从达尔文的“适者生存”开始，自然选择促使物种进化已经成为公认，但是自然选择的基本单位，也就是自我利益的基本单位则存在争议，有人认为是个体，有人认为是物种，有人认为是群体。不过到今天，随着遗传科学的发展，一种以遗传因子，也就是基因作为基本单位理论越来越受到关注。
在大约四十亿年前的海洋中，有机物质结合成的分子充满整个海洋，也许是很偶然的机会出现了非凡的分子，它具有一种特殊的性质——能够复制自己，由于这种性质不需要多久，海洋中就会广布这个非凡分子的拷贝。复制需要原料，这些原料就是其他小的分子，当复制分子越来越多，争夺原料就成为生存的必须行为，随着竞争的加剧，这些复制因子学会了很多不同的本领，例如将自己裹在一层蛋白质之中来保卫自己，于是复制因子的运载工具得以出现，最后能够生存下来的复制因子都是那些为自己构造生存运载机器的复制因子，后来这些生存机器越来越庞大复杂，有机生物诞生了，世界就此进入了一个新时代。
从某种角度来说，进化就是基因为了它本身复制和生存的需要而逐渐改进它控制的生存机器质量的过程。对于某个生存机器来说，另一个生存机器（不管是不是它的同类）都可以只看作它的生存环境的一部分，就像山川河流，树木草丛，环境可以给生存机器制造麻烦，也可以被利用，生存机器为了自身利益与它的环境之间的互动表现的时而利他时而进犯行，从这个角度来说利他主义和进犯行为的字面含义在这里是没有意义的。
很多动物学家都注意到动物之间的搏斗往往具有克制和绅士风度的性质，它们很少会发展成你死我活的决斗。但这只是一种错觉，真正的原因是动物之间的这种互动是由于达到进化上的稳定策略。由于过份的利他或过份的进犯都不会有好结果，其结果就是代表基因的消失，所以拥有绅士风度的基因稳定存在，说到底是环境之间影响配合的结果，也就是说“好基因”是那些能够与基因库中其他基因形成一组进化上稳定策略的基因。
对所有物种来说，繁衍都是最大的任务。繁殖有两大因素：生育与抚养，增加生育必然以抚养欠佳为代价，虽然理论上说为了增加基因库中自身拷贝的数量，个体应该竭尽所能的生育更多的后代才对，但由于自然条件的限制，大量个体的产生反而可能使该物种的生存不利，例如每个个体都无法得到足够的食物而死亡，这种情况下，那些懂得控制生育的个体反而能够得生存，他们所携带的基因能够传承。
有性生命中繁衍是基因传承的手段，而繁衍后代是一件代价高昂的事情，亲代的时间和精力是有限的。对亲代来说保证更多的子代成年，是基因传承的必要前提，而对于子代来说没有兄弟姐妹分享亲代的精力则更有利，所以亲代与子代目的的差异可能造成双方事实上的斗争。所以逻辑上亲代放弃体弱的幼体和子代利用说谎欺瞒、滥用亲缘关系对各自更有利，所以物种本性中不存在利他主义成份的必要性。
两性关系中时间、机会、精力都可视为一种投资，而基因的遗传则是这种投资的收益，在这种观点下以最小的投入换取最大的收益就是逻辑必然，所以两性关系从基因的角度来看是互不信任和相互利用的关系。自然界中两性差异的基础是两种配子——卵子和精子的差异，卵子体积大，数量少，活力不足，营养丰富。精子体积小，数量多，活力十足，几乎不存在营养。两种配子的差异决定了雌性在交配之初就已经付出较多，也是造成雌性普遍被雄性剥削的基础。雌性应对这种不对称的方式大体有两种，一种是幸福家庭策略，通过对雄性的苛刻要求，平衡这种不对称。另一种是大丈夫策略，雌性完全放弃对雄性的要求，只选择其中的佼佼者，例如最强壮的海豹。当然人类是不同的，人类的两性关系复杂的多，这种多样性很大程度上是取决于文化——这种人类独有的现象。
自然界的共生现象并不罕见，但对于这种现象，如果进行一些逻辑上的引申会得出匪夷所思的结论。首先群居和共生中表现出来的利他行为本质上是各自利己行为的一种稳定状态。鸟类发现天敌报警的行为可能是为了操纵鸟群与自己同步（因为脱离群体更不安全），瞪羚发现捕猎者的跳跃可能是在向捕猎者显示自己的强壮，让捕猎者选取别的目标。其次某些群居动物可能与人们的想象存在很大差异，群居昆虫与其说为了群居不如将它们视为一个有机实体更合适。在计算机模拟演示中，利他主义和无差别自私都无法形成稳态，也就是生存。真正稳定存在的策略是有限范围内的以自我利益为目的的利他策略，这可能是群居或共生的真正本质。
“囚徒困境”是博弈学中最知名的理论，两名罪犯共有犯罪的嫌疑，他们被关在各自的牢房，并各自被劝诱背叛同伙，双方都不知道对方作何选择。如果两人都不开口，将各自获得轻判。如果一人背叛，另一人沉默，则背叛者获释，沉默者获重罚。如果两人相互背叛，两人都受到重罚。这个游戏之所以被称为“囚徒困境”是由于对每一个罪犯来说，不管对方作何选择，自己最佳的选择都是“背叛”。然而这个博弈还有另外一个版本：“重复博弈”的“囚徒困境”，由于一次对弈不再是终结，而是下一次对弈的开始，每个选手可以在每次对弈中选择不同的对策，于是这个博弈就可能变成不再是以对方为对手，而是监狱。科学家们以此为基础，征集对弈策略，通过计算机模拟，得出一个重要结论：虽然“老好人”式的策略无法生存，但是那些充满恶意的策略同样也无法生存，最终排在前列的策略都是“宽容”“善意”“不嫉妒”的策略。在这里“宽容”是指那些不过分记恨的策略，“善意”是指不首先攻击对方的策略，而“不嫉妒”则是指那些不在乎对方的收获比自己多的策略。最终科学家得出的结论是：即使我们都是由自私的基因掌舵，但好人终有好报。
所有物种都是作为基因的生存机器而被建造的，包括人类，如果说我们曾经是基因的傀儡，那么今天我们已经具备了足够的能力去反对我们的缔造者——基因的控制，因为我们有文化。在这个世界上，只有我们，我们人类，能够反抗自私的复制基因的暴政。不过由此一个逻辑上必然也产生了，那就是，一定会有那么一天，某个我们人类为了我们自己的生存而制造的工具会具备反抗“他”的缔造者——我们人类的控制的一天。
《自私的基因》一书出版于1976年，作者道金斯。西方的通俗科普著作胜在利用简单而公认的基础原理，通过精巧严密的逻辑推理，得出令人信服的结论，尽管这些结论是如此的匪夷所思。这种诉诸于逻辑的思考往往正是我们所缺乏的。
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