全面分析了三篇10+文章的思路和高端的作图方式,除了这些,文章中还出现了一个比较常见的图,那就是蛋白位点保守性分析图(是不是很熟悉)。
这种图经常出现在文章中,不知道大家是否会做这种图,今天笔者给大家分享几个在线小工具,保证你轻松搞定保守性分析。以下都以第三篇文章的stat3作为范例进行讲述。
1. Clustal Omega
进入该网站,网址为https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/。
在序列栏中填写各个物种中stat3的序列。
点击下方的submit,待网页刷新后,即可获得序列比对结果。
在方法有很多可以选择的条件,其中比较好用的是系统进化树和显示颜色,在这里点击phylogenetic tree,可以获得stat3的进化情况。
点击show colors,可以看到图中不同氨基酸显示不同颜色,在下面标注“*”的表示位点保守。
2. COBALT
进入该网站,网址为https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt/re_cobalt.cgi。
在输入栏中填写stat3的蛋白序列,注意这里需要FASTA格式。
随后点击Align,获得比对结果,可以看到stat3在各物种中相当保守。当然在这里也可以根据view Fomat和conservtion setting对比对结果进行修饰。
3. ClustalW
进入该网站,网址为https://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/。
在sequences处选择Protein,随后输入stat3的序列。
点击send to ClustalW,获得比对结果。其结果展示方式和Clustal Omega网站类似。
4. multalin
进入该网站,网址为http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/。
在搜索框中输入stat3在物种中的序列。
点击Start MultAlin即可获得比对结果,标准为红色的表示该位点保守。
蛋白序列比对工具就分享到这里,至此,关于那三篇10+的文章解读算是彻底完成,从课题思路到作图技巧,从文章中我们真的能够学到很多知识,笔者也只是粗略梳理了一遍,剩下的留给科研同行们细细体会。
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