关注|SDTM-Microbiology（微生物学，MB/MS）一般假设

本文的主要内容是介绍MB (Microbiology Specimen，微生物学标本 ）及MS（Microbiology Susceptibility，微生物学耐受性）的SDTM标准数据呈现方式 。

MB做为Finding Domain，存储微生物信息，包括gram stain results（革兰氏染色结果），organisms（微生物）的发现及其生长情况。

1. MBSPID用来唯一确定一个微生物。MBSPID将每次保留在同一个生物标识符的新标本中，且保留为相同的值。通常最原始的序列号用来记录第一次出现的微生物，并且该微生物序列号用于标识其他标本中的同一种微生物。例如：在visit 10的时候，发现微生物STAPHYLOCOCCUS AUREUS（金黄色酿脓葡萄球菌）并标记MBSPID 为01，在visit 30的时候，同样发现金黄色酿脓葡萄球菌，则该金黄色酿脓葡萄球菌的MBSPID同样应标记为01。

2. 一个标本中微生物呈现的MBTESTCD的值为“ORGANISM”。MBDTC可用于记录微生物在培养中开始生长的时间/日期，或者微生物在培养中呈阳性的日期/时间。

3. MBGRPID用于链接MS中的相关发现。例如：在标本1中，微生物STREPTOCOCCUSPNEUMONIAE（肺炎链球菌）在MBGRPID=1时有耐受性试验，殖民数量等发现结果。对于标本1中的微生物，将与MS中MSGRPID=1的记录有相同的值。MS和MB两个Domain，用GRPID来链接MB中的记录可能在MS中存在多条相关记录的关系，在RELREC中，只需要两条记录来描述两者有关系。用这种方法，不需要在Subject基础上新建详细的相关性描述。

4. 一个微生物被鉴定为侵略微生物和感染微生物之间有不同时，MBRESCAT应加以区分。如果是“Nogrowth（没有生长）”或者结果是来自革兰氏染色，则可以不使用MBRESCAT变量。

MS用来存储微生物学发现并在MB中记录的结果，通常包含耐受性检测结果，同时也可以是其他微生物相关的发现，例如微生物的生长范围，其目的是用来关联MB中以上结果。

例1：MB，微生物标本发现

行1，2：展示标本1的革兰氏染色结果（MBREFID=SP01）。

行3，4：展示标本1在访视1的微生物发现结果。MBGRPID与MSGRPID用来链接这些微生物以及这些微生物记录在MS用的检测结果。

行5：展示分配为ORG02 的微生物在访视2的样本2中仍然存在。

行6：展示在访视3没有微生物生长，所以微生物记录为“NO GROWTH（没有生长）。

行1-6：展示MBMETHOD用于报告检测样本的方法，例如：GRAM STAIN（革兰氏染色）或MICROBIAL CULTURE（微生物培养），SOLID（固体）。

如果报告了痰的收集方式（如咳痰或活检），这个信息需存储在SUPPMB中，因为MBMETHOD是用来记录获得微生物耐受性结果的方法，例如这里是“咳痰”。

例2：MS结合例1中的MB，同一个受试者关联的微生物发现，MBGRPID=MSGRPID。

行1：展示标本1在访视1中发现的微生物1生长范围（MBGRPID=1，上面MB示例中的行3）。

行2，3：展示标本1在访视1中微生物1的耐受性检测结果（MBGRPID=1，上面MB示例中的行3）。

行4：展示标本1在访视1中发现的微生物2生长范围（MBGRPID=2，上面MB示例中的行4）。

行5，6：展示标本1在访视1中微生物2的耐受性检测结果（MBGRPID=2，上面MB示例中的行4）。

行7：展示标本2在访视1中微生物2的耐受性检测结果（MBGRPID=3，上面MB示例中的行5）。

生成ADaM数据集时，可依据MBSPID和MSGRPID一对多连接，。

例3：MB对应多条labs数据

行1，2：展示同一个微生物同时被中心实验室和本地实验室（MBNAM）鉴定。注意每个实验室的MBSPID和MBGRPID是不同的。这是因为即使是从一个标本，每个实验室是分开检测和记录微生物的。

例4：多个实验室检测的微生物发现MS

行1，2：展示例3中第一行MBGRPID=1的微生物中心实验室耐受性实验鉴定结果。注意中心实验室对研究药，青霉素/阿莫西林只用一种耐受性实验方法（E-TEST)执行。

行3-8：展示例3中第二行MBGRPID=2的微生物本地实验室耐受性实验鉴定结果。注意本地实验室对研究药，青霉素/阿莫西林用了三种耐受性实验方法（稀释液，区域尺寸，E-TEST)执行，因此对MSGRPID=2有6条记录。

例5：MB和MS的相对关系RELREC

行1，2： 展示MB和MS之间一对多的关系。MB中记录微生物标本中微生物的发现，MS中记录这些微生物的多重发现。MB中的微生物的发现可以链接到MS中，因为MBGRPID=MSGRPID的值是赋给同一个人的微生物。

像这种RELREC比较清晰明了（同理如TU与TR），可以在Domain之间用Link ID或Group ID一对一或一对多，且ID值相同，可以使用上面这种比较简洁的方式表示，而不用再在RELREC中重复