1945年春天，虚云大师离开云门寺，去南华寺传戒。云门寺有两个僧人，一个叫古根，一个叫传真，同住一个僧寮房里。古根生了点小病，晚上不能去殿中念佛做功课，传真见了也懒得去。
晚上两人睡觉时，一只巨大的手掌从门外突冲而入，几乎把门都给堵闷了，随之一个黑影闯进来，一把抓起传真，扔到地上便打，责骂他说：“菩萨在开道场，等着你们开悟成就，你却如此懒惰，既不去劳作，也不做功课，不知羞愧，实在该打！”于是黑影照着传真屁股打了十来下。
古根听到喧哗惊醒过来，只看到一个黑影一闪而。他吓得不行，就大喊众人来看，只见传真屁股上被打得黑肿瘀青，呻吟不止，医了一个月才好。
第二天晚上，一个挺有勇气的僧人不信邪，专门跑到他俩的僧寮里来住下，等着黑影来袭，好和他大战一回。原来这个僧人是行伍出身，还会武功，手持一根铁棒，睡在传真床上。这天晚上，黑影果然又来了，僧人正要跳起来战，哪想他全身如同被捆住一样动弹不得。
黑影就对他说：“你这家伙存心不良，既然当了和尚，就得心怀慈悲，祛除军人的习气，居然还想和我打架。我今天不打你，等你忏悔了，才让你受惩罚。”说完黑影消失，僧人下床落荒而逃，再也不敢住在这里。
四个月后，虚云大师回来，听说了这件事。一个晚上他打坐时，看到一个穿青衣的白胡子老头来到他面前，抱歉地对他说：“弟子住在后山里，已经有几百年了。你去南华寺时，恰好我也外出，我的孙子没有礼貌，干扰了僧众，已经被我惩罚了，现在特来向你谢罪。”
虚云大师说：“我们既然形体各异，就应当彼此友好相待，以后你们别出现就是了。”那老翁于是作礼拜谢而去，此后再没有黑影出来打扰。后来听当地百姓说，云门寺后山上一直都有着狐狸。
1944年十一月，南华寺做水陆道场。此前一个月，无数大蜂飞来寺里，有拇指大小，在法堂左右两廊各垒一个大蜂巢，和大殿灯笼一样大。蜂巢建得特别精巧，像水面波纹一样重重叠叠，没有半点紊乱，蜂巢上还以四种颜色筑成，特别鲜艳漂亮。
后来僧人们在曹溪大门外的大树上又发现一个蜂巢，特别巨大，规模远超前面两个。而且这种蜂还不蜇人，飞进飞出行动极有规律，纪律严明如同军队。僧人和百姓都说这是有灵性的蜂来朝佛。
等到虚云大师从云门寺来南华寺主持道场，看了这些蜂巢，好半天才说：“这叫人头蜂（据说即马蜂），平时住在深山老林里，人们难以得见。如今出现在这里，恐怕是有什么大事要发生。”然后就心情沉重地走了。
这天下午，他对岑学吕居士说：“人头蜂全部飞出，预示这里将要发生战事，不过也没有大碍。如果真发生什么事，我会派人来接你。”
等到水陆道场法事圆满结束，虚云大师就回到云门寺。这年十二月，日寇攻陷曲江，十八日黄昏，一伙土匪觊觎躲避战乱藏在寺里的客人有钱，跑来抢劫南华寺，土匪们将财物运出寺外。不到一个小时，虚云大师派来接岑学吕居士的僧人就到了。说明他能预知事态变化。
广州城被日寇攻陷后，省署搬迁到曲江。当时大批国民军政要员聚集在此，有的人还不时来到南华寺游玩。日寇侦察后，认为他们是借寺办公。
1942年七月里的一天，许多高官要员来到寺里。这时日寇预先已经得知，天上就飞来了八架敌机，绕着寺院飞行，一直没有离开，意图轰炸寺院及要员。虚云大师见了，急令所有僧人回到各自的僧寮里呆着，不要出来，又叫要员们全部进入祖师殿里。
虚云大师一人走进大殿，要员们站在一旁，手持点燃的香，结跏趺坐诵经。没多久，一架飞机俯冲下来，投下一枚很大的炸弹，眼看要落在寺里，一阵狂风刮来，炸弹落偏，砸在寺外面河边的树林里，幸好没有人受伤。
这些飞机又在寺外天空盘旋好久，可是天上狂风不停，后来在寺院西边十里远的马坝，两架敌机因大风狂吹而相撞，结果机毁人亡，敌机就此遁去。
从此以后日寇飞机就不敢再来轰炸，即使要飞过南华寺，也要绕道飞行，躲得远远的。
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