明末清初，由于各地义军频频起事，官兵反复叛变无常；高雷廉等地区地处边远，并三面环海，经常受到海寇骚扰；高雷廉等沿海地区又常出现旱、蝗灾，风、水灾，加上清廷的高压“海禁”，自1647年（顺治四年）至1684年（康熙二十三年）的37年间，湛江地区出现了本地历史上最为悲壮的反清复明斗争。战争、灾难、野蛮政策，给湛江人民群众带来了巨大的苦痛。
1644年（崇祯十七年），罪恶的明末封建帝王为了保存自己的朽骨，对劳动人民极尽地敲骨吸髓，地方出现大批宦官横征暴敛，搞得商贩断绝、村镇萧条、民不聊生。三月十八日，李自成农民起义军攻入明朝首都北京，崇祯皇帝朱由检在煤山自缢。相传16代、统治中国276年的明王朝土崩瓦解。五月二日，多尔衮、吴三桂追击农民军，明朝文武百官出城五里跪迎多尔衮。同年十月，顺治帝从沈阳来到北京即皇帝位，建立了中国历史上最后一个封建王朝——清朝。
明亡后，清朝统治阶级对各地人民进行了残酷的民族压迫和阶级压迫，并施行野蛮的民族高压政策（当时，清政权和汉族民族矛盾的焦点是剃发令，加上残暴的“嘉定三屠”）。南明王朝虽然腐败不堪，但还被人们视为正统，还具有一定的抗清号召力。于是，湛江的三雷等地区，在这种背景下，持续发生了政权交替的反清复明斗年争，对湛江地区的农民伤害是非常沉重的。
清顺治四年（1647年）二月，清兵开始进入广东，当时清军两广总督是佟养甲，提督是李成栋。他们派遣总兵方国泰、副总兵汪宗宏率兵先后进据高（州）雷（州），而驻守雷州的明军参将蔡奎率官兵投降相迎，三月，佟养甲上疏奏报清廷:高、雷、廉三府平定。
当年六日，吴川县龙泉剑、杨千秋、郑哨牙六和博铺欧光宸等人率领群众起事，高举抗清复明旗帜，攻破吴川县城，杀死知县陈培亨等官衙等人。随后，起事众人又被游击汪齐龙打败。八月，雷州镇总兵黄海如举兵叛清，攻入吴川，杀死游击汪齐龙。十二月，黄海如进军雷州，通过与降明参将蔡奎作为内应，攻陷府城，占据雷州，自称宫保。不久，以王之翰、王之鉴兄弟为首的农民起义军，占据雷州西海岸一带，坚持抵抗清兵（此股抗清义军，直至顺治十三年，才被西山巡按御史张纯熙所镇压）。
顺治五年（1648年）春，明末守道黄兆穰率兵占据吴川。八月，明末辅明侯林察率水兵船队驶入芷寮、梅菉，登陆沿途进行大肆抢劫掠夺，吴川知县赖此存自缢而死；随后，黄兆穰用计把林察水兵全部歼灭。九月，广东提督李成栋叛清降明，派遣总兵闫可义占据高、雷、廉、琼四府。闫可义在攻下吴川后，在霞街屠杀军民数千人；围剿芷寮时，又虏杀男女数千人，其中黄兆穰也被其擒获。
顺治六年（1649年）二月，明将闫可义在平冈坡击败黄海如，黄海如从海路逃遁，遇风浪翻船坠海而死。当年冬，明将施尚义受太师陈邦傅的派遣东征高雷，并攻陷石城（现属廉江）。施所到之处，烧民房、毁城墙，居民深受其骚扰。
顺治七年（1650年），明高雷总镇官李明忠（南明封“海康伯”）率兵攻占高雷两府。第二年，清廷总兵徐有功率兵进攻高雷廉三府，李明忠率兵迎战，最终李明忠战败逃往龙门。
顺治九年（1652年），李明忠被清靖南王耿继茂擒杀。全国形势是大西军北上抗清，形成抗清斗争的第二次高潮。李定国所领导的农民起义军在川南、云贵一带与南明桂王政权合作，继续抗清。李定国在率军经过广西全州直捣桂林，清朝驻守桂林的定南王孔有德战贩自尽，广西全人民纷纷起兵响应。七月，明安王李定国命马宝率兵数万人，从广西进攻高雷。
顺治十年（1653年）六月，南明（永历政权）漳平伯周金汤、东方伯熊兆佐占据遂溪，随后又攻打雷州府城，后被雷州协将先启玉击退。七月，明将施尚义、叶标从石城攻占吴川，执杀知县黄应乾等人。八月，清廷平藩标下副总陈武、参将李之珍发兵征剿吴川。清兵所到之处，乱抢乱杀，吴川境内，“十室九空，百仅一脱”，“赤地千里，赤身饿殍者处处皆是”。
顺治十一年（1654）年三月，南明安西王李定国再次由广西柳州出兵广东，在石城青头营击退清兵的狙击进入高雷。高州府守将张月、雷州协将先启玉投降，李定国占据高州府署。六月，李定国从高州率兵进攻新会城，久攻不下。十二月，清廷派遣靖南将军固山额真朱玛喇率兵10余万南下，与尚可喜、耿继茂会师，联军增援新会，李定国败退广西，高雷复归清廷。自此，结束了高雷两府时清时明的混乱局面。
顺治十四年（1656年），清廷高压推行“海禁”，要求无票文行及私制二桅以上大船往外洋贸易的，一律从严惩处。第二年正月，高雷廉镇总兵栗养志，率兵对高、雷、廉三府进行“围剿”，无数无辜百姓被杀害。七月，海康县巡按御史张纯禧招抚盘踞在西海岸的南明义军王之翰，王之翰带领手下5400余人降附；其弟王之鉴也被手下郑昌捆绑降清，顺治十八年，郑昌又带头叛清，最终被总兵栗养志讨平。
康熙元年（1662年）三月，清廷重申“海禁”，勒令吴川、石城、遂溪、海康、徐闻沿海村庄及所有海岛的居民必须向内陆迁移50里。在“禁区”内不准百姓居住，所有房屋一律拆毁，田地也不准耕作，违者立即处死。康熙三年十月，清廷再次强迫居民内迁30里。湛江沿海各县民众深受其害，其中吴川县共迁586条村庄，农田耕作面积和收成锐减一半，数万人无家可归、无地可种，随时随地哭声载道。
广东巡抚王来任在康熙七年（1668年）上疏:
粤负山面海，疆土原不甚广，今概于海滨之地一迁再迁，流离数十万之民，每年弃地丁钱粮三十余万……未迁之民，日苦派办；流离之民，各无楼址，死丧频闻，欲民生不困苦其可得乎……
当年十二月，广东高雷总兵官于大海“自陈不称职”，命革任。清廷升参领祖泽清为高雷总兵官。
康熙十四年（1675年）六月，高雷总兵官祖泽清起兵叛清依附吴三桂（“三藩”之一），雷州副将谭捷、白鸽寨（今郊区太平镇通明村）土官陈大有等随应依附。吴三桂封祖泽清为“信威将军加清远侯”。十二月，祖泽清引吴三桂部下马雄进驻广东，攻陷高雷廉三府。第二年四月，广东讨寇将军尚之信叛变，总督金光祖、巡抚佟养钜也举兵响应。康熙十六年五月，平南王尚可喜（“三藩”之一）之子尚之信降清，七月，祖泽清以高雷归顺清廷。
康熙十七年（1678年）三月，吴三桂进兵广西，高雷总兵祖泽清再次叛清响应吴三桂，雷州副将谭捷元也随着降附。四月，清廷派将额楚平定雷州，谭捷元逃入西山，后被捉归清；祖泽清也被清兵打败，押解京城处死。谢昌、李积凤、冼彪、杨二等人，集船百余艘占据东海、双溪、南渡等地，连营抗清攻打清兵炮台，杀死吴川营千总等官兵，群众也受其掳掠。五月，都统金榜选、右镇杨应龙率师驻守雷州，连同雷协副将潘拱宸、雷州知府马良剿围。直至康熙二十年，清廷派遣顺德总兵蔡璋、虎头门水师总兵张瑜率水陆官兵沿海征讨，谢昌、冼彪等人才被杀，余党被打散。
在这几年当中吴川县发生严重瘟疫，死者相当多，全家死绝的户几乎过半。雷州人莫玖为了逃荒，康熙十年率领一批华人迁入越南；康熙十八年坡头反清人士陈上川为首的3000多人乘船逃至越南定居。康熙十九年雷州大旱，东西两洋颗粒无收，八月又飓风大作。康熙二十一年五月，石城县出现数万只蝗虫自西向东飞，3天才尽，十月地震；十一月海康县连续3次地震，声响如雷。第二年一月十七日，徐闻县发生地震，波及海康。康熙二十三年（1684年），清廷下诏解除海禁，被迁居民全部迁复原籍，并允许渔民出海捕鱼。28年的海禁，23年的迁界之政，37年的时清时明战乱，至此结束，人民群众的生活、作息才逐步走向稳定。
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