[step by step]小白做网络分析（2）——筛选DEGs（欢迎大神提意见指导）

筛选DEGs有很多方法：R语言，GEO-2R，GCBI在线实验室等。R语言的代码可以搜到（我也分享过一个帖子，可去查看）；GCBI实验室很简单；这里介绍一下GEO-2R。

1.打开GEO-2R

2.把样本分组

3.看数据是否需要进行normalized。我之前以为Affymatrix都需要normalize，而Illumina都不需要。但是这个想法是错误的。这个dataset就是来自Affymatrix平台，但却不需要normalize。

4.把R代码复制到R软件中。可以根据需要改限制值（p，FC等），建议按照citation的文献来改。

5.注意！！！注意！！！Tool使用帮助：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/geo2r.html#logtransform

GEO-2R对数据的处理、筛选很粗略，所以建议一定要自己修改R script，然后自己用R运行代码，得到精确的结果！

ccccstc

具体怎么改法？哪几个处理很粗略？它就是进行了log2转换么？

具体改法：[step by step]小白做网络分析（3）——DEGs-R代码（欢迎大神提意见指导） - 丁香园论坛

处理粗略：其实我也没看出来哪里处理的很粗略，但是个人认为，也许是因为本工具采用的是RMA方法处理，以及代码中未包含DEG的筛选。

是的，就是只进行了log2转换。