转录组文库构建的时候,可以选择链特异性文库或非链特异性文库。
链特异性文库,我们清楚的知道得到的 reads 跟转录本是同向的还是反向的。
链特异性文库构建,有多种方法,最常用的就是基于 dUTP 的方法。
文库类型有两种表示方法。
第一种表示法 | 第二种表示法(PE) | 第二种表示法(SE) | 建库方法 |
---|---|---|---|
fr-unstranded | 无 | 无 | Standard Illumina |
fr-firststrand | RF | R | dUTP, NSR, NNSR |
fr-secondstrand | FR | F | Ligation, Standard SOLiD |
第一种表示方法:
第二种表示方法:
在数据分析中,最复杂、最容易出错、出错了影响最为严重的除了用错书记,就是搞错文库类型参数了。设置错了可能导致转录本很短、表达量极低、比对率极低等。在数据分析的时候,一定要问清楚构建文库的实验人员。
常用软件的参数设置如下。
在进行转录本拼接的时候,需要考虑链特异性的问题。
STAR 的比对中,不需要手动设置文库类型的参数。
表达定量软件根据比对的 sam 文件,计算 read counts,需要提供链特异性信息。
RSEM 使用 --strandedness 参数设置 。
本文来自 基因课,生物信息视频课程,每周更新。
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