《万历十五年》的作者对历史的所用观察视角与通常一般的作家不同，不管是哪类作家写历史总要从整个朝代的政治，经济，文化等方面来找这个朝代的衰落过程，然后再从这些研究结果来证明这个朝代的各式人物或成或败的原因。但是本书作者却不同，他是反着来。他是从各式的人物命运的起落中梳理出当朝的政治，经济和文化脉络，是以一种以小见大的研究方法。并且以历史上比较有名的各式人物(如张居正，戚继光，海瑞等)的悲剧结局来推导出当时政治，经济，文化等社会各方面所存在的问题，且里面引经据典，用的都是在史料中有真实记载的文献资料作为本书的大部分内容，这就保证了它的可靠性和学术性和来源。
读《万历十五年》时，经常会因为看到某个句子或是某个例子会心一笑。本书中最有趣的莫过于那些例子，这些例子不但闻所未闻，而且完全颠覆了我们一般在影视作品或者文学作品当中所见到的历史。在这里历史总是很有趣甚至是幽默甚至是不可能，根本不像是真的历史，倒像是作者杜撰的小说。比如戚继光也会向张居正行贿，首辅申时行因为一时的妥协放过了剿灭皇太极的机会导致后来的明朝被皇太极所灭，万历皇帝和当时的朝臣是对立的两派，最惊讶的莫过于当时倭寇的入侵并非单纯的外敌入侵，而是由于万历皇帝关闭了当时的海关大门，实行闭关锁国政策，致使原来沿海经贸比较发达的对外贸易关系受到重创，农民不堪其苦便纷纷联合海盗里应外合反抗朝廷，万历皇帝的这一举措最严重的后果就是导致了本来已经产生的资本主义萌芽又被消灭了。这些都跟一般历史书上的记载和坊间流传的完全相反，但从作者对这些看似小说里才会出现的例子的中又可以让我们找到史料上的出处，这些例子的确都是有文献记载的真实史料，而非作者杜撰或者臆造的。不得不让我们敬佩作者严谨的学术态度。
本书共分七章，每章的标题分别为万历皇帝，首辅申时行，世间已无张居正，活着的祖宗，海瑞——古怪的模范官僚，戚继光——孤独的将领，李贽——自相冲突的哲学家。作为皇帝的万历；两位首辅大学士张居正、申守时；古怪的模范官员海瑞；孤独的将领戚继光；和自相冲突的哲学家李贽，他们是是历史剖面，是一系列的象征。在书中可以看到了一位皇帝的无奈，虽然贵为一
在韦伯的理想状态中，官僚制组织的构建形成、部门分工、职位设置、成员选拔，一直到组织的运作，每一个成员的权力和责任，都是由法律制度（不光包括成文制度，也包括不成文制度）明确规定的。这些法律规则由组织成员协商而达成，或者由组织上层提出，但其成员以理性思考权衡而接受。因此，组织的一切规则都是理性的。任何组织成员，都依据这种规则而行事，上至组织的最高领导，下到基层普通职员，无不例外。他们服从的是共同认可的规则，而不是因人而异的举措，或者是个人的偏爱喜好。就连非常具体的报酬问题，也应当以固定薪金制来体现规则的力量。在这里，“人治”被彻底摒弃。但是，由于官僚组织只体现工具理性而排除了价值理性，所以，官僚组织从本质上来说是行政的或执行的工具，而不是政治的或情感的载体，所以，技术官僚不是法规制度的最终渊源，它必须服从于民选的政治领袖或拥有所有权的更高主人。这种官僚组织，实际上必须建立在所有权和经营权分离的前提上。正如韦伯眼里的官僚组织是规章的体制，而不是个人的体制，所以，官僚制是排斥个人魅力的。组织的运行不依个人的意志为转移，不受个人的感情的支配。理性化的另一种表述，就是非人格化。官僚制改变了传统社会中的人身依附和个人忠诚，职业官僚接受上级的指挥和命令，是因为他们要服从法律和规则，而不是服从命令者本身的人格魅力感召，或者是服从附着在他身上的身份地位，更不是服从由传统习俗决定的社会等级。万历在非人格化的皇帝的牌位下，只能服从祖宗的限制，对祖宗所谓的法理化规则一味的遵从，背离自己的偏好甚至“万历中兴”的梦想。万历皇帝不过是整套制度系统当中的一个角色，而且最受整套系统的压抑和控制。
等级制自古就有，而韦伯的官僚组织等级制与众不同。官僚组织中的职位，按权力大小和“命令-服从”关系，形成金字塔形的等级序列。这种等级制同以往的社会分层有着实质上的区别。以往的社会分层，如国王、贵族、自由民等等，是按人格身份形成的。官僚组织中的等级制，则是按组织权力形成的。这种权力摆脱了对人身的依附，这种等级制排除了古代和中世纪普遍存在的特权。古代王朝的创立时期，常得益于某个具有超凡魅力的领袖，人们信赖他那种拯救社会的神力，对乌托邦式美好世界的追求形成对领袖的拥戴，并焕发出“打江山”的动力。而一旦转入“坐江山”，就得实现权威的转变，把神力变成传统，制定典章制度，个人崇拜组织随之平凡化，变成传统组织。一位皇帝的无奈，虽然贵为一
韦伯的官僚组织，强调组织中根据专业技术的分工和人类理性的关系。分工的实际意义，不仅仅在于斯密强调的提高效率，而且在于消除等级社会的人身特权。在韦伯的分工体系中，人的差别只有技术能力的差别，而不再是身份和社会差别。所以，组织成员的选拔，必须采用考试方式。专业能力替代了个人效忠，权力和责任属于职位而不属于个人，这些权力和责任以法律制度的形式固定在组织之中。由此形成的组织，不仅可以通过分工方式提高效率，创造更多的财富，而且能够形成新的以理性为准则的组织关系，改变整个资本主义社会的结构。
本书当中，即那无关紧要的岁月里，有灰心朝政的当朝皇帝；有变法失败的前任首辅；有维持现状的现任阁僚；有无人效仿的模范文官；有知音难觅的优秀将领；还有自相矛盾，言行不一的思想家。他们的专业分工很明确，但因为整个国家正逐渐被强行推入所谓的现代，用作者的话来说，犹如让一只走兽，硬生生地变作飞禽。结局是落得不会飞也不会走，中国陷入半封建半殖民地的境地。作者在书中末段指出:当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及。作者一语点出我们这个庞大的帝国王朝的症结所在，这也是我们大明王朝乃至我们所有的封建王朝的晚期所需要改革的地方。如其序中所言“以道德代替法制，至明代至极，这就是一切问题的症结”。因为这个症结的存在，一切人在其中的角色都是悲剧。
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