康熙六年（1667年），此时索尼亡故，苏克萨哈则在与自己的的争斗之中落得一个被杀的结局，与自己一样出自镶黄旗的遏必隆又唯自己马首是瞻，鳌拜也真正成为掌握朝堂大权的权臣。
但是，此时趾高气昂的他或许并未在意康熙四年时，孝庄太后的一个举措。康熙四年（1665年），孝庄太后做主为康熙帝迎娶了索尼的孙女赫舍里氏，赫舍里氏的父亲索额图也在父亲索尼死后，成为康熙帝的领侍卫内大臣。赫舍里家族也借此与康熙帝、皇权实现了利益绑定。
而鳌拜却还在沉浸于肆无忌惮之中，为所欲为。关于权利的斗争，也一触即发。
康熙八年（1669年）五月，16岁的康熙帝在"以弈棋故，召索相国额图入谋画"之后做了两个举动。
一个便是以用兵为由，将鳌拜的亲信派往各地，名义上擢升的同时也实现了对京城防务的控制，另一个则就是招徕一批身强力壮的亲贵子弟，练习布库。所谓布库，也就是我们所说的摔跤。这样的举措，也使得鳌拜踌躇不定，同时还以为这个只有16岁的皇帝只是一个沉迷嬉乐的孩子。
但是就在康熙帝“不经意”召见之下，这位纵横满清十几年的“巴图鲁”，最终猝不及防之下，束手就擒。随即，康熙帝迅速命令议政王大臣审讯鳌拜。在鳌拜就擒之下，此时这位顺治帝委任的辅政大臣，已经是必死之局。在核审之后，宣布鳌拜所犯30条大罪，判处革职、立斩。随后鳌拜面前康熙帝时，以累累伤痕示人，也让康熙帝动了恻隐之心，改死刑为禁锢。但对于鳌拜的党羽，康熙帝则选择了或者处死，或者革职。
可令人蹊跷的是，也就在禁锢鳌拜的同年，不出几个月鳌拜便去世。这也让人们对于鳌拜之死，流言四起，多以为乃是康熙帝“圣心独断”的结果。毕竟，鳌拜已经威胁到了皇权，历史上但凡权臣的结果也几无好下场，前朝康熙帝的父亲顺治帝，便对多尔衮开棺戮尸。那么覆巢之下，作为鳌拜的妻儿，又会有何下场呢？
就在鳌拜死后，他的女婿敬谨亲王兰布被降为了镇国公，至于儿子纳穆福，康熙帝竟然并没有实行连座，反而是在审讯之后以“效力年久，不忍加诛”之名义，选择将他释放了事。如果说，这些颇有一些康熙帝念及旧情，处理结果已经为人所惊讶的话。那么，在接下来的44年后康熙帝的举措，则令人出乎意料。
康熙帝五十二年，康熙帝为鳌拜恢复了名爵，允准其子嗣世袭。其实，作为满清的巴图鲁，鳌拜作为出身将门之后，在皇太极攻伐察哈尔部林丹汗、征服朝鲜中都曾立下赫赫战功，还曾将楔在后金（大清）背后，曾为毛文龙所守的皮岛攻克。松锦之战、西充之战中亦是一马当先，而且作为镶黄旗人，他对于皇太极死后，多尔衮独掌大权也是屡有对抗。所以，获得此爵也是当得。
而雍正帝继位后，更是追赐鳌拜祭葬，恢复一等公，甚至在雍正九年，更有加封为超国公之举。这也使得鳌拜成为中国封建史上，少有的能够在因飞扬跋扈、手握大权被禁锢而死，却又能够荫及子孙的权臣。
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