这里的”癸巳“指的是万历二十一年，也就是1593年，这在我们老祖宗干支历里的干支纪年中的第30年被称为”癸巳“。所谓”大计“则是对官员的考察。自从明朝弘治年间开始，京官要每六年一查，也叫”京察“。京官四品以上自陈，由圣旨定去留，五品以下则由吏部考察，实际考察人就是吏部尚书、吏部考功司郎中及都察院左都御史。
正巧万历二十一年就是六年一度的”大计“之年，万历年间的每次大计都闹得沸沸扬扬的，这次更甚。此次大计由吏部尚书孙龙、都察院左都御史李世达主持，文选司郎中顾宪成、吏部考功郎中赵南星等人协助。
”大计“刚结束次月，科道言官刘道隆等以拾遗论弹劾兵部职方司员外郎杨于廷、职方司主事袁黄，以及吏部尚书孙龙同乡吏部稽勋司员外郎虞淳熙，台省为之交谪。大家都知道，明朝的言官是最不怕报复的一群人，职位虽小但是谁都不愿招惹，很多内阁首辅就是被这帮人骂下台的。现在”大计“刚结束，言官们就开始行动了，并且这几位被盯上的也只能被降职。
但是随后问题就出在了虞淳熙身上，我为什么在介绍他的时候单独说他是吏部尚书孙龙的老乡呢，因为吏部正商量着怎么留虞淳熙等人呢，言官刘道隆马上继续开炮，将矛盾对准了吏部尚书孙龙，说他结党营私。古代的乡土关系可以说是非常重要的人际关系之一，这些考中进士做官的，无非看是不是同一年考的进士，或者有没有同乡之情。
万历皇帝听说这事后也觉得要防着点大臣们结党营私，于是就让吏部回奏。这时候文选司郎中顾宪成跑出来为孙龙挡刀，上书力辩，拒不承认结党营私。这样一来反而把万历皇帝惹毛了，他以孙龙不引罪，罚俸两月，虞淳熙等人都勒令下岗。
孙龙这一次跑了出来求饶，并且为赵南星辩论。左都御史李世达以自己同掌京察，也为赵南星、虞淳熙等人上书辩论。除此之外，内阁王锡爵也上密揭，请求对吏部从轻处理。他在密揭中说：
臣等因见言出该科，事关圣断，且吏部原覆拾遗之疏，不动一人，委属欠妥，皇帝所疑，其理未尝不正，以此仓惶照依传旨票拟。既而细访外论，今年考察，系郎中赵南星专管，虽意见可否之间，时多与台省有异，而执法之公、任事之勇、怨仇不避、请托不行，则南星以此自信，臣等亦可以信南星者。特其是己非人，抑扬太过，致招訾议，情或可原……不妨从轻处分，量为罚俸，以全吏部之体。
王锡爵晓之以理动之以情，还先奉承了万历皇帝两句，但结果还是未被采纳。
于是发生了诡异的一幕，佥都御史王汝训，右通政魏允贞，大理少卿曾干亨，吏部郎中于孔兼、陈泰来，主事顾允成等人都为赵南星讼冤，并且认为赵南星等主察公正，处罚了内阁的私人，得罪了内阁，所以王锡爵借拾遗以激圣怒，并擅自拟票，处罚吏部。
这里的吊诡之处就在于内阁的票拟权并不固定，万历皇帝也不怎么和外廷官员接触，加上内阁和皇帝沟通所用的密揭也不能外泄，所以外廷官员不知道处罚是皇帝的意思还是内阁的建议。这就导致外廷官员不了解内阁与皇帝沟通的实情，引发了对内阁的猜疑和抨击。这件事就是一个典型。
我们知道陈泰来等人对王锡爵的指责不可尽信，而对此万历皇帝也是心知肚明。在此之前，他已经为了百官争册立的奏章发怒，想要抓一些官员来杀鸡儆猴，结果在接到这些“胡言乱扯”的奏章后大怒，他在批陈泰来的奏章时写：
陈泰来这厮，前者屡屡恣肆狂悖，因未责处，心怀疑惧，故逞刁恶，欺君比于幼年，将朕独断处分，徉作不知，诬赖辅臣……贾严、薛敷教、于孔兼、顾允成、张纳陛，明谋结党，济乱政体，都着降三级调外任，俱不许朦胧推升。
这圣旨一下，左都御史李世达又上书论救，结果万历皇帝更加生气，直接把赵南星、虞淳熙、杨于廷、袁黄等人罢官为民。李世达也硬气，要求辞官而去，结果万历还不答应。可是到了八月份，曾与吏部尚书赵用贤的女儿订亲的吴之彦的儿子吴镇，状告赵用贤“论财逐婿，蔑法弃论”。户部郎中杨应宿、郑材力也力诋赵用贤。这时李世达又出来为赵用贤辩白，斥责杨应宿二人馋谄，结果杨应宿二人又上书诋李世达。于是李世达再次乞求告老还乡。
当时万历皇帝正因为吏部文选司推用因为进言被下旨处分的言官而生气，看到李世达第十次乞求告老还乡时正在气头上，尽管王锡爵已经拟票准备挽留李世达了， 万历皇帝还是特旨准李世达乞休。
结果这事又出问题了，行人高攀龙以为时王锡爵拟旨放归李世达，于是上书指责内阁利用杨应宿打击吏部和都察院，而万历只能听内阁的。杨应宿则跳出来指责高攀龙是受到顾宪成指使，依附吏部，专门对抗内阁，并且还贪污枉法。
万历一看又气的不行，他分别指责了高攀龙和杨应宿两人，并问高攀龙何以见得他一事不管，问杨应宿何以见得高攀龙为顾宪成所使。不得不说，万历皇帝还是很清醒地，但是奈何中间的信息差不为外廷官员所知，所以高攀龙又上书弹劾王锡爵，称“窃近见朝宁之上，善类摈斥一空”。他还是误认为赵南星、李世达等人被贬斥都是王锡爵所为。不管怎么着，万历皇帝还是各打一棒，将两人贬职。
然而事情并没有过去，既然误会已经产生，就不会因为万历皇帝的贬斥而告终。此后南京吏部主事、南京刑部郎中等人相继弹劾王锡爵“再辅政以来，斥逐言者无虚月”，虽然都被万历皇帝严惩，但王锡爵面对着这么多人的猜忌和埋怨，最终以乞退来避免对立。
前面已经说到了王锡爵因为“癸巳大计”的事情被外廷官员猜疑，最终辞官而去。但是矛盾并没有就此结束，当王锡爵去意已决时，万历皇帝命会推阁臣，以顾宪成为首的吏部推举了王家屏，结果被夺官。这件事导致东林党和内阁的关系更加水火不容。
王锡爵的儿子王衡写信给顾宪成解释这件事，以证明内阁和吏部并非真有邪正对立，两者的隔阂只是源于误会。顾宪成则回道：“门下其有天下心乎……窃以为昔之患，患再阁部异同，今之患，患再君相异同。”总之顾宪成始终认为皇帝本人是不想处罚的，都是因为王锡爵这家伙从中作梗，所以天下才纷纷责备王锡爵。
后来在万历三十五年，万历皇帝又想召王锡爵入阁，顾宪成就写了《寤言》、《寐言》两篇长书，将心中的疑问写出来向王锡爵讨教。
在《寤言》中，顾宪成举了两个例子：
一个是邹元标乞归时，吏部侍郎蔡时鼎告诉顾宪成，据王锡爵说，皇帝派宦官传谕，准邹元标的辞呈，然而顾宪成要求拟留，皇帝也批允了，并不责备他。
二是顾宪成请吏部上书陈有年拟升江东之，结果皇帝御笔亲书拟升江东之为光禄寺少卿，但不久江东之因言官弹劾，还是没有得到升迁。
所以顾宪成认为，这两件事皇帝之所以前后意见不一致，想放归邹元标以及压制江东之的不是皇帝，而是以王锡爵为首的内阁从中作祟。他以此推开来，认为这些官员被斥逐，获罪的官员不被重新起用，都不是皇帝的意思，而是王锡爵从中作祟，万历则是被冤枉了。
面对顾宪成的责问，王锡爵虽然表示他并不赞成皇帝处罚顾宪成、邹元标，但是顾宪成显然对这个回答不满意。
实际上王锡爵很其中邹元标，在他担任次辅时就用密揭举荐获罪的邹元标。另外在他担任首辅时，再次举荐邹元标。所以他多次举荐邹元标，其实时很有诚意的，不太可能如顾宪成所称的耍手段放归邹元标。
前面我们也简单提到过内阁和皇帝之间沟通不透明的问题，事实上东林党和内阁的误解就是内阁的运作方式闹得。
王锡爵所受到的猜疑之一就是擅自拟票严厉处罚吏部，自票拟制度从建立以来，皇帝的命令和百官的奏章都要经过内阁票拟，票拟因此被看作时对君权的一种限制。实际上，内阁的票拟权取决于皇帝和阁老的关系。
在王锡爵内阁时期，票拟方式主要有三种，一种是内阁自己拟票；一种是遇到重大事件时内阁要先请示皇帝，比如杨应宿和高攀龙的奏折涉及到了内阁，所以王锡爵就是先请示，并没有拟旨；第三种则是万历皇帝有时直接涂改内阁的票拟，或者干脆不经票拟，直接过。
也正是由于票拟权不固定，所以外廷官员不知道时内阁的意思还是皇帝的意思。比如赵南星被处罚时，虽然内阁是依照万历的意思拟票，并且还上密揭请求从轻处分，但是外廷官员不知道，就想当然的认为内阁擅自拟了严厉处罚的票拟。
当然除了这个以外，还与内廷的传旨方式有关。一般涉及到这样处罚的事情，万历皇帝要是有书面作证还好说，外廷官员也就明白是皇帝的意思了。但是这件事上万历用的是口谕，也就是没有任何证据可以证明这是皇帝的意思，而不是内阁擅自拟票的。虽然王锡爵多次上书请求万历皇帝能留下点“蝇头细书”，不要口传，好让百官明确看到这是皇帝的旨意，但是万历皇帝偏偏就不肯，导致王锡爵受到外廷官员怀疑。
而王锡爵内阁受到的另一种指责则是怀疑他们故意添油加醋，激怒皇帝，导致吏部被严厉处分。这就不得不说起内阁与皇帝的沟通方式了，特别是内阁的密揭制度。
在万历年间，官员向皇帝上奏主要通过题本和奏本。这些都要经过皇帝批阅，然后发科抄传，让其他官员都知道写了啥，所以这也被称为“明章”。这有明就有暗，内阁大臣亲自书写后直达御前拆封，其后或留中，或批复后封还本人，至于内容写了啥，不好意思你不是皇帝，没资格知道。
这样一来，百官既见不到皇帝本尊，又看不到皇帝和内阁沟通的密揭，自然不清楚内阁与皇帝间沟通的实情。因此像赵南星等人受到处罚这件事，虽然王锡爵也上密揭请求皇帝从轻发落，但是外廷官员不知道啊，所以导致外廷对内阁猜疑纷纷。特别是本来就和内阁不和的这些大臣，自然更容易误会。
结语：万历年间的内阁辅臣往往被视为政治混乱腐败的罪魁祸首，东林党人不满内阁“徇私枉法”，所以发起了东林运动。而万历二十一年的“癸巳大计”也被认为是王锡爵庇护私人，排除异己的政治斗争。但其根本原因，确实因为内阁的运作方式导致隔绝了双方的沟通，导致内阁受到猜疑乃至以怨报德的遭遇。王锡爵的个人遭遇也只是往后众多辅臣的缩影。
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