不管是海军的独立行动，还是海上联合行动，一切美军的海上作战行动均由海上司令部MHQ实施组织。
海上司令部 = 联合指挥官 + 舰队管理 + 海上作战行动。其中舰队管理，负责为当前和未来的军事行动提供战备完好的海军部队，支持联合指挥官；而海上行动，则负责作战行动的具体规划，指挥，监视和评估。
MHQ常设10个智能部门：
N0：指挥官特别助理
N1：人力
N2: 情报
N3:作战行动
N4:后勤
N5:规划与政策
N6:通信与信息系统
N7:训练
N8:项目
N9:待定
为了防止纵向条块分割，同时指挥官会设立一些横向的跨职能委员会、办事处、中心、单元、工作组来完成特定的任务。并针对具体作战任务设立MOC（海上行动指挥中心），来负责对某个任务的具体指挥。
