现将二者在病源菌、传播途径以及在西瓜上症状和镜检不同之处介绍如下，以便瓜农在实践中分清病害原因，采取有效措施进行防治。
1、病原菌不同：枯萎病病菌为尖镰孢菌西瓜专化型；蔓枯病则是甜瓜球腔菌侵染所致。
2、传播途径不同：枯萎病病菌多从西瓜幼根和茎基部或从根毛顶端细胞间隙侵入；蔓枯病病菌则是从植株叶片的气孔、伤口侵入植株。
3、植株表现症状不同：
（1）枯萎病 也称萎蔫病，俗称“死秧子病”，重要特征是植株表现萎蔫。枯萎病病菌侵入植株后繁殖发育，分泌毒素，填塞导管引起植株萎蔫。发病后先是局部茎叶萎蔫，早晚或雨后仍可恢复，不久便从逐渐萎蔫发展到全株死亡；从挖取的根部可以看到，患病处呈褐色腐烂，稍缢缩，茎基部纵裂；在潮湿环境条件下，病部表面有白色或粉红色霉状物。
西瓜枯萎病
（2）蔓枯病 也称黑腐病、斑点病，西瓜叶片、茎蔓及果实均可受到为害，但以叶片茎蔓受害最为严重，主要表现为叶斑和茎蔓星状开裂。蔓枯病病菌侵染后，叶片受害最初为浅褐色水渍状小点，以后扩展成近圆形黑褐色大斑，或有同心轮纹；叶缘受害时，病斑呈弧形；老病斑上常出现小黑点，病叶干枯时病斑呈星状开裂；茎蔓受害，早期多发生在茎基部的分枝处，病斑呈水渍状椭圆形病斑，逐渐沿茎扩展，后病斑形成密生小黑点而且稍呈凹陷，病斑中央变为褐色枯死，呈星状开裂。果实受害，初为水渍状病斑，后扩大成圆形褐色凹陷枯斑，有些品种病斑常呈星状开裂。病斑上不产生粉红色稠物，而是黑色小点。
西瓜蔓枯病
4、横切茎蔓剖检表现不同：枯萎病剖视病茎检查，维管束呈黄褐色，这是病菌菌丝已侵入维管束组织，分泌毒质毒害组织所致，从而妨碍了水分、养分的输导，引起茎叶凋萎。蔓枯病如横切茎蔓剖视，则可见茎周一圈表皮层变褐，维管束不变色，此点与枯萎病症状明显不同。
西瓜枯萎病破坏输导组织
5、病菌发病条件也有不同之处：枯萎病24-28℃最易发病；土壤黏重、过湿、排水不良、偏酸、偏施氮肥和连作都易导致枯萎病为害；久雨后遇晴热天气，或久晴逢连阴雨的情况下，往往枯萎病发生严重。蔓枯病20-30 ℃条件最适于病菌发育，南方膨瓜期至成熟期遇梅雨天气，最易感病；北方如瓜田植株长势过旺、密度过大、通风不良、灌水过大等易导致发病。
通过以上5个不同之处，即可在田间诊断出枯萎病和蔓枯病，之后即可根据病害引起的原因对症下药，提高防治效果。
二者均是土传病害，少量种子带菌，菌源来自病残体及带菌农家肥等，因此，要加强农业措施以预防为主，治疗各异。
1、轮作：尽量避免连作，最好与非葫芦科作物实行5年以上的轮作，应尽量选中性或微碱性砂质壤土种植。
2、选种消毒：选用抗病或耐病品种，播种前用温汤浸种、或药剂拌种，或种子包衣等办法进行种子处理防病。
3、嫁接换根：对倒茬有困难的地块种植西瓜，可采用西瓜与瓠瓜、葫芦等专用砧木嫁接换根防病。
4、土壤消毒：播种前或定植前用25%苯莱特可湿粉剂1份，加细干土100份配成药土，施入瓜沟内或播种穴内，也可用50%多菌灵可湿性粉剂，或70%甲基托布津可湿性粉剂与田土配成药土施用，每亩用药量1.25-2公斤。
5、加强田间管理：注意减少病原菌侵染，随时清除病株、病叶，使用腐熟的不带有病菌的肥料，育苗时营养土采用未种过瓜类作物的净土，培育壮苗抗病。栽培管理中，平衡施肥，合理密植，适当控制浇水，严禁大水温灌，田间有积水及时排出，田间荫蔽的发病瓜田，应加强整枝、打杈，以利于田间透风透光。
6、药剂防治：二者在防治方法上所不同之处，枯萎病要注重根部施药，蔓枯病叶面防治为主。
（1）枯萎病药剂防治：发病初期，选用40%瓜枯宁1000倍液或200倍液的2%农抗120溶液等灌根，每株250-500克药液，每隔5-7天灌1次，连灌2-3次。另外，也可用绿亨一号2000倍液进行灌根。
（2）蔓枯病药剂防治：蔓枯病必须要在病害的发生前或者发生初期喷药才会收到好的效果。发病前用于预防病害的药剂可以喷施75%百菌清500倍液，80%代森锰锌500倍液或者铜制剂，不仅可以预防蔓枯病，还可以预防其他多种病害。当田间发现病害以后，要及时喷施治疗性的药剂，例如硫黄悬浮剂800倍液或75%百菌清可湿性粉剂600倍液、10%苯醚甲环唑可湿性粉剂1000-1500倍液、40%氟硅唑乳油8000倍液，25%嘧菌酯1500倍液等药剂全田喷药。同时用25%嘧菌醋悬浮剂200倍液，或者32.5%嘧菌酯·苯醚甲环唑悬浮剂300倍液涂抹瓜秧病斑，能够快速控制病斑的扩展，并能使病斑干枯。
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