三房心系胚胎期原发隔异常发育，形成左心房内有畸形隔膜，使左心房分为副房及真正左心房两个部分。亦可能系肺静脉总干与左心房融合不良，由肺静脉总干形成副房。由于上述原因，有人认为三房心亦可视为一种完全性肺静脉异位与左心房连接异常的病变。

超声心动图是诊断三房心很有价值的方法。显示左房内异常带状回声，并将左房分成两腔，二尖瓣后叶舒张期高频扑动，而二尖瓣叶正常。有时左心房内隔膜不易发现，必须仔细检查，尤其是临床怀疑风心病而二尖瓣正常者。