革兰氏阳性菌与革兰氏阴性菌的主要差异：
| 特征 | 革兰氏阳性菌 | 革兰氏阴性菌 |
| 革兰氏反应 | 保留结晶紫染料，并在革兰氏染色上染成蓝色或紫色。 | 脱色后接受赛峰兰素，并在革兰氏染色上染成粉红色或红色。 |
| 细胞壁厚度 | 厚 （20-80 nm） | 薄 （8-10 nm） |
| 肽聚糖层 | 厚（多层） | 薄（单层） |
| 刚性和弹性 | 刚性和弹性较差 | 刚性更低，弹性更强 |
| 外膜 | 无 | 有 |
| 细胞壁中的各种氨基酸 | 少 | 几个 |
| 细胞壁中的芳香族和含硫氨基酸 | 无 | 有 |
| 周质空间 | 无 | 有 |
| 铁胆酸 | 大多数有 | 无 |
| 脂多糖 （LPS） | 几乎没有 | 多 |
| 脂质和脂蛋白含量 | 低（抗酸细菌具有与肽聚糖相关的脂质） | 高，存在外膜于 |
| RNA和DNA的比例 | 8:1 | 接近1 |
| 鞭毛结构 | 基底体2环 | 基底体4环 |
| 磁小体 | 通常没有 | 有时有 |
| 形态学 | 通常为球菌或孢子形成棒（乳酸杆菌和棒状杆菌除外） | 通常为非孢子形成杆（例外：奈瑟菌） |
| 内孢子形成 | 有些在不利条件下产生内生孢子 | 通常未发现产生内生孢子 |
| 产生的毒素 | 外毒素 | 内毒素或外毒素 |
| 病 原 体 | 很少有致病菌属于革兰氏阳性组。 | 大多数病原体是革兰氏阴性菌。 |
| 营养需求 | 相对复杂 | 相对简单 |
| 抗物理破坏 | 高 | 低 |
| 溶菌酶能否破坏细胞壁 | 高 | 低（需要预处理以破坏外膜的稳定性） |
| 对青霉素和磺胺的敏感性 | 高 | 低 |
| 对链霉素、氯霉素和四环素的敏感性 | 低 | 高 |
| 碱性染料的抑制作用 | 高 | 低 |
| 对阴离子去污剂的敏感性 | 高 | 低 |
| 耐叠氮化钠 | 高 | 低 |
| 耐干燥性 | 高 | 低 |
图1：革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌
革兰氏阳性球菌举例：
气球菌属、粪肠球菌、屎肠球菌、吉梅拉物种、乳球菌属、明串珠菌属、癣菌属、黑果球菌、消化链球菌属、嗜肽菌属、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、中间葡萄球菌、葡萄球菌、腐生葡萄球菌、无乳链球菌（B组） 犬链球菌（G组）、溶没食子链球菌（D组，原牛链球菌）、婴儿链球菌（D组，原牛链球菌、 肺炎链球菌、化脓性链球菌（A组）、心绞痛链球菌、星座链球菌、中间链球菌、链球菌有丝炎、变形链球菌、唾液链球菌 血性链球菌、非生物营养菌种（营养变异链球菌）、颗粒菌属（营养变异型链球菌）。
革兰氏阳性杆菌举例：
以色列放线菌、奥卡诺菌属、炭疽杆菌、蜡样芽孢杆菌、双歧杆菌属、肉毒梭菌、艰难梭菌、产气荚膜梭菌、破伤风梭菌、白喉棒状杆菌、棒状杆菌、解脲棒状杆菌、丹毒、真细菌种类、阴道加德纳菌、戈多尼亚物种、乳酸菌种类、单核细胞增生李斯特菌、脓肿分枝杆菌、鸟分枝杆菌、牛分枝杆菌、螯虾分枝杆菌、福图伊特分枝杆菌、细胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、麻风分枝杆菌、海洋分枝杆菌、结核分枝杆菌、诺卡菌小行星、痤疮丙酸杆菌、马红球菌、滋养体鞭打、冢村菌种。
革兰氏阴性球菌举例：
卡他莫拉菌、淋病奈瑟菌、脑膜炎奈瑟菌、细小蕨属
革兰氏阴性杆菌举例：
不动杆菌种类、气单胞菌鱼子酱、嗜水气单胞菌、维罗尼气单胞菌、卵形拟杆菌、二叶拟杆菌、拟杆菌θ、外隐拟杆菌、短尾单胞菌属、洋葱伯克霍尔德菌、马来伯克霍尔德菌、假马莱伯克霍尔德氏菌、黄杆菌属、弗氏柠檬酸杆菌、枸橼酸杆菌、科马单胞菌属、坂崎克罗诺杆菌、爱德华西拉·塔达、艾肯氏菌腐蚀、产气肠杆菌、泄殖腔肠杆菌、大肠杆菌、坏死梭杆菌 核梭杆菌、肉芽孢克雷伯菌、催产克雷伯菌 肺炎克雷伯菌、肺炎克雷伯菌鼻硬化亚种、莫拉菌属、摩根氏菌、多杀性巴斯德菌、志贺氏单胞菌、卟啉单胞菌属、普雷沃氏菌黑色素原、奇异变形杆菌、寻常变形杆菌 普罗维登西亚阿尔卡利法西安斯、普罗维登西亚斯图尔蒂、铜绿假单胞菌 荧光假单胞菌、假单胞菌属。
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