R包应用:ggseqlogo绘制motif碱基分布图

     ggseqlogo可以展示一小段序列的多样性。对于DNA序列，每个位点仅有AGTC四种可能，图中每个位点的字母的大小代表的是该位点该碱基出现的概率。对于氨基酸序列来说，由于存在20种不同的氨基酸，序列的多样性会更加丰富。

#============软件的安装===============================

install.packages('ggseqlogo')  #安装ggseqlogo  

#====================================================

#清除当前环境中的多余变量

rm(list=ls())

#设置工作目录

setwd('/Users/mohan/Desktop/RRR')

#加载软件包

library(ggplot2)

library(ggseqlogo)

# 读入文件

motif_seq=read.delim(header=F,file='logo_demo.txt',sep='\t',stringsAsFactors = F,na.strings = '-')

# 绘制图片

g=ggseqlogo(motif_seq$V1)

png('seqlogo.png',width=1200,height=400,units = 'px',res=300) 

g

dev.off()

示例数据：https://pan.baidu.com/s/1kyk3yd30PwXcYnOE1-sUzw 提取码: 8m23

没用过R?请继续阅读

1.   什么是R?

常见的误解是R是一种编程语言，但事实上它远远不止于此。可以将R视为统计计算和图形的环境，它汇集了许多功能以提供强大的功能：高效处理大数据;集成工具的集合;图形工具;简单有效的编程语言。

2.   什么是Rstudio?

RStudio是免费提供的开源集成开发环境(IDE)。RStudio提供了一个具有许多功能的环境，具有图形用户界面使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。

3.   怎么安装R?

浏览器打开

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/，根据系统下载不同R版本，下载安装。

4.   怎么安装Rstudio?

浏览器打开 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/， 选择“Rstudio Desktop” 下载安装。R是RStudio的基础，必须先安装R，再安装RStudio。