统计显示，二清机构由于无商户准入门槛，这几年在商户数量与交易规模方面取得了大幅增长，年交易量规模高达上万亿元，甚至超越了绝大部分正规的支付企业。不过，二清市场火暴背后存在隐忧。
所谓二清机构，是针对一清机构而言。一清机构的POS机一般是通过银联、银行或者第三方支付公司直接清算，商户的交易结算款会直接划转至商户的收款账户。
而二清机构的POS机需进行“二次清算”，即结算资金经过一次清算后，先转至二清机构开立的第三方账户，再经由该第三方账户处理后，结算至商户的收款账户。简单地说，二清机构就是未获得央行支付业务许可，却在持牌收单机构的支持下实际从事支付业务。二清机构的猖獗实际上是部分收单机构、尤其是个别第三方支付机构，因为利益而默许甚至鼓励的行为所导致的。
有媒体今年3月曾对二清机使用流程和潜在风险进行过调查，其具体做法是：部分一清企业花几万元，找一家通过代理注册公司就能搞定的皮包公司；拿到资质后，就去银行或支付公司申请几千台POS机；一台POS机的成本仅几百元，然后其以高价卖给那些想要进行信用卡套现的人。这些人拿到POS机后，即可从事套现活动，每笔消费支付一笔手续费给一清企业，然后一清企业定期获得结算资金。
其实，二清机构对普通消费者的正常生活也会产生负面影响。比如，由于二清大多为其商户设置了无积分的商户类别码，导致持卡人交易后，无法享受到发卡行的刷卡积分或参与相应的特惠活动；部分盗卡犯罪分子利用二清不进行商户实地巡检的风险管理漏洞，在办理POS机后，通过机具改装，对持卡人使用的银行卡进行侧录，盗刷卡内资金。
专家建议，一方面第三方支付行业要发起自上而下的自检行为，对二清虚构商户实际经营情况、伪造客户签购单等方式予以全面的检查，哪怕二清机构能带来可观的交易流量，作为合作方也要对这种行为予以零容忍。另一方面，监管层也要对持牌的第三方支付企业实行严管，严惩发展二清机构的行为，以杜绝二清市场泛滥的风险。
