比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的。
共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。
本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散。
我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要预装各种依赖,不过现在的同学们很幸福了,可以直接用pip一键安装了。
软件包链接:https://github.com/tanghaibao/jcvi
安装过程很简单:
pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
如果安装不成功,再执行一次上述命令即可。
python 用conda安装即可。
官方配图如下:
![](//image109.360doc.cn/DownloadImg/2020/12/0810/209301016_1_20201208101411869.png)
鄙人拙作如下:
2. 多物种基因组序列比对,保守序列/区域画图(准备好lastz软件,不需要准备注释文件)
# 获得物种两两比对结果
lastz-axt.sh reference species
# 获得多序列比对结果
roast tree *sing.maf roast.maf
# 获得各物种与reference的比对矩阵
cat roast.maf| awk 'BEGIN {OFS = '\t'} ; {if ($1~/a/){m++}}{if ($5 == '+') print $2, $3, $3 + $4, $2'-common_'m'\t0\t'$5; else print $2, $6 - $3 - $4, $6 - $3, $2'-common_'m'\t0\t'$5}' | grep -P '^\S' | grep -v score > mostcons.bed
grep Whear_chinese mostcons.bed | awk '{if ($3-$2 >= 2000){print }}' | perl -ne 'print '$1\n' if /(common_\d+)/' > Whear_chinese.2k.id
rm mostcons.bed.2k
for i in `cat Whear_chinese.2k.id`;do grep -P '$i\t' mostcons.bed >> mostcons.bed.2k ;done
for i in `cut -f 1 mostcons.bed.2k | sort | uniq`;do grep $i mostcons.bed.2k > $i.bed ; done
sortBed -I mostcons.bed.2k > mostcons.bed.2k.sort
perl anch.pl mostcons.bed.2k.sort
# 画多序列共线性图(如下,可以直观看到倒位,缺失等重要信息,图中注释信息位置均可以进行调整)
python -m jcvi.graphics anchors seqids layout
![](//image109.360doc.cn/DownloadImg/2020/12/0810/209301016_5_2020120810141356.png)
python -m jcvi.graphics anchors seqids layout
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