故事发生在清朝同治年间，南昌府南部二十里处的大寨村里有一个叫云仲鹤的老药农，此人天赋异禀，精通各种药性，医术比当地所有的郎中还要高上一筹，人们遇到什么疑难杂症都喜欢找云老汉帮忙。
云老汉心地善良，对每一个前来求医问药的人都会认真诊治，还常常会自掏腰包帮助付不起诊费和药费的病人，在当地善名一片。
有一天深夜，正在熟睡中的云老汉突然被一阵急促的敲门声惊醒，开门一看村东头的王寡妇正抱着她昏迷不醒的儿子痛哭不止。
云老汉立马从王寡妇手中接过孩子，把过脉后深深皱起了眉头，王寡妇见他这副神情，立马跪在云老汉的面前，求他救救自己的儿子。
云老汉问王寡妇，这孩子是不是去过山上，王寡妇疯狂点头，告诉云老汉，晚上吃饭的时候儿子没回来，她就到山上找，结果在山顶找到了睡着的儿子，她背着儿子回到家中，却发现儿子怎么都叫不醒，这才来找云老汉。
云老汉听后长叹一声，言明这孩子是中毒了，需要山根作为解药，这会他先配点其他药物压制毒性，明天一大早他就上山采药，王寡妇听后连忙跪地谢恩。
第二天天一亮，云老汉就背着药蓝走到村外的山上，凭借着丰富的经验，他很快就找到了山根，正当他伸手去拔那株山根的时候，却突然犹豫起来。
一个艰难的选择摆在云老汉的面前，若是不拔山根，王寡妇的儿子就会命丧黄泉，若是拔出山根，山里的那位就会被放出来。
最终，云老汉还是觉得人命重要，一狠心一咬牙，就把山根拔了下来，装进药蓝中往山下跑去，一路上渐渐加快速度，很快空气中就出现了残影。
到家中后，云老汉将山根捣碎，兑水给王寡妇的儿子喝下，没多久王寡妇的儿子渐渐睁开了眼睛，王寡妇见状连忙给云老汉磕头谢恩。
这时，山上突然传来一阵巨响，村民们纷纷跑出屋子，只见外面地动山摇，恢复平静后，人们发现山崖裂开了一道五丈长的口子，正当人们议论纷纷的时候，眼尖的人发现有一个东西正在从口子中往外爬。
那东西脑袋浑圆，四肢短小，背上有甲，体型如牛，竟然是一只巨龟，云老汉看着这只巨龟，长叹一声说道：“该来的还是来了！”
话音刚落，云老汉就抬腿向山上跑去，没多久就来到巨龟面前，巨龟见到云老汉后口吐人言：“老朋友，好久不见。”
云老汉讥笑一声问道：“是你在那孩子身上做的手脚吧？”巨龟听后邪魅一笑，缓缓地点了点头。
云老汉怒发冲冠，直接现出摇身一变变成一条巨蛇，朝着巨龟冲去，一龟一蛇打得如火如荼不可开交，山上的很多植被都遭了殃。
没多久，双方都变得奄奄一息，躺在地上望着天空不停喘息，就像很多年前一样，很多年前，刚刚修成人形的一蛇一龟一同拜在一个龙虎山高人的座下。
出师前，他们的师父给他们算了一卦，言明二人必有一场生死之争，二人约定好，一定要让这场争斗来得晚一点。
下山后，云老汉到处行侠仗义，而巨龟却到处惹是生非，为了不让他造成更大的祸端，云老汉直接将他封印在山中，被封印前，巨龟放出狠话，自己出山之日，就是二人对决之时。
之前王寡妇抱着儿子来求医的时候，云老汉一眼就看出来，王寡妇的儿子中的是巨龟之毒，在人命和对决之间他选择了后者，这才有了刚才那一幕。
这时，巨龟率先恢复元气，朝着巨蛇咬来，正当巨蛇被咬得奄奄一息的时候，扛着锄头的村民们纷纷赶来，朝着巨龟攻击起来，巨龟讥笑一声将村民们打得东倒西歪。
眼见村民们纷纷受伤，巨蛇狂性大发，直接将巨龟打得灰飞烟灭，云老汉恢复原形，坐在原地喘息不已。从此，村子里渐渐恢复了平静，村民们也没有碰到什么奇怪的事。
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