骨丢失加快导致骨密度下降，骨微结构破坏，骨强度下降，增加骨折风险，因此，理论上，骨转换标志物升高可以预测骨折风险。
有研究表明血清 βCTX每增加一个标准差，椎体骨折风险上升1.4-2.2倍，非椎体骨折风险上升1.8-2.5倍。具有高水平骨转化标志物的女性发生骨质疏松或骨量减少的风险增加。表明骨转换标志物对骨折风险具有预测作用。如果与骨密度结合，可以更好的预测骨折风险。因此，检测骨密度和骨转换标志物都很重要。
原发性骨质疏松：骨转换标志物一般在正常范围或轻度增高，除近期发生骨折外。
如果骨转换标志物显著升高，超过2倍，常常提示可能存在继发性骨质疏松、代谢性骨病、炎症性骨病或肿瘤性骨病等。因此，完善骨转化标志物的检查有助于区分骨质疏松的原因。
抗骨质疏松药物可分为骨吸收抑制剂、骨形成促进剂及双重作用药物，其中骨吸收抑制剂是目前常用的药物，包括双膦酸盐类（阿仑膦酸钠、唑来膦酸、利噻磷酸钠、伊班磷酸钠等）、地舒单抗、雌激素、降钙素等药物，双膦酸盐类是治疗骨质疏松最常用的药物。骨转换标志物是双膦酸盐治疗骨质疏松早期疗效判断的重要指标。双膦酸盐治疗8周就可引起βCTX显著降低。建议在使用抗骨质疏松症药物前测量骨转换标志物的基线水平，在药物治疗后3-6个月再次测量，了解骨转换标志物的变化判断患者对药物治疗的反应以及治疗的依从性以进一步调整治疗方案，此后在药物治疗过程中可每6-12个月监测一次以了解药物治疗的有效性。
由于双膦酸盐长期治疗可能引起下颌骨坏死及非典型性骨折风险升高，口服双膦酸盐治疗5年、静脉双膦酸盐治疗 3年后建议评估患者骨折风险，如其转为骨折低风险建议停药，进入药物假期。随着双膦酸盐停药时间延长，骨转换标志物水平可能再次升高，骨密度逐渐下降，骨折风险再次升高，指南建议骨转换标志物升高作为结束双膦酸盐药物假期、重启抗骨质疏松药物治疗的重要指标之一。
