临床研究中，正确的设立对照组可以较好的控制非处理因素对结果的影响，从而充分显示研究因素的效应。对照组的设立应当满足均衡性，即在整个研究过程中，除了研究因素以外，对照组和试验组的其他非处理因素都是一致的。
临床研究通常涉及到治疗效果的问题，而疾病的转归受到治疗的作用、安慰作用、疾病自然转归以及回归中位作用等多种因素的影响，这些因素的作用往往交织在一起无法区分，因此必须通过设立对照组来确定治疗作用的大小。临床研究中设立对照组的常见问题如下。
1、缺乏对照组
【原文】观察针灸治疗气阴两虚型2型糖尿病患者的干预效应，并分析影响疗效的因素。选择气阴两虚型2型糖尿病患者85例，治疗原则为健脾益气、养阴生津、除湿降脂，采用耳针、温灸、体针联合施治。观察针灸治疗3个月后患者空腹血糖（FPG）、空腹胰岛素（FINS）、胰岛素敏感性指数（ISI）、胰岛素抵抗指数（Homa-IR）、胰岛β细胞功能指数（Homa-β）及总胆固醇（TC）、甘油三酯（TG）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-c）、高密度脂蛋白胆固醇（HDL-c）水平及肥胖指标的变化和疗效。（《中华中医药杂志》2014年发表）
【分析】该研究看似是对一组患者治疗前后进行比较，进而说明针灸治疗的效果。但是却忽略了研究因素之外的其他因素的影响，如疾病的转归、研究对象的饮食影响、运动的影响、其他治疗方式的影响等，但是否对这些因素进行控制以及如何控制，文中并没有给出明确的说明。给予针灸治疗前，也没有对研究对象进行足够时间的观察，无法客观评价针灸前研究对象的疾病健康状况。因此，很难认为该研究在针灸治疗前后是可比的，也就无法确定研究指标的变化就是由于研究因素（针灸）引起的。
自身对照是指对照和试验在同一受试对象身上进行，如身体的对称部位或试验前后两阶段分别接受不同处理。但是自身对照最大的问题在于，自身对照使用的是不同期对照，如果研究对象自身状况、疾病状态或者环境因素在试验前后发生改变，很可能对研究结果造成影响，这样的对照就是不合适的。
2、对照不全
【原文】两组患者入院后，首先给予降压、抗凝等基础治疗。在此基础上，对照组患者采用常规ACEI类药物进行治疗。观察组在对照组治疗基础上使用螺内酯片进行治疗，25mg/次，1次/d，同时给予饮食控制，采用胰岛素将血糖控制为约7.0mmol/L，血压控制为约140/90mmHg。两组患者均持续治疗12周。（《临床医学》杂志2016年发表）
【分析】研究目的是“观察螺内酯片对糖尿病肾病患者的炎症病变及蛋白尿排泄的改善效果”，除了研究因素螺内酯片，以及与对照组相同的ACEI类药物外，观察组还多了饮食控制、胰岛素控制血糖、血压控制三方面的内容，这些都可能影响到研究对象的病情，从而对结果产生影响。
该研究存在“螺内酯片使用与否”“ACEI类药物使用与否”“饮食控制与否”“胰岛素控制与否”“血压控制与否”5个因素，但是研究仅设立了一个对照组（使用ACEI类药物），而事实上观察组的效果中不仅仅包含了ACEI类药物和螺内酯片的作用，同时还可能有其他三方面因素，或者是几种因素的交互作用，显然仅凭对观察组和对照组的比较，不能证明螺内酯片就是造成两组结果差异的原因。
3、对照组的设计与研究目的不相符
【原文】70例患者均为2009年3月-2011年4月X医院门诊及住院患者，采用随机数字表法将其分为小柴胡汤组（治疗组）35例，肾炎康复片组（对照组）35例。另外收集20名2009年3-6月X医院体检中心健康体检者作为健康对照组。两组患者（治疗组和对照组）年龄、性别、病程及病情分布比较，差异无统计学意义（P>0.05）。（《中国中西医结合杂志》2013年发表）
【分析】该研究有两个目的，第一个是通过分析治疗组和对照组的观察指标来说明小柴胡汤的治疗效果；第二个目的是通过免疫指标的变化来说明疾病可能的机制。
对于第二个目的，研究者是通过对治疗组、对照组、健康对照组三组的分析得出结论。但是文中“讨论”部分，研究者实际上是通过对患者（治疗组和对照组）和健康对照组的比较得出结论的。因此对于第二个研究目的，并没有必要分为三个组，可以将治疗组和对照组合并为患病组，与健康对照组进行比较分析即可。但是即便如此，仍然存在两组不具有可比性的问题。因为20名健康体检者并非是随机选择的，文中也没有相应的分析来证明患者与健康体检者在年龄、性别等其他因素方面的可比性。可见在这一部分，研究者并没有根据研究目的来确定对照组和试验组。
4、对照组样本量不足
【原文】33只新西兰白兔随机抽样分为2组，实验动物30只、对照组3只。实验感染：取强毒鼠疫菌141株37℃24h培养物，比浊稀释成20亿/ml（活菌数为45.2），分别给33只新西兰白兔鼠鼷部皮下接种，每只1ml。（《中国地方病学杂志》2005年发表）
【分析】实验组30只动物，对照组3只，两组样本量相差悬殊，文中写到“随机抽样分为2组”也是值得怀疑的。研究中显然对照组的样本量太少，其结果并没有很好的代表性，无法说明实际情况，也无法与试验组的结果进行比较。
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