柴胡桂枝汤具有和解少阳、调和营卫的功效。还有治疗外感风寒、发热、咳嗽、喘证、胁痛、胃脘痛、呕吐、痹症、水肿等病症的作用。
柴胡桂枝汤可以帮助患者缓解发热自汗、微恶寒或寒热往来、鼻鸣干呕、头痛项强、胸胁痛满等症状。目前，临床上也有用柴胡桂枝汤治疗急性肾盂肾炎、夜尿症、小儿厌食、胆石症、胆囊炎、产后发热、肝炎、慢性鼻窦炎、胰腺炎、眩晕症、胸膜炎、癫痫、流行性出血热轻型、荨麻疹、儿童精神性起立调节障碍证等病症的报道。
不过，柴胡桂枝汤治病邪在半表半里，外感病邪仅在表或病邪已入里的，不宜服用柴胡桂枝汤。用柴胡桂枝汤治疗疟疾时，需要加抗疟药一同服用。
