当前部分纳税人、税务人员因为对土地增值税预征计税依据理解有误，进而应预缴税款计算公式适用错误，导致出现土地增值税预缴不足的风险。对此，相关税务人员、纳税人有必要深入掌握政策规定，厘清计税依据，准确计算并预缴土地增值税。
例如：房地产开发企业甲公司为增值税一般纳税人，按照一般计税方法计算缴纳增值税。2021年3月，甲公司取得商品房预售收入1.09亿元，对应的土地价款为5000万元，土地增值税预征率为1.5%。在预缴土地增值税时，税务人员、纳税人错误地按照“应预缴税额=当期预售收入÷(1+增值税税率)×土地增值税预征率”的计算方法，自行计算并预缴土地增值税10900÷(1+9%)×1.5%=150(万元)，存在少预缴税款的风险。
依据《房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法》(国家税务总局公告2016年第18号印发，以下简称《暂行办法》)第四条规定，房地产开发企业中的增值税一般纳税人销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税，按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额。销售额的计算公式如下：销售额=(全部价款和价外费用-当期允许扣除的土地价款)÷(1+11%)。(不同时间有10%、9%)
《财政部税务总局关于调整增值税税率的通知》(财税〔2018〕32号)和《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(财政部税务总局海关总署公告2019年第39号)实施后，销售额的计算公式为：销售额=(全部价款和价外费用-当期允许扣除的土地价款)÷(1+9%)。此时，按照《暂行办法》第十一条规定，应预缴增值税的计算公式为：应预缴税款=预收款÷(1+适用税率或征收率)×3%。适用一般计税方法计税的，按照9%的适用税率计算;适用简易计税方法计税的，按照5%的征收率计算。
《财政部国家税务总局关于营改增后契税房产税土地增值税个人所得税计税依据问题的通知》(财税〔2016〕43号)明确，土地增值税纳税人转让房地产取得的收入，为不含增值税收入。
同时，《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》(国家税务总局公告2016年第70号)规定，营改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税。适用增值税一般计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税销项税额;适用简易计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税应纳税额。为方便纳税人，简化土地增值税预征税款计算，房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目的，可按照以下方法计算土地增值税预征计征依据：土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款。
结合上述政策规定来看，适用增值税一般计税方法的房地产开发企业，预缴土地增值税的方法有两种。
第一种计算公式为：应预缴税额=[全部价款和价外费用-(全部价款和价外费用-当期销售房地产项目对应的土地价款)÷(1+增值税适用税率)×增值税适用税率]×土地增值税预征率。
第二种计算公式则是：应预缴税额=(预收款-应预缴增值税税款)×土地增值税预征率。
实务操作中，部分纳税人、税务人员对“不含增值税销项税额”“不含增值税收入”理解有误，不考虑土地价款的影响，直接按全部价款和价外费用确认销售收入，采用“应预缴税额=预收款÷(1+增值税税率)×土地增值税预征率”的计算公式，计算应预缴土地增值税税款，导致税款预缴不足，引发税务风险。税务人员、纳税人务必准确理解政策，合规计算应预缴税款。
本案例中，企业可以根据自身情况，选择预缴税款计算公式。
1、应预缴税额=[10900-(10900-5000)÷(1+9%)×9%]×1.5%=156.19(万元);
2、如果企业不能准确核算预收款对应的土地价款，也可以按简化方法计算
应预缴税额=[10900-10900÷(1+9%)×3%]×1.5%=159(万元)。
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