古人将各种传染性疾病泛称为“瘟疫”，亦称“大流行”，其中危害性最大的是伤寒、天花、白喉、鼠疫、猩红热、霍乱等。
远的不说，明万历十年包括北京在内的华北、华中地区发生大规模瘟疫。崇祯十六年，京师出现疫情，当时疫情势态极其严重，北京城死亡人数之多，竟达无人收尸的境地。清乾隆五十八年北京发生鼠疫，纪晓岚在《阅微草堂笔记》中记述道：“乾隆癸丑春夏间，京中多疫，以张景岳法治之，十死八九。以吴又可法治之，亦不甚验。”光绪二十八年六月，京津地区大范围暴发霍乱。由于该病潜伏期较短，传染性较强，发病突然，所以病人发病前并无什么症状，突然起病后，短者一二个时辰、半天左右就不治病死，长者也仅一二天身亡。数日内，京师霍乱因转相传染，形成了发病高峰，每天死人不计其数，一时间人心惶惶。
历朝历代对疫情的防控均以重视，并采取了多项措施予以救治与赈济。
首先，是采取“离间”，防止人传人。“离间”即今天所说的“隔离法”。一种是收容式隔离，在寺庙及空旷之所等专门开设“疠人坊”，收治传染病患者。另一种是强制性隔离，官方或地方在疫情区封锁各进出道路，并派兵丁镇守。
其次，妥善处理尸体，防止二次传染。迅速深葬遗体但凡是疫情爆发，就有有人因为疫情而死。由于瘟疫的传染性，未经妥善安置的尸体将进一步传染疾病，危害家人和环境。在当时，人们已经意识到了这件事情，据《周礼》记载，从先秦时期开始，凡遇民间大疫，官府都要采取措施，对民间尸体进行集中掩埋，作无害化处理。唐朝时期对瘟疫时期掩埋尸体十分重视，唐太宗曾派使者沿城巡行，发现尸骸迅速掩埋。唐玄宗在大疫期间下令，死者尸体一定要家人掩埋，无人管者，由地方官负责安置。这些措施，一定程度的减少了尸体上病毒繁殖传染的几率，降低了人们被二次感染的风险。
再次，积极为病人施治，研发新疗法。我国古代有过很多的医书，其中对瘟疫也有一定的研究。东汉时期的张仲景以治疗“伤寒”病著名，其中医经典著作《伤寒论》论述了对多种传染性疾病不同时期的治疗方法，不但书中的方药沿用至今，其灵活多变的辩证施治方法奠定了中医临床实践的基石。神医华佗不但擅长外科，还有很多关于他治疗各种传染性寄生虫病的记载。华佗发现用青嫩茵陈蒿草治疗流行性“黄胆病”的疗法。
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