中央研究院是民国时期中国科学、文化研究的最高机构。它的院长必然是学者，而不能是与学术无关的纯官员。但作为中央研究院的最高行政领导，又不能是不问世事、不通政治、没有组织能力、不获政府信任的纯学者。
能否产生出一位既是学者又是政治人物的院长，关键在于院长的产生程序。
所以，当时规定，中研院院长的产生应由中央研究院的评议会投票推荐三位侯选人，再由国民政府从中遴选任命。
评议会为全国最高学术评议机构，由学者组成，但只有院长的推选权而无任命权；政府有任命权，但只能在学者们推选出的候选人中作出选择，而不能为所欲为。
这样的设计，着眼于学术与政治的平衡对立、互相制约。
中央研究院的首任院长是蔡元培，是当之无愧的不二人选，因此毫无争议地当选。
但1940年3月初，蔡元培先生在香港病逝，补选继任院长之事便提上日程，由此引起一场风波。透过这场风波，我们可以更清晰地看出当时学术与政治间的博弈。
胡适、翁文灏、朱家骅是当时呼声最高的三人，因为他们既是著名学者，又与政治有相当渊源。
三人中又以胡适声望最高，周炳琳、陈源、陈寅恪、傅斯年等著名学者都公开表态支持胡适，都认为最适当的人选是胡适。
有人甚至专程赶到陪都重庆只为投胡适一票。
不过，学者们马上意识到问题的复杂性。原来，胡适在抗日战争爆发后，于1938年年底出任中国驻美大使。当时正值中国抗战最艰难的时刻，迫切需要胡适促使美国改变对中日两国的中立态度，以寻求美国对中国抗战的援助。
此时，太平洋战争尚未爆发，美国仍未参战，学者们意识到胡适身负民族、国家重任。从这一点来看，不应该让他回国担任中研院院长。
胡适与蒋介石
同时，还有另外一个复杂的因素，驻美大使是一个“肥差”，以贪渎出名的孔祥熙一直想将此职纳入自己囊中，此时他悄悄活动，力主将胡适调回出任中研院院长，由他的亲信颜惠庆继任驻美大使。
孔氏一家原本就声名狼藉，此消息传出，学者们更加反感。
这样，许多学者盼望胡适回国出任院长一职，同时又念及胡适身上的重任，更不想让驻美大使一职被孔氏染指，左右为难，不知如何投手中的这一票。
就在大家左右为难之际，蒋介石突然插手，明确要大家“举顾孟馀出来”。顾孟馀早年入德国柏林大学学习经济学，1922年回国后曾任北京大学德文系主任、经济系主任兼教务长，1925年年底任广东中山大学校长，后来加入国民党。在20年代后期曾担任过国民党中央执行委员、中央宣传部部长、中常委等职，30年代曾任铁道部部长、交通部部长、中央政治会议秘书长等要职。
顾孟馀
顾氏与汪精卫交往很深，曾是汪精卫反对蒋介石的“改组派”骨干。但1938年年底汪精卫投敌叛变后，顾孟馀力劝无效，坚决不参加汪精卫组织的伪政府，而是由香港返回重庆，与之分道扬镳。回到重庆后，他一直闲着。
这次中研院院长出缺，蒋介石想让他出任院长，一是因为他曾任北大经济系主任、中山大学校长等职，并非不通学术。同时，中研院院长又非中枢要职，蒋介石正好可以安排以前的“政敌”，表现自己的宽宏大量。
蒋介石从“政治”的角度考虑院长人选，却破坏了规则，引起学者们的强烈反应，一时群情激愤，认为此举破坏了学术的自由与独立。
在投票前夕的聚餐上，陈寅恪重点讲述学术自由的意义，并说“我们总不能单举几个蒋先生的秘书”。
席间，当即进行了民意测验性的非正式投票，结果翁文灏获得23票，胡适得22票，朱家骅19票。
朱家骅
此事被蒋介石知道后，他大为不满地说：“他们既然要适之，就打电报让他回来吧！”
评议会于1940年3月22日正式开幕，第二天进行院长候补人的正式选举。
评议员以无记名方式推举三名院长候选人，结果翁文灏与朱家骅各得24票，胡适20票，李四光4票，王世杰4票，顾孟馀1票。
一些学者担心胡适当选，而辞去驻美大使之任，故意不投他的票，但他仍然获得这么多的票，足见他的威望之高，而顾孟馀仅得一票则是学者们用选票对蒋介石干预学术、破坏学术自由的抗议。
翁文灏
按照有关规定，评议会将得票最多的前三人具名呈报国民政府。
由于此事牵涉面较广，蒋介石在这三人中，经过半年之久的踌躇，最终于9月才圈定朱家骅。
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