兴宁建县于东晋咸和六年（331年），由古龙川分治而立，县境广跨古兴宁江（今五华河）、右别溪（今五华琴江）、左别溪（今宁江）流域，包括今兴宁、五华两县全境和龙川县东部、紫金县东北部地区，县名由兴宁江而得，县治所在地设在今五华县华城镇雷公墩。南朝齐永明元年（483年）至宋天禧三年（1019年），数次析古兴宁置齐昌县（府），是南汉国附都城，岭东地区最早设府的地区（当时的齐昌府，地位相当于南汉国第二首都），辖境多次变迁。兴宁与广州（兴王府）是华南首批设府的地区，是岭东地区最早设府之地，当之不愧是“岭东首府”。
483年，分设兴宁、齐昌两县。齐昌县以今兴宁地为其辖境，县治设在古宁昌乡旧址，即今城北1公里处的洪塘坪（又称枫林坪）。
503年，齐昌并入兴宁，县治迁至佗城（古龙川城）。
622年，析兴宁复置齐昌县。
627年，撤齐昌县，置宁昌驿，隶属兴宁县。691年，兴宁县治由佗城迁至今龙川县境天羊山麓吖下圩。
五代南汉乾亨元年（917年），又析兴宁县，并在原齐昌县境设齐昌府，府治设在洪塘坪。兴宁为其属县。兼辖兴宁，府治设于洪塘坪（今广东兴宁县城北五里的枫林坪）。其地位为南汉国陪都，相当于南汉国附都城，南汉王刘遣其子洪弼镇守，并封为齐王。
宋天宝四年（971年），降齐昌府为县。宋天禧三年（1019年），撤销齐昌县，并入兴宁县，县治由吖下圩迁回雷公墩。
宋熙宁四年（1071年），从兴宁划出西南部地区设长乐县（今五华县），兴宁县治由雷公墩迁至洪塘坪。此后，兴宁县境相对稳定。
明洪武二年（1369年），兴宁县治由洪塘坪迁至今兴城地。
1958年11月，平远县并入兴宁。1961年1月，兴、平分县。
1994年6月8日，兴宁撤县设市，为县级市，由梅州市代管。
