我们现在读的《神农本草经》，主要是从《证类本草》里面复辑出来。《神农本草经》的流传历史大概是这样的：
第一阶段：《神农本草经》成书应该是在汉代。
第二阶段：梁·陶弘景写了《本草经集注》，把《名医别录》和《神农本草经》放到了一起，再加上陶弘景自己对于这个药的评注，组成了《本草经集注》
第三阶段：唐朝人认为陶弘景写的这本《神农本草经集注》里面有一些有问题，然后对他进行了较定改正，搞出了《新修本草》（也叫《唐本草》），作为官方本草使用。
第四阶段：宋·唐慎微，在整理前人对于本草学的理解的基础上，以唐本草、蜀本草、开宝本草、嘉佑本草为主体（后来加入本草图经），参考药性论、日华子诸家本草、雷公炮灸论、本草衍义，写成了《经史证类备用本草》，这本书简称《证类本草》，在大观年间，政和年间，绍兴年间，都有印刷，所以也有大观本草，政和本草，绍兴本草，这三个版本名称。证类本草之前的本草文献几乎遗失殆尽，我们现在所能看到的，宋朝以前的本草绝大多数都是依靠证类本草才得以流传下来。
第五阶段：在宋朝以后，尤其是徽宗大力提倡运气学之后，中医理论发生了一个非常好玩的变化，就是对经典文献的注解类书籍增加，也就是说在宋朝之前，本草的体例一般没有对于功效的解释，即便是有也很少，主要是以症状为主，如牡桂“味辛，温，无毒。主治上气咳逆，结气，喉痹，吐吸。心痛，胁风，胁痛，温筋通脉，止烦出汗，利关节，补中益气。久服通神，轻身，不老。”而宋朝往后，大家对于本草，尤其是神农本草的注解类书籍大量增加。比如说本草经解，神农本草经种录，玉楸药解，药笼小品，本草新编，本经疏证，汤液本草 。
我不太清楚唐朝以及唐朝之前的古人对于本草是怎么认知的，可能他们也有对于药物的详细阐述，只是没有流传下来。但我更倾向于唐朝之前的人，是可以直接阅读神农本草经和本草经集注来获得对于本草学的是知识的，因为从证类本草所收录的文献来看，唐宋本草学家对于本草学的贡献主要在于药物基原与真伪的鉴别，很少涉及药解，同时代的像日华子、药性论他们的体例也是和神农本草经一致的。
我倾向于下一个武断的结论，大概在宋朝左右，中医学人失去了直接阅读神农本草经（本草经集注）的能力，需要注解辅助才能理解。
我在作的努力就是恢复中医学人这种直接阅读、应用本草经集注和神农本草经的能力。
经过我个人的观察和学习，我发现完成下面这几个工作就可以恢复对于神农本草经和本草经集注直接阅读、应用的能力：
首先要熟悉黄帝内经里面对于五味的论述，这个东西是看懂神农本草经五味理论的基础。
然后对于中医里面一些很基本的理念有一些明确的认识,比如脏腑，经络，经脉，气血、荣卫。
然后就是对照《诸病源候论》，逐个分析药物所提到的症状，比如说上气这个症状就去诸病源候论里面找，上气候。神农本草经的序录里面提到了大病之主，可以通过对于这个东西的认真研究和逐个学习，对于神农本草经所提到的症状有一个基本的了解。诸病源侯论是学习神农本草经最重要的一本书。
再就是要明白，神农本草经所提到的症状之间是有相互联系的，还是以牡桂为例子“味辛，温，无毒。主治上气咳逆，结气，喉痹，吐吸。利关节，补中益气。久服通神，轻身，不老”，桂枝进入人体之后，因为辛味辛散的方向，会从中焦出发先补中益气，然后往上到达肺部，体现出来的症状就是欬逆上气，最后能达到咽喉部位，对应的症状就是喉痹，然后还能走到四肢去，走的层次是关节，也就是利关节，往上走还可以到达头部，体现为通神。神农本草经所提到的症状，就像一串散落的珠子，需要用四气五味的理论把它穿起来，这样的话，整个药物的运行状态才比较明确。
至于如何运用，如果精研脉法的话，可以直接用精细脉法去对应药物走行的位置，这样的话药，在人体具体是怎么走就可以体现出来了。这样就可以直接应用这类药物来治病了。
如果问诊问的比较详细的话，也可以通过问诊来揣测患者内在的变化，达到同样的效果。最重要的一点就是要把药物放到真实的、解剖的、立体的人体框架里面去动态看待。
神农本草经（本草经集注）所提到的药物，其功能和治疗范围在所有本草书籍里面算是最丰富的。汉唐方书遣药处方都是根据神农本草经里面的药物来的。认真学习神农本草经还是非常的有好处的。
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