一是组织的目的不同。尽管两者都是为了增进成员的共同利益，降低成员交易的成本，但是农产品行业协会的主要目的是协调业内成员间的生产经营行为，防止因个别成员败德行为而导致的恶性竞争，维护行业内的竞争秩序，实现行业自律；而农民专业合作社是通过成员间的联合行动，实现规模经济、提升成员的竞争力。二是组织的性质不同。尽管两者都是自愿的、自治的组织，但是农产品行业协会是自律性的社团组织，不得开展营利性的经营活动；而农民专业合作社是互助性的经济组织，是经营实体。三是成员构成不同。尽管两者都是由利益关系者组成的组组织，但农产品行业协会的成员构成性质多元化，并具有行业的代表性；而农民专业合作社的成员是由经济弱势群体组成，成员相对单一。四是组织功能不同。尽管两者都为成员提供技术指导与推广、信息咨询、产品推介等各种服务，但是农产品行业协会对外代表成员开展行业维权，对内开展行业自律；而农民专业合作社对内服务成员，对外代表成员直接开展经营活动。
当前，农民专业合作社在全国开展的如火如荼，我们荣成市俚岛镇业先后成立了荣成市瑞祥奶牛等3个农民专业合作社。但是，还是有许多农户想要成立专业合作社，可是没有搞清楚合作社是什么性质的，与协会相同吗？本人认为有必要介绍一下，同大家们共同学习一下。 农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。 行业协会是社会中介组织，它的产生和发展是社会分工和市场竞争日益加剧的结果，反映了各行业的企业自我服务、自我协调、自我监督、自我保护的意识和要求。具体说来，行业协会的形成及其作用应该包含以下内容：一是必须以同行业的企业为主体；二是必须建立在自愿原则的基础上；三是必须以谋取和增进全体会员企业的共同利益为宗旨；四是一种具有法人资格的经济社团。 合作社与协会是两个不同性质的经济组织形式，是有区别的： （1）性质不同 合作社是企业法人，在工商部门登记，它是个企业，是个经济实体，它直接与社员签订购销合同，为社员提供生产资料和技术服务，收购农副产品，搞加工、运输、销售服务。 协会是社团法人，在民政部门注册登记，以农产品行业来划分，一般不搞经济实体，主要是为成员提供生产、技术、营销方面的信息和技术服务。如果要收购农产品搞加工、销售业务，则应另外成立实体公司。 （2）参加者不同 合作社的参加者一般为个体农民。 协会的参加者一般为企业，少数为个体农民。 （3）职责不同 合作社的职责是为社员提供生产经营的实际业务服务。 协会的职责主要是协调和自律，提出农产品贸易救济措施的申请，维护成员利益。 （4）代表的利益不同 合作社代表本合作社农民的利益。 农产品行业协会则代表这个行业的利益，对政府或对国外要维护本行业利益。 （5）其他方面的不同 A:合作社要坚持入社自愿，退出自由、民主管理、盈利返还各项原则. 协会则没有盈利返还等原则。 B:合作社一般不承担政府委托的管理职能。 协会一般可接受政府委托，代行一部分管理职能。 C:合作社是个企业，是要追求经济利益的，只是对内不赚或少赚社员的钱。 协会是非盈利组织，实际上一般不搞业务经营，服务时只收取代理费，对成员没有利润返还或利润分配的问题。
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