感控笔记 肖盟：国际微生物年度前沿

--From 28th ECCMID

 

整理：吴洪巧

审稿：肖盟

来源：2018年全国感控与耐药感染大会

 

早在2011年，就有学者称“临床微生物实验室是医院感染控制的脊梁”。 临床微生物检验对于医院感染防控及抗菌药物合理使用，其重要性都是不言而喻的。“2018全国感控与耐药感染大会”上，中国医学科学院北京协和医院助理研究员肖盟为大会奉献了“国际微生物年度前沿--From 28th ECCMID”的精彩演讲。

 

2018年第28届欧洲临床微生物学和传染病大会（28th ECCMID）2018年4月21至4月24日在西班牙马德里召开，是目前全球学界规模最大的国际性年会之一。每届ECCMID，均会有不同领域专家对过去一年最出色的文章进行回顾点评。

 

此次，肖盟在演讲中着重对奥地利医院感染与抗菌药物耐药国家参比中心Petra Apfalter教授对过去一年临床微生物领域的点评进行了介绍。Apfalter教授的演讲对一年内约70篇具有重要影响力的文献进行了回顾，并将其分类为：全基因组测序； 新型诊断工具；以及对现有微生物认知的更新。

 

文献1：2018年1月《自然》（Nature）：食用性海藻糖增强艰难梭菌的侵袭性

艰难梭菌RT027和RT078型是近年来成为引起医院感染暴发（主要是欧美地区）的最主要克隆。然而其广泛传播的机制仍在调查中。

《自然》杂志发表的一项新研究中，发现与其他型别艰难梭菌相比，RT027和RT078型艰难梭菌在有海藻糖的环境中增殖速度明显升高。动物模型研究进一步发现，同样被RT027型菌株感染，食用海藻糖的小鼠组死亡率明显高于未食用海藻糖的一组；而当海藻糖代谢基因被敲除后，小鼠生存率显著上升。通过基因序列测定，研究人员发现RT027海藻糖代谢抑制基因treR出现单位点突变，导致通路活性上升500倍。而RT078获得了4个与海藻糖代谢途径相关基因。

海藻糖的广泛使用，恰好是在2000年左右，这与RT027、RT078型开始出现广泛传播的时间点相吻合。该研究的重要意义在于，我们之前认为是很安全的食用性糖类，可能引起意料之外的问题。由RT027与RT078艰难梭菌菌株引起的医院感染暴发中，患者食用海藻糖的情况应被进一步调查。

 

文献2：2018年2月《临床微生物和感染性疾病》（CMI）：对MRSA感染中万古霉素MIC漂移的系统性综述与荟萃分析

近十余年间，人们对MRSA中万古霉素MIC漂移（MIC creep，即MIC整体升高但仍然在敏感范围之内）的担忧一直是学界热门话题之一。2018年2月《临床微生物学和感染》发表了一篇最新的系统性综述与荟萃分析，在PubMed中使用相关关键词搜索了MIC方法报告万古霉素敏感性的研究。研究者共检索了980篇文献，通过筛选剩余55篇，计29,234株金黄色葡萄球菌。不同方法学测定，万古霉素MIC均值为：Etest法，1.23 mg/L（95%CI 1.13-1.33）， 微量肉汤稀释法：1.20 mg/L（95%CI 1.13-1.28）。不同方法学间没有发现显著差异。同时，未发现万古霉素MIC漂移现象。

 

文献3：2017年11月《临床微生物综述》（Clin Microbiol Rev.）：耳念珠菌：文献回顾

耳念珠菌（Candida auris），最早于2009年在一名日本患者的外耳道分泌物中首次发现。该病原菌在过去1-2年间发生率快速上升，主要引起血流感染（blood stream infection, BSI），病死率约6%，受到全球广泛关注。

2017年11月《临床微生物综述》发表了一篇对耳念珠菌现状的评述，指出目前该菌种被关注的主要原因包括：5个大洲有院感暴发案例报道。耐药谱有差异，其中很大一部分菌株对氟康唑敏感性低（MIC>64），并可能伴随对其他唑类敏感性降低。另外对两性霉素B可能不敏感，因此临床推荐经验使用棘白菌素类药物。该菌的另一大问题是实验室鉴定困难，常规API、Vitek、Pheonix、MicroScan等方法会错误鉴定为各种其他念珠菌，MALDI-TOF MS现有IVD数据库也不包含此菌种。因此，该菌种全球具体发生传播情况尚不完全明确。值得注意的是，我们无法确定耳念珠菌所带来的威胁是否在全球仍将持续，或会很快消失。

 

文献4： 2017年10月《临床微生物和感染性疾病》（CMI）：新型靶板直接微滴培养法MALDI-TOF MS快速检测抗菌药物耐药性

该研究的理念是设计一种通用的表型检测方法，对已知耐药机制进行简便、快速检测。研究借助基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS），设计了一种数小时内完成药敏的方法，并在肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌对美罗培南的敏感性测定中进行了验证。其原理是设计了一种新型靶板，不同微滴中含有不同浓度的药物，与细菌共同孵育一定时间，之后将液体移除进行MS鉴定。若鉴定不能得到准确结果，则认为药物抑制了菌的生长。在肺炎克雷伯菌检测中，经过3小时孵育既能实现100%检出。但铜绿假单胞菌中，孵育需要延长至18小时。方法学的一大特色在于其原理适合自动化及其他应用。

 

文献5：2018年3月《临床微生物学杂志》（J Clin Microbiol）： 基于形态动力细胞分析Accelerate PhenoTest BC试剂盒快速鉴定药敏多中心研究

Accelerate PhenoTest BC是一种FDA最新批准的快速鉴定药敏试剂盒。来自《临床微生物学杂志》一篇新的研究对该种试剂盒进行了多中心评估。在血培养阳性后，该种方法鉴定时间（ID）约90 min，药敏试验（AST）约7 h。评估结果中，血培养鉴定模拟标本（包括14种细菌＋2种念珠菌）敏感性达94.6%-100%。临床标本阳性预测值（PPV）97.3%。药敏检测中，对G 细菌5个菌种的4142个结果，与CLSI方法总体一致率97.6%、分类一致率97.9%、极严重错误( very major error rate，VME) 1%、严重错误(major error rate，ME) 0.7%。G^-细菌8个菌种的6331个结果，总体一致率95.4%、分类一致率94.3%、VME 0.5%、ME 0.9%。总体来看，该方法是具有应用前景的新型临床检测试剂盒。

 

文献6：2018年8月《临床微生物学杂志》（J Clin Microbiol）：免疫缺陷病人中的非目标性下一代测序基础上的一线感染诊断：多中心盲法前瞻性研究

全基因组测序（Whole Genome Sequencing）或下一代测序（Next Generation Sequencing）技术仍处于从基础到临床与公共健康的转化当中。通过对样本的深度测序、数据挖掘，可以非目标性的获取微生物组数据，进一步鉴定病原，并且不需先验假定，改变了实验室检测概念。该方法可以得到大量的个体DNA raw data；但如何对这些数据进行挖掘并进行医学解释是重点，是对临床科研工作者的巨大挑战。

来自《临床微生物学杂志》的一篇文章对下一代测序技术进行了一项多中心、盲法、前瞻性的对照研究，使用非目标性下一代测序（UNGS）与传统实验室检测进行了比对。研究共纳入了101例疑似感染的免疫缺陷病人。研究过程中，不向参与研究的研究者、医生及病人告知UNGS信息，病人根据传统实验室检测结果进行治疗。UNGS主要对血标本进行直接检测。传统实验室检测包括血培养、血清学、抗体检测、PCR、培养、镜检等。通过30天随访，关注细菌、病毒感染，并在研究结束（1年后）由感染科医生进行评价。主要观察指标为临床相关的细菌与病毒（CRBV）

在101例病人，12例死亡（7例死于感染）。UNGS与传统方法 72/101一致 ，CRBV检出率，UNGS明显优于传统方法。传统实验室方法30天内仅26/101（26%）病原检出，其中8/101为真菌，CRBV 19例（19%）。临床微生物实验室检验报告时限（TAT）中位数：2.5天。而使用非目标性下一代测序方法阴性预测值（NPV）极高（64/65，95% CI 0.95-1），CRBV 36例（36%）、敏感性高。但是否是真正感染，需要结合临床资料进行确证

 

结语：

1. 海藻糖会增加RT027和RT078的毒力。其对该型别菌株流行病暴发发的影响应该进一步研究。

2. MRSA中并未发现万古霉素漂移现象

3. 耐药的耳念珠菌堪称“超级病菌”，目前不推荐采用唑类及两性霉素B经验治疗；早期感染源控制被认为是目前降低死亡率的重要措施。

4. 基于形态动力细胞分析Accelerate PhenoTest BC试剂盒，显著缩短了鉴定与药敏时间，敏感性高，阳性预测值高，具有良好的应用前景。

5. 全基因组测序与传统实验室检测相比，敏感性高，预测值（NPV）极高。如何对这些数据进行挖掘并进行医学解释是重点，是实验室需要进一步解决的挑战。

 

专家简介：肖盟助理研究员

       

?  北京协和医院  助理研究员

?  澳大利亚悉尼大学Westmead Hospital  访问学者

?  北京市优秀人才—青年骨干

?  全国细菌耐药监测网 学术委员会青年委员会  委员

?  “侵袭性真菌病机制研究与精准诊断”北京市重点实验室  项目管理员

?  欧洲临床微生物和感染病学会药敏委员会（Eucast）华人抗菌药物敏感性试验委员会（Chicast）学术部  秘书