细胞基因治疗现在已成为推动重大疾病治疗的有力引擎，有望治疗许多目前研究人员和临床医生无法治愈的疾病 - 包括癌症，囊性纤维化，心脏病，糖尿病，血友病和艾滋病。其热度从未如此之高，新疗法获得批准，更多的临床试验开始以更高的频率开展。然而，随着所有新的技术进步，仍然有一些问题需要解决。
由于开发过程复杂，细胞和基因疗法有许多潜在的污染源，在这些产品上市过程中必须小心监控， 特别是未正确检测和过滤的宿主细胞DNA污染可能会对接受受污染药物的患者和产生污染治疗的实验室产生可怕的后果。此外，由于这些产品的性质和生产高度复杂，它们需要同样复杂的技术来确保其符合标准化的控制。
每个细胞系都有风险
在生产细胞基因治疗产品时，需要利用宿主细胞作为工厂，生产最终产品所需的病毒载体。最常用的人类细胞系是HeLa和HEK 293。来自宫颈钙化细胞的HeLa细胞是第一个建立的永生细胞系，它们因其卓越的耐用性而受到重视，并用于开发脊髓灰质炎疫苗、基因图谱和体外受精等技术。HEK 293细胞是人类胚胎肾衍生的上皮细胞，由于其可靠的生长和转染能力，是第二广泛使用的细胞系。最常用的非人细胞系CHO是从中国仓鼠卵巢中分离，由于其染色体数量少而广泛使用。
残留宿主细胞DNA污染的潜在后果
由于细胞基因治疗是直接递送到患者的生物制品，因此保持病毒载体完全没有杂质和污染物（包括宿主细胞成分）至关重要，任何程度的污染都可能产生灾难性的后果。
如果宿主细胞DNA进入患者体内，存在引发不良反应的风险，例如免疫或炎症反应。由于许多常用的细胞系（包括HeLa和HEK 293）都来自癌细胞，因此存在致癌DNA转移的风险，可能会导致患者肿瘤的发生。实验室如果要发布一个有宿主DNA残留的治疗方法，也会受到法律和监管上的控制，这可能也会限制未来新型疗法进入市场。
如何满足产品纯度的标准
在下游纯化过程中，宿主细胞DNA会与其他产物和工艺相关杂质一起被除去，该过程通常由一个捕获步骤组成，然后是两个或多个精纯步骤，包括阴离子交换层析。通常捕获步骤即可去除主要的DNA。尽管如此，研究者们仍然无法承受任何一点失误，因此他们必须采取额外的措施来确保除了不引起伤害的残留宿主细胞DNA之外的所有踪迹都被消除。
美国食品和药物管理局（FDA）在关于生产和控制细胞基因治疗产品的指南中指出
建议将连续非致癌细胞的残留DNA量限制在小于10ng /剂量，并将DNA大小限制在大约200个碱基对以下。如果使用的细胞是肿瘤来源的（例如HeLa）或具有致瘤表型（例如HEK293，HEK293T）或其他可能引起特殊关注的特征，则可能需要限制特定的残留DNA数量以确保产品安全性。测试应得到适当控制，并具有足够的灵敏度和特异性，以确定产品中这些序列的水平。
2020年9月国家药品监督管理局药品审评中心（CDE）发布的《基因治疗产品药学研究与评价技术指导原则（征求意见稿）》中也指出：
一般建议将宿主细胞的 DNA残留控制在 10ng/剂 以内，将 DNA片段大小限制在 200bp以内。生产若使用了肿瘤细胞，或携带致瘤表型、病毒序列的细胞，可能需要采用更严格的核酸残留限度，并对完整细胞的残留进行控制。
利用绝对定量的检测方法能够获得这类对灵敏度和特异性要求较高的测量结果，从而减少误差。为了满足这些要求，许多实验室正在从荧光定量 PCR （qPCR） 转换到液滴数字 PCR （ddPCR） 技术，用于监测细胞持久性、确定剂量、检测污染物等。ddPCR技术具有更高的精度和灵敏度，因为它不依赖于标准曲线。通过对样本中核酸的绝对测量，科学家们可以确信，在对患者使用之前，残留的宿主DNA被控制在可接受的水平。ddPCR检测有望成为金标准，因为它无需提取样本，所需样本量少，并且在整个过程中涉及到的不确定因素也较少。可以说该技术的进步是安全性检测的一大飞跃，并已成为确保生物制剂安全且尽可能无污染的黄金标准。
目前伯乐已有5款用于微滴式数字PCR的Vericheck系列残留检测试剂盒，可帮助客户利用等等PCR平台完成抗体药物和细胞基因治疗产品主要宿主DNA和支原体残留的绝对定量，实现快速、高灵敏度、精确的检测，更快的推动符合法规要求的产品上市。
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