手把手教信号通路可视化

信号通路作为细胞内活动的真实写照，素来都是分子机制研究的重头戏，因而无论是高分文章还是申请基金，都少不了要抱抱信号通路的大腿。然而，信号通路内分子盘综错杂，有时我们需要绘制信号通路图来协助理解。但是，自己画的图难免.....非常难看。

           

           

因此，我们常借助一些信号通路的可视化软件来绘制。今天给大家介绍点场用的软件或网站。

KEGG是我们做信号通路研究中接触最多的一个数据库。这个庞大数据库一个有别于其他数据库的显著特点就是具有强大的图形功能，可以直观图形来介绍众多信号通路以及各类通路之间的关系。里面的KEGG mapper可用来对信号通路进行可视化。

网址：http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html

打开网页，首先选择我们输入的基因

           

           

注意：在数据ID的里面是不接受基因名的。所以我要进行转换。用DAVID可以转换，具体方法自行百度哈。

如下图，我们输入想要标注的基因和对应基因想要标注的颜色。然后点击'exec'提交即可。

           

           

最终我们会得到这些基因主要位于哪个通路。然后选择想要标注的通路即可。

           

           

但是呢，KEGG mapper出来的图形呢。不是矢量图。所以会出现模糊的现象。这个要么自己修复一下要么和别的工具自己画吧。

PathwayMapper(http://www.pathwaymapper.org/)一个网上自己画通路的软件。类似于做流程图的软件。里面提供了画基因的框架和基因上下游关系的连接线。

           

           

通过这两个功能。我们就完全可以自己DIY自己想要的通路了。同时呢。这个网站还包括了一部分之前TCGA数据发表的通路。我们可以在'network'— 'TCGA'中选择。如下图则是我们选择内置的一个通路图

           

             

除了基本的绘制通路的功能之后。这个网站还是可以给每个通路里面添加数据进而用颜色进行区分。具体怎么做呢。我们在绘制好通路之后，类似于下图的表格。其实就是一列是基因另外的列根据需要自己添加。下图是不同器官的表达量。

           

           

然后“alteration”—'load from file'导入我们自己编写的文件。即可得到下图这样的可视化结果

           

           

最后通过export我们就可以导出图片了。如果我们这次没画完怎么办。同样可以把画的先导出来。然后下次画的时候重新导进去就行。是不是很方便？