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基因慧
关键词/靶向测序 Paragon Genomics
基因测序等前沿生物技术(BT)和大数据等信息技术(IT)的融合,构建数字生命健康。前沿基础研究重点、转化逻辑和产业化方向如何把握和协作?基因慧特设《大咖论健》专栏,汇聚数字生命健康先锋专业发声,互联互通,共建共享。第89期嘉宾为Paragon Genomics首席执行官及联合创始人谌涛。
《大咖论健》第89期-谌涛 来自大咖论健 00:00 00:57
1. 起源于硅谷的这家基因公司,落子中国苏州
【基因慧】Paragon Genomics成立四年,是什么样的契机促使Paragon Genomics来到中国开拓市场,并在苏州成立子公司?
【谌涛】Paragon Genomics 4年前在美国硅谷成立,因为公司核心团队都在美国,早期主要将精力放在欧美市场。在短短几年间,公司产品已经进入数百家基因检测实验室,得到欧美基因检测公司及医疗卫生机构包括Sophia Genetics、 Gen Era、美国疾病控制中心、美国国立卫生研究院等认可。
同时近年来国内客户也在迅速增加,产品得到华大智造、安诺优达、和瑞基因、吉因加、臻和科技等基因测序头部企业的认可。为了给国内客户提供更好的服务与售后支持, 公司决定在苏州建立子公司。
【基因慧】 我们知道Paragon Genomics 在整个基因测序领域,属于上游设备试剂供应商。请问您觉得Paragon Genomics 的优势或者说特点在哪里?
【基因慧】我们知道在基因测序市场上,有众多靶向测序技术,那么Paragon Genomics 技术的特点是什么?多重技术与其他杂交捕获技术的区别是什么?
【谌涛】由于技术的高门槛,实际上在中国市场上真正能提供高质量的靶向测序技术的公司并不多,杂交捕获的可能不超过四家,多重PCR方面不超过两家。据我所知全球范围内有竞争实力的上游靶向捕获厂商不超过十家。
Paragon
1.CleanPlex专利背景清除技术:
此技术可以在超高(一个试管>20000重)多重PCR反应后快速清除PCR背景噪音,从而可以得到高纯度高质量的文库,用于二代测序。
2.ParagonDesigner独有引物设计软件:
在短时间内精确设计高达上万重数的多重PCR引物,保证基因靶点的高覆盖率与均一性。
3.CleanPlex文库制备体系:
独特的反应体系配方,确保不同靶点扩增具有极高的均一性及上靶率。
在整个流程中无需转换试管, 可以“一管到底”,大大简化操作,便于自动化。并且整个制备流程只需要3个小时。
另外一个一直困扰传统多重PCR的问题就是对不同基因位点的扩增均一性。由于不同扩增子在同一个试管反应条件下扩增的效率可能不同,在经过20轮左右的PCR反应放大其差异后,结果往往是不同基因位点扩增后的倍数相差很大。CleanPlex的引物设计,反应体系及背景清除结合正好可以克服此问题,从而大大提高扩增均一性。
CleanPlex多重PCR与杂交捕获技术区别主要在于建库速度、操作简易度、样本用量及应用范围上。杂交捕获整个流程做下来一般需要2-3天, 即使一些改进版本也需要至少一天的时间。而我们的技术只需要3个小时, 实验员早上建库,下午即可上机。在当今中国社会,医生及病人对检测出报告的速度要求越来越高的环境下, 个人认为多重PCR在临床应用的优势非常明显。多重PCR在操作上也非常简便, 即使是没有经过太多的NGS建库培训,也很容易上手。这对于将来试剂盒进入医院及临床普及非常重要。
4. 覆盖临床基因检测,拓展其他物种基因组
【基因慧】 Paragon Genomics的技术适用于哪些领域?它的应用范围和特点是什么?
【谌涛】ParagonGenomics的技术应用领域很广,涵盖科研、诊断、药物研发、农业育种等。应用范围包括癌症检测、免疫组库测序、遗传病检测、融合基因检测、无创产前诊断、药物基因组学、癌症液体活检、病原体检测、甲基化研究、药物研发基因表达分析、农业育种等等。
技术应用范围之所以可以如此之广, 主要原因是我们的定制化能力。公司至今已经为不同客户定制超过300个针对不同疾病或者应用的靶向测序面板,物种包括人类、猴子、老鼠、果蝇、墨西哥狼、马、玉米、棉花、细菌、病毒等等。只要是有参照基因组, 我们都可以做定制化设计。
当然公司的一个重点方向是癌症和精准医疗;我们创始人及团队的初衷即是能够为患者提供精准诊断,为中国乃至全世界的精准医疗事业添砖加瓦。
5. CSCO卫星会首发新技术和新产品
【基因慧】CSCO大会刚刚落下帷幕,我们知道Paragon Genomics 作为基因测序行业的上游供应商,举办了自己的卫星会,并带来了一些新的技术。能讲一讲我们最近的一些新技术以及新产品吗?
【谌涛】我们在此次CSCO大会上推出用于免疫治疗药物指导的500基因肿瘤负荷大Panel,包括27000对引物,其他同类多重PCR技术很难做到如此大的面板。我们国内外早期客户试用体验非常好,一些客户用质量比较差的FFPE样本及血液循环游离DNA建库, 都能得到很好的结果。
我们也带来了一个全新技术:检测未知融合基因的单端锚定技术。
6. 未来工具的去中心化,从组学检测到治疗
【基因慧】您对整个基因测序市场的走向,有什么看法?对于未来精准医学与基因测序的发展,有什么新方向的关注?
【谌涛】基因测序行业方兴未艾,前景非常广阔。个人认为我们处于一个基于基因测序及人工智能的智能医疗社会的早期, 很多机会有待我们探索验证。就像20多年前我们刚开始接触互联网,谁能够想到今天的云计算,万物互联及人工智能。
我相信测序市场会在不同应用领域进一步专业化及标准化。新的应用将不断涌现,其在医疗领域包括癌症液体活检、药物研发、病原体检测等方向一定会大放光彩。
注:以上信息仅代表采访嘉宾个人观点,欢迎产学研医资政代表参与《大咖论健》。发布的文章知识产权属于基因慧,转载请获得基因慧授权后首行注明出处,欢迎个人转发。
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