笔记有地方不全，希望补充。
第一章、只是一个理论？——应对进化论质疑者、
何谓理论？——经过观察和实验而被验证或确立起来的假说，被提出来或被接受以解释公认的事实！是被视为普遍规律、原则或认知、所见事物的起因的一种表述！
进化论被误解为仅仅是一种假说式的理论，并非如此。进化论是有证据的事实，而且证据确凿，进化论背后有分子生物学，地质学，考古学，遗传学等大量学科的支撑，那些无证据反驳进化论的神棍民科们其实生活在一个“矛盾”的世界，他们享受着进化论带来的福利，又为博眼球而诋毁它，他们的脑神经突触之间可能互不交流。【滑稽】
第二章、类比——人工驯化与自然选择的相似
（1）柏拉图思想的遗毒：因为柏拉图的“理念论”，人们相信事物都是对一个完美模型的仿制，偏离完美模型是偏离了生物的“本质”。——变相支持生物“不变论”。
（2）进化追溯：两个看上去毫无关联的动物，可能有着一个共同的祖先。如果我们把兔子演化的形态往前追溯，可能看到一个非兔非豹的生物，它是兔子和豹子的共同祖先，但是在一个节点上，它朝着两个不同的分支演化了，最后我们有了兔子和豹子。
（3）基因雕刻：人类通过选择育种和杂交，几代后，可以让一种狗的外观发生巨大的变化。参考人类对玉米小麦的驯化（它们的祖先并没有那么饱满的颗粒）。
第三章、互相驯化：动植物们如何互相“选择”
（1）鲜花与蜜蜂：很多花朵授粉需要昆虫的帮助，可是如何保障昆虫采蜜之后会到另一朵相同的花那里去呢？
——花朵生产花蜜：花蜜是一个“昂贵”的产品，花朵为了传粉而用花蜜吸引昆虫。
——昆虫亲睐于有花蜜的花朵，使得有花蜜的花朵更有可能繁育。
——昆虫对特别的花朵颜色“敏感”，它们乐于到这些花上采蜜。
——昆虫喜欢的颜色的花就更容易繁衍（花色可能越来越艳丽）
——一些花会演化到很像“雌性”昆虫，以吸引雄性昆虫光顾。
——互相驯化的例子：尸香魔芋利用食腐昆虫授粉，这也导致尸香魔芋很臭，以此吸引昆虫。
（2）花朵也在选择昆虫：昆虫认为花朵是提供花蜜的摇钱树，所以更乐于为花朵“服务”。
这个双向驯化，让我们看到了“蜜蜂采蜜”这一自然现象。
类比：人类驯化小麦，让它们有更大更饱满的颗粒；反过来小麦也驯化了人类，人类把小麦当成主食，培养出更多种植小麦的技术。
（3）自然是更大的驯化者：
——演化的成本：花朵产多少蜜来保证昆虫不会因为吃得太饱而不去授粉；羚羊的腿越长跑得越快也越容易骨折，躲避天敌和骨折而死，进化如何权衡？
——附带的变化：只是选育那些不怕人的狐狸，它们的后代不仅不怕人，还会变得温顺，耳朵变软，发出狗一样的叫声后面的条件是朝“不怕人”的方向演化后附带产生的。
第四章、大自然的时钟：计算演化时间
（1）树的年轮：树轮可以体现树木的年龄。我们找到现代的树，在找一棵古代的树，对比出它们年轮完全重叠的地方，再找下一棵更老一点的树，对比年轮重叠，以此类推，并把它们建立成一个链条就可以追溯回史前。（菊花链条法）
（2）放射性：简而言之，一些粒子经过既定时间后，其中的一半会衰变（转变）成其它粒子，检查一块特定岩石中衰变后粒子含有的比例，可以算出岩石的年龄。
举例：火成岩形成之初，里面只有钾-40，钾-40每过12.6亿年会有一半衰变成氩-40，再过12.6亿年又衰变一半......假如一个火成岩里面发现了1000个粒子其中500多个是氩-40那说明这块岩石已经有12.6亿年了，如果750个氩-40，那它就25.2亿年以此类推。
（3）岩层：老的岩层一般位于新的岩层下面，两个岩层都有相似的生物化石，就把它们归纳为一个时期的岩层。（我们很熟悉岩层名称：泥盆纪，寒武纪奥陶纪，侏罗纪，白垩纪.....）；
通过比对世界各地发现的不同岩层的相似之处，用菊花链条法，就可以知道岩层的先后顺序（参考年轮）
岩层生动展现了进化的次序，是最重要的证据之一，如果我们在一个岩层里找到本不在这个时期出现的生物化石，那进化论就推翻。（比如你在三叶虫的岩层发现了哺乳动物的遗骸化石）
然而这从未发生。
（4）碳-14：生物体死亡之后，身体中的碳-14开始衰变，以此可以测出年代。
第五章、眼前的证据：肉眼可见的进化
（1）大象的过渡偷猎，小象牙的大象开始成为趋势，小象牙更有可能生存
（2）分居两岛的意大利壁蜥，短短37年，其中一个岛的蜥蜴已经演化出食草的生特征、
（3）伦斯基细菌演化实验：过于复杂，详见书
（4）孔雀鱼实验：把孔雀鱼放到不同池塘，
——“平静”的池塘：孔雀鱼偏向于更艳丽，吸引雌性繁育
——有天敌威胁的池塘：孔雀鱼朝更像石头的灰色演化，伪装躲避天敌；
——有相对“弱”的捕食者池塘：孔雀鱼向着更艳丽斑点更多的方向演化
第六章、“缺失”的环节？？？
（1）进化论攻击者，愚蠢地认为进化论缺少了关键环节，
一种是化石证据不足够连贯，比如伪科学最喜欢的寒武纪大爆发，仿佛这个时期的生物是一出现就是高级形态；（摄像头拍到凶手进房间了和出房间，没有拍到凶手杀人，于是否认凶杀案，实际上，其它证据已经很充足。批评者喜欢玩这套。）
第二种是认为进化论缺少“中间过渡”物种，比如“鳄鸭”“猴鱼”（笑出声）
——反驳：鸭子的祖先不是鳄鱼，鱼的祖先也不是猴子。
参考第二章，两个生物可能有共祖，比如人和黑猩猩有共祖，但是！这个共祖既不是人也不是黑猩猩！
（2）“过渡”型生物是存在的，比如始祖鸟，是现代鸟类的过渡，但是，始祖鸟不是恐龙和鸟，它是独特的物种！
还有一些两栖动物的“过渡”，比如鱼石螈，有陆地爬行动物特征和鱼的特征。
第七章、缺失的人类？——化石学证据
（1）南方古猿的两个孩子，一个是黑猩猩的祖先，一个是人类的的祖先。
（2）南方古猿到晚期智人的过渡，化石证据比比皆是。（这里过渡简化，请自行阅读第七章内容，人种是复杂的，演化过程也不是一条直线。）
第八章、胚胎学证据
本章精髓：
一个单细胞变成一个复杂的人体？这怎么可能！——回答，你只花了九个月就做到了！
（1）胚胎的发育：没有事先设计，作为部分的细胞遵循自己的规律，结合成一个复杂的人体。
（2）胚胎学部分过于硬核没有读懂，期望补充。
第九章、大陆方舟——地理隔离与新物种
（1）广泛含义的岛屿：对人来说陆地是岛屿，对鱼来说水域才是岛屿。
（2）新物种产生：同一物种分割两地，无法逾越，时间足够，生殖隔离，两个物种产生了、
（3）达尔文的进化岛：两个岛屿相隔气候地理条件相同，却可能演化出大不相同的相同的两种海龟，两种蜥蜴，两种树木，而它们之前可能是同一种生物。
（4）青蛙地理隔离：青蛙卵经过海水浸泡就会死亡，这可能解释了海岛上没有两栖动物的分布，因为海水的致命阻断。
（5）板块构造理论：板块活动导致原本是一块的大陆开始分割，这很好的解释了化石和生物分布的众多事实。
第十章、亲缘关系树：表亲的证据
（1）骨架的特殊性：蝙蝠的“手”演化成了翅膀，但是他的骨架依然可以找到和一般哺乳动物一一对应的部位，但是和鸟类骨架就对应不上，这解释了物种演化建立在基本特性上。
——马蹄和我们的中指指甲同源，它们真的用脚尖走路。
（2）没有互相借用：动物之间的相似性不代表它们有亲缘关系、海豚和鱼很像但是它是哺乳动物，蛇和鱼更像。海豚游泳是尾部上下摆动鱼是左右摆动，蛇在陆地上游泳，海豚在水里飞驰。（想象你的脊椎可以左右摆动——那可能会关节错位。）
（3）分子生物学对比：全部生物来自于一个共同祖先（构成所有生物的DNA密码相同，只是基因不同。）
——分子方法检测亲缘关系：本章过于硬核，请阅读原文。待补。
第十一章、遗传证据
（1）残留：我们害怕时，会起鸡皮疙瘩，因为我们原先是有毛的，恐惧使得动物的毛耸立起来，增大外观，吓怕对手。（你家的猫狗也会）
（2）哺乳动物的大脑皮层通过演化出褶皱来增大表面积，变得更聪明；鱼类大脑就很光滑。
哺乳动物有恒定体温，蜥蜴则会通过外部来调节体温。
（3）不完美的进化：我们的眼睛有盲点，视网膜背向前方，是个“脑残设计”，但自然选择通过大脑的图形处理弥补了这些毛病；地下动物眼睛无用，还更容易受到感染，所以演化直接让眼睛废弃；长颈鹿的脖子，喉返神经饶了大弯.......
这里推荐一篇文章，有详细解释：
第十二章、军备竞赛-进化如何取舍？
（1）树木长得高，需要更多养分给树干，如果树木都一样高，如果树木矮，可以利用更多阳光；然而树木在森林中，一棵树变异，长高了，就意味着其它树木减少了“收入”，随后，竞争演化开始了，我们看到了树木争着长高的森林；
（2）腿长跑得快会骨折，腿短跑得慢会被吃，羚羊陷入了思考。
（3）自然不关心未来，也不选择一个竞争群体，而是选择群体中的个体（变异）。有利的变异生存下来了，他就是“被选择”，与此同时，竞争对手也在变异，也在军备竞赛。
（4）为什么要痛苦：
进化为什么不产生一种无痛的指令，让生物“停止举动”；而是羚羊被狮子咬断喉管，黑猩猩被寄生虫折磨得嗷嗷大叫。
痛苦会让生物更容易活下来。（不是鸡汤）——
第十三章、生命的壮阔
我们被无穷无尽的，奇异而美丽的生命包围着，这毫不意外，这是非随机自然选择进化的直接结果，这是小镇里唯一的游乐，地球上最伟大的表演！
（这章读了原文，懂的人自然懂）
评价：
道金斯的一些英式幽默让我这个海外读者get不到点，本书也有几个地方写得过于难懂（只是对我来说）。
半个月的阅读，我终于得以揭开进化论的一角，这是个美丽的理论。这绝非是一句流于形式的赞扬。
生命是壮阔的，进化是美丽而精巧的，我第一次对“设计论”产生了无以复加的厌恶，哪怕从前相信有个“造物主”是件挺好的事情，如今只是觉得它漏洞百出，无法自圆其说，只能依靠循环论证和不可知论为自己挡刀，实则是一种不重视人类的探索精神，又污蔑人类理性的幼稚观点。
相反，诞生于科学理性的进化论反而流露出一种简洁优雅的美，那些面目可憎的昆虫，茹毛饮血的捕食者，寂静无声的植物，都褪去了那些人们加之其上的外观，变成了这场伟大表演的参与者，它们既是鲜活的生命，又是流动的自然史。
最后，我想用庄子的话来做结：
天地有大美而不言，四时有明法而不议，万物有成理而不说。
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