药物是一把双刃剑，在治疗疾病的同时也带来了与疾病无关的副作用。利尿剂同样也有很多副作用。其常见的副作用包括：
- 电解质紊乱：大剂量或长期应用利尿剂时较常见，如低钾血症、低氯血症、低钠血症、低钙血症、低镁血症；
- 直立性低血压或血压下降：大剂量或长期应用时可见直立性低血压或休克；
- 高尿酸血症：噻嗪类利尿剂如氢氯噻嗪（通常称「双克尿」）能引起高尿酸血症，诱发痛风发作；
- 脂质代谢紊乱：噻嗪类利尿剂可使血脂异常，有促进动脉硬化的可能；
- 消化系统：引起食欲减退、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、胰腺炎等。长期应用还可致胃及十二指肠溃疡。
