两个平面的二面角，至少每个平面选三个原子才可以，这样一共要选至少6个原子。但是实际情况为什么只需要选4个原子?

而且会发现测量的二面角会根据选择的4个原子不同而不同，事实上二面角是固定的才对啊。

D:因为一个原子可以处于多个平面里啊，四个原子不同画法可以得到不同的平面夹角，所以测出不同二面角也正常。

C:两个平面的二面角应该有且仅有一个吧?不可能是无数个吧?四个原子不同画法可以得到不同的平面夹角，是因为两点不能确定一个平面啊，所以要选三点吧?

D:四个不共面的原子可以确定一个三棱锥，一个三棱锥不止两个面。

A:这个我晓得，但这是四个原子的二面角，和两个平面的二面角不一样啊。pymol好像没有测平面二面角这个功能。

B:平面二面角，需要设置虚原子和向量，pymol测不方便。

A:有什么方便测量的软件吗?

B:schrodinger，可以测Ring angels。

A:薛定谔收费软件?

B:有学术licence，就可以的吧。

E:其实本质是输入空间的两个面，计算两面角：每个面可以选取任意三个原子来定义。

C:嗯，每个面选三个原子和我的理解一样。

A:我在chimera里找到可以测两个平面二面角了。

殷赋科技:如果要求不严格，在两“平面”上分别任意选3个原子就可以了。严格的话，需要先拟合各自平面(因为实际的“平面”可能不平)，求得法向量，计算它们的夹角。

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A:有没有那个网站可以查询到化合物的疏水性?是log P值，对吗?

B:Pubchem试一下?

A:只有这个。

C:swissADME也行,会提供多个算法的logP预测值和最近测了四个化合物的实际logP实际测的情况很接近。http://www.swissadme.ch。

B:有什么靶点预测软件或者网站嘛?

C:试试swissADME这个网站有个在线的swissTargetPrediction。https://zhuanlan.zhihu.com/p/84076217。

其他靶点预测软件和在线服务可以参考：Target prediction,PatchSearch, IXCHEL, CABRAKAN, SwissTargetPrediction, SEA, CSNAP。

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A: 薛定谔对接，配体准备前有什么要求吗?

B:下载完2d结构确定它的手性、结构是不是对的。导入用ligprep准备生成3d结构就行。

A:直接下的fda库，sdf格式，里面可能有的结构是坏的，可以用什么软件处理一下库呢?

B:rdkit可以。

A:π-π相互作用是属于静电作用的一种还是范德华力呢?一般认为它的距离和贡献值大概是多少呢?

B:疏水作用。

殷赋科技:没有太大参考价值,分子对接软件本来就对含金属体系预测性能不好，没有比较的意义。

A:请问大家有啥可以在手机上看文献的app推荐吗?看jmc的。

B:x-mol。

C:手机文献管理，推荐mendeley(可以与电脑端，网络端同步)或papers。

A:请问如何用生物学实验验证分子和蛋白结合呢？

C:最终级的，有xray，nmr，冷冻电镜：搞出原子水平的复合物结构。放射性配体置换应该是最便宜且靠谱的方法。