没收或不予退还保证金的情形有七种法定情形和一种约定情形，主要有撤回投标、串通投标、第一名放弃中标、不签定合同、提出附加条件、更改合同实质性内容、不提交所要求的履约保证金。发生以上情形的不能退还保证金，要写清说明出具处理意见，分别按政府采购项目、非政府采购项目、交易中心项目三种情况处理。
采用招标采购方式，包括公开招标、邀请招标，保证金没收或不予退还的法定情形有三种:（1）中标人无正当理由不与招标人订立合同，在签订合同时向招标人提出附加条件，取消其中标资格，投标保证金不予退还；（2）中标人无正当理由不与招标人订立合同，不按照招标文件要求提交履约保证金的，取消其中标资格，投标保证金不予退还；（3）投标有效期内投标人撤销投标文件的，采购人或者采购代理机构可以不退还投标保证金。投标有效期是从提交投标文件的截止之日起算。
法规依据：《工程建设项目施工招标投标办法》中华人民共和国国家发展计划委员会令第30号，第四十条，在提交投标文件截止时间后到招标文件规定的投标有效期终止之前，投标人不得补充、修改、替代或者撤回其投标文件。投标人补充、修改、替代投标文件的，招标人不予接受；投标人撤回投标文件的，其投标保证金将被没收。
《工程建设项目施工招标投标办法》中华人民共和国国家发展计划委员会令第30号第八十一条，招标人不按规定期限确定中标人的，或者中标通知书发出后，改变中标结果的，无正当理由不与中标人签订合同的，或者在签订合同时向中标人提出附加条件或者更改合同实质性内容的，有关行政监督部门给予警告，责令改正，根据情节可处三万元以下的罚款；造成中标人损失的，并应当赔偿损失。中标通知书发出后，中标人放弃中标项目的，无正当理由不与招标人签订合同的，在签订合同时向招标人提出附加条件或者更改合同实质性内容的，或者拒不提交所要求的履约保证金的，招标人可取消其中标资格，并没收其投标保证金；给招标人的损失超过投标保证金数额的，中标人应当对超过部分予以赔偿；没有提交投标保证金的，应当对招标人的损失承担赔偿责任。
采用非招标采购方式，包括竞争性谈判、单一来源采购、询价采购、竞争性磋商,保证金不予退还或没收的四种法定情形：（1）供应商在提交响应文件截止时间后撤回响应文件的；（2）供应商在响应文件中提供虚假材料的；（3）成交供应商不与采购人签订合同的，除因不可抗力或谈判文件、磋商文件、询价通知书认可的情形以外；（4）供应商与采购人、其他供应商或者采购代理机构恶意串通的。
法规依据：《政府采购非招标采购方式管理办法》财政部令第74号，第二十条，采购人或者采购代理机构应当在采购活动结束后及时退还供应商的保证金，但因供应商自身原因导致无法及时退还的除外。未成交供应商的保证金应当在成交通知书发出后5个工作日内退还，成交供应商的保证金应当在采购合同签订后5个工作日内退还。有下列情形之一的，保证金不予退还：（一）供应商在提交响应文件截止时间后撤回响应文件的；（二）供应商在响应文件中提供虚假材料的；（三）除因不可抗力或谈判文件、询价通知书认可的情形以外，成交供应商不与采购人签订合同的；（四）供应商与采购人、其他供应商或者采购代理机构恶意串通的；（五）采购文件规定的其他情形。
《政府采购竞争性磋商采购方式管理暂行办法》财库〔2014〕214号，第三十一条，采购人或者采购代理机构应当在采购活动结束后及时退还供应商的磋商保证金，但因供应商自身原因导致无法及时退还的除外。未成交供应商的磋商保证金应当在成交通知书发出后5个工作日内退还，成交供应商的磋商保证金应当在采购合同签订后5个工作日内退还。有下列情形之一的，磋商保证金不予退还：（一）供应商在提交响应文件截止时间后撤回响应文件的；（二）供应商在响应文件中提供虚假材料的；（三）除因不可抗力或磋商文件认可的情形以外，成交供应商不与采购人签订合同的；（四）供应商与采购人、其他供应商或者采购代理机构恶意串通的；（五）磋商文件规定的其他情形。
但是采用竞争性谈判、竞争性磋商采购的，对于“在提交响应文件截止时间后撤回响应文件”与“在提交最后报价之前，可以根据谈判（或磋商）情况退出谈判（或磋商）”情形不同。已提交响应文件的供应商，在提交最后报价之前，根据谈判（或磋商）情况退出谈判，这时，采购人、采购代理机构应当退还退出谈判（或磋商）的供应商的保证金。依据是因为在竞争性谈判或竞争性磋商活动中，由于采购文件的实质性变动，提交响应文件的供应商经过谈判或磋商，已不能满足采购需求，可以在提交最后报价之前退出谈判或磋商。如果采购文件未发生实质性变动，在提交最后报价之前退出谈判或磋商的供应商其保证金仍应该没收或不予退还。
采购文件另行规定不予退还保证金的情形。《政府采购货物和服务招标投标管理办法》87号令第二十条规定，“采购人或者采购代理机构应当根据采购项目的特点和采购需求编制招标文件。招标文件应当包括以下主要内容：（一）投标邀请；（二）投标人须知（包括投标文件的密封、签署、盖章要求等）；（三）投标人应当提交的资格、资信证明文件；（四）为落实政府采购政策，采购标的需满足的要求，以及投标人须提供的证明材料；（五）投标文件编制要求、投标报价要求和投标保证金交纳、退还方式以及不予退还投标保证金的情形；（六）采购项目预算金额，设定最高限价的，还应当公开最高限价；……”。《政府采购非招标采购方式管理办法》财政部令第74号，第二十条，采购人或者采购代理机构应当在采购活动结束后及时退还供应商的保证金，但因供应商自身原因导致无法及时退还的除外。未成交供应商的保证金应当在成交通知书发出后5个工作日内退还，成交供应商的保证金应当在采购合同签订后5个工作日内退还。有下列情形之一的，保证金不予退还：，……（五）采购文件规定的其他情形。《政府采购竞争性磋商采购方式管理暂行办法》财库〔2014〕214号，第三十一条，采购人或者采购代理机构应当在采购活动结束后及时退还供应商的磋商保证金，但因供应商自身原因导致无法及时退还的除外。未成交供应商的磋商保证金应当在成交通知书发出后5个工作日内退还，成交供应商的磋商保证金应当在采购合同签订后5个工作日内退还。有下列情形之一的，磋商保证金不予退还：……（五）磋商文件规定的其他情形。根据以上三条规定，除了上述的法定情形外，本着与采购项目相关且符合法律规定，公平对待供应商的原则，采购文件中约定保证金不予退还的其他情形是可以的。例如，将“投标人不确认算术错误修正”列入不予退还投标保证金的其他情形，限制投标人在确认算术错误修正时采取对已有利就确认，对已不利就不确认的投机心态。还有的采购文件中规定，“不交中标服务费，不予退还投标保证金”。
没收或不予退还保证金分别按政府采购项目、非政府采购项目、交易中心项目三种情况处理。
政府采购项目，不予退还的保证金都要上缴国库。保证金并不直接用于补偿因投标人的行为而给采购人或采购代理机构造成的损失。依据财政部《关于明确政府采购保证金和行政处罚罚款上缴事项的通知》，保证金属政府非税收入，规定中央预算单位“将不予退还的保证金上缴中央国库”。采购人或行政监督部门形成处理意见，由集中采购机构、采购人按照就地缴库程序，将不予退还的保证金上缴中央国库。关于就地缴库程序，缴款人应根据属地原则到财政部驻该地区财政监察专员办事处领取《一般缴款书》，通过填写《一般缴款书》将资金缴入中央国库。一般缴款书的填写方式：预算科目名称填“其他一般罚没收入（103050199）”；收款单位一栏：财政机关填财政部，预算级次填中央级，收款国库填写实际收纳款项的国库名称（国家金库总库或国家金库××省分库）。
非政府采购项目，不予退还的保证金交给采购人或者采购代理机构来处理。保证金除了约束投标人的行为，还要补偿给采购人和采购代理机构造成的损失。采购人或者采购代理机构形成处理意见，通报不予退还保证金的企业，保证金额度不足以补偿给采购人和采购代理机构造成损失的，成不成一致意见的，依照民事争议程序解决。
公共资源交易中心应当按照有关规定建立保证金代收代退制度。交易中心项目，没收或不予退还保证金的，采购人、采购代理机构或行政监督部门形成处理意见，由公共资源交易中心按照规定程序代扣，然后再按照将政府采购项目、非政府采购项目分别处理。
依据法规：
1、《政府采购非招标采购方式管理办法》财政部令第74号
2、《政府采购竞争性磋商采购方式管理暂行办法》财库〔2014〕214号
3、《工程建设项目施工招标投标办法》中华人民共和国国家发展计划委员会令第30号
4、《关于明确政府采购保证金和行政处罚罚款上缴事项的通知》财库〔2011〕15号
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