在制药企业生产的过程中，产生大量的废水需要严格处理，达标后才能排放。制药根据行业不同，可以分为化学合成药、生物制剂、中成药、抗生素等。生产工艺繁琐，废水的成分就很复杂。在充分了解多种污染物成分的基础上，需要找到综合的处理应对方法。
从整体上来讲，有机物种类比较多，浓度高，COD和BOD含量高，色度重，气味浓，毒性大，SS浓度高。综合废水的这些特征，难点在于如何逐步分离，并快速有效解决。结合之前成功的案例，可以看出制药废水处理并非那么轻松，过程中因为生产的间歇或工艺改进，也会面临调整和维护等。就处理过程来讲，首先要解决的是水量和成分波动大的问题，就在预处理阶段进行调节。
为什么要了解传统的废水处理技术呢？随着科技的发展，处理设备也在更新换代，趋向于模块化，自动化，高效节能。当在制药废水处理工艺过程中，遇到了各种困难，还是要从基本原理上来寻找解决方法。废水处理有物理、化学、生化及相关组合，常见的有混凝沉淀、气浮、膜分离、厌氧生物处理、好氧处理、电解、芬顿、铁碳等。
1.混凝沉淀法
主要是在沉淀池内投入混凝剂，使得废水中的胶体或细微悬浮物凝聚成絮状物，然后在重力的作用下，沉降到底部或靠离心处理。除了能够去掉微小的悬浮颗粒外，还能去除色度、油分、微生物、氮和磷等富营养物质，少部分的重金属和有机物等。影响混凝沉淀效果的，除了混凝剂的质量和品种外，还要考虑废水温度。在特定的温度范围内，温度越高，反应越快；温度越低，反应越迟。
2.气浮法
气浮法也叫浮选法，是靠向废水中充入气泡，使得废水中的颗粒物或油脂能够粘附在气泡表面，并随着气泡的浮力上升而上升到气浮机顶部，靠特定的刮渣系统分离去除。为了增强浮选的效果，要考虑废水颗粒物或油脂和气泡的粘附性。可以根据废水的实际情况，添加药剂来增强气浮效果。另外，当气泡越小，表面张力越大，携带能力越强，分离效率越高。根据工艺的不同，有加压气浮、溶气气浮、电解气浮等。目的是为了尽可能的增强溶气率，减少停留时间，降本增效。
3.膜分离法
在制药废水处理过程中，膜分离法对乙醇等有机溶剂的回收具有明显的效果，而且能够对多酚类混合物可以有效截留。膜分离技术作为新的分离净化和浓缩方法，和传统的蒸发、萃取、沉淀、离子交换相比，是可以在常温下进行操作，具有能耗低、效率高、工艺简单、污染轻的优点。根据工艺需求，可以分为微滤、超滤、纳滤、反渗透等。
4.电解法
电解法能够有效降低废水中的COD，对废水适应性强，去除效果好。它是靠电来运行的，如果大量运行的话就会消耗大量的能耗。影响电解反应效果的因素主要是电极材料，对于废水处理来说，电极具有比较好的导电和耐腐蚀性，大多采用耐高温耐腐蚀的钛为电极基体。同其他方法相比，电解法具有效率高、操作简便、脱色效果好等优点。
5.芬顿试剂法
芬顿法是利用过氧化氢和亚铁离子之间发生反应，生成了具有强化能力的羟基自由基，用于氧化废水中难以分解的有机物，而生成的三价铁离子具有混凝作用，可以沉淀去除部分有机物。影响芬顿氧化效果的因素是亚铁离子浓度、过氧化氢浓度、反应温度、溶液的pH值，根据气候或水温的变化来进行调整，以保证氧化效果。
6.Fe-C处理法
铁-碳处理法，是将铁-碳合金浸没在废水溶液中时，就构成一个完整的微电池回路，形成一种内部电解反应,这就是微电解。铁碳微电解技术主要是利用了铁的还原性、电化学性、铁离子的絮凝吸附等共同来净化废水。这个方法不仅可以去除部分的难降解的污染物，还可以改变部分有机物内部结构，从而提高制药废水可生化性，减少二次污染的风险。
7.厌氧生物反应法
在制药废水处理过程中，厌氧反应是关键部分。主要操作方法分为上流式厌氧污泥床法、升流式污泥床法和厌氧折流板反应器法等。单独使用能够起到很好的降解效果，确保在进行厌氧反应时，有机物浓度在适宜的范围内，充分发挥活性污泥中微生物的代谢作用，为后续的好氧反应做好基础。
常用的UASB反应器，在向反应器底部均匀充入废水。当废水在反应器内上升的时候，通过活性污泥床。废水中的有机物就和污泥床上的微生物发生厌氧反应，从而产生大量的气体。这些气体大多是甲烷和二氧化碳，可以作为清洁能源来回收利用。在反应过程中气泡不断产生，会携带者活性污泥颗粒，一起上升到顶部，从而引发反应器内的水力循环，增强反应效果。当携带活性污泥颗粒的气泡碰到顶部的三相分离器挡板的时候，活性污泥脱离气泡，重新沉淀到污泥床上。
8.好氧生物处理法
好氧法是对厌氧剩下的部分有机物进行结尾，主要可以分为普通活性污泥法、序列式间歇活性污泥法和深井曝气法等形式。活性污泥技术在制药废水处理技术方面已经相对比较成熟，应用也是相当广泛。常用的深井曝气法，具有氧化能力强，溶气效果好，污泥负载量大，效果高的特点。它的充氧能力比普通的曝气高很多，COD去除率也能够达到70%以上。这种方法不存在污泥膨胀问题，保温效果好，对基础建设的要求比较高。
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