（一）企业合并特殊性税务处理下亏损弥补基本框架
税法的基本设计是，纳税人不能通过交易安排，让合并企业资产产生的利润弥补被合并企业的亏损，被合并企业的亏损应当用被合并企业资产产生的利润来弥补。
119号文件采取了按照净资产比例弥补的方式（资产比例测试），而59号文件假定社会平均利润率为最长期限的国债利率，被合并企业的净资产公允价值同利率的乘积，就是未来被合并净资产至少能产生的理论利润，用这个利润来弥补被合并亏损，目前我国最长期限的国债为 2009年11月30日发行的，期限50年，总额200亿元，利率为4.3%。
（二）合并商誉是否作为弥补亏损计算的基数？
规程讨论稿认为，由于商誉在产生利润时也在发生作用，因此被合并企业净资产公允价值包括商誉。即：这里的合并企业净资产公允价值实际上就是交易价格，即：净资产公允价值+商誉。
4号公告未明确该问题，实践中可能会引起一些争议。例如：被合并企业评估价值为2亿元，但是收购企业发行价值2.5亿元的价值溢价收购被合并企业，此时被合并企业净资产的公允价值按照2.5亿元计算，还是按照2亿元计算就是争议的焦点。但从文字表述来看，税务机关也可能按照2亿元执行。
（三）弥补限额是总额还是年度限额
4号公告明确了亏损弥补限额按年计算，先前财政部领导培训时认为是总限额，国家税务总局领导认为是年度限额。此次4号公告明确按年计算。2010年10月，财政部郭垂平处长赴上海讲座时，依然认为这里的限额应该是总额，甚至说总局的4号公告是错误的。
利率按年计算，因此这里亏损限额也是按年计算。如果被合并企业净资产公允价值为负数，则其亏损不能延续弥补。
（四）同一控制下的合并依然应该遵循被合并企业亏损弥补规则。
此前，有一种观点认为同一控制下采取特殊性税务处理的合并，其亏损不应受到限制，这种观点最终未被采纳，以避免避税漏洞。2009年年末，在北京同游有旺处长讨论时，游处认为统一控制下采取特殊性税务处理的合并，其亏损弥补不能受到限制，因为其亏损的产生都是集团内资本产生的。
笔者对同一控制下得亏损不受限制的规定不赞同，因为这无疑给了关联企业合并纳税享受盈亏互抵给出了一条避税路线。
（五）企业重组采用吸收合并方式的，被合并企业注销前当年度的亏损如何弥补？
如A公司2010年8月吸收合并B公司，选择采用特殊税务处理，B公司合并前尚未弥补的亏损情况为2005年-300万元，2006年-400元，2007年0万元，2008年-300万元，2009年0万元，2010年1-8月-50万元。合并日B公司净资产的公允价值为5000万元，2010年度，存续企业A公司实现应纳税所得额4000万元。（假设当年年末国家发行的最长期限的国债利率为4.3%）。
目前总局对2010年1-8月的亏损如何弥补尚未明确，观点有以下几种：
第一种观点：被合并企业B公司的亏损弥补从2005年开始弥补，即2010年1-8月的亏损由于是当年的亏损不作为弥补年限，具体弥补亏损年限为2005、2006、2007、2008、2009、2010年1-8月，总共六个汇算清缴期限，其中2010年1-8月，由于是当年的亏损不受到最长期限发行国债利率标准的限制，全额弥补；
第二种观点：被合并企业B公司的亏损弥补从2005年开始弥补，即2010年1-8月的亏损由于是当年的亏损不作为弥补年限，具体弥补亏损年限为2005、2006、2007、2008、2009、2010年1-8月，总共六个汇算清缴期限，同第一种观点不同的是，其中2010年1-8月，要受到截止当年年末最长期限国债利率标准的限制；
第三种观点：2010年1-8月单独算一个弥补亏损的年度，因此弥补年限从2006年开始，具体弥补年限为2006、2007、2008、2009、2010年1-8月，其中其中2010年1-8月，要受到截止当年年末最长期限国债利率标准的限制；
以上三种观点，均由其合理性，在国家税务总局尚未明确此事之前，建议及时同当地省一级税务机关沟通，达成一致意见实施。
（六）一般性税务处理下被合并企业的亏损不允许在合并企业结转弥补
这种情形称之为资产税收属性的结转，当被合并企业资产的隐含增值得到实现的时候，即一般性税务处理，由于清算所得时允许弥补亏损的，因此其亏损已经被弥补，即使不够弥补的，也不再结转弥补，即：税收属性跟着资产走，当资产隐含增值得到实现以后，资产的各类属性“推到重来”。
反之当被合并企业资产的隐含增值不必得到实现的时候，即选择特殊性税务处理时，被合并企业亏损原则上允许继承，当然会受到一定限制，按照资产比例测试的方法来确认可以弥补的亏损额。
在一般性税务处理中，被合并企业的亏损不允许结转弥补，但是59号文件及其管理办法都没有提到不允许存续企业的亏损进行弥补，因此如果企业以亏损企业作为存续企业去合并盈利企业，虽然不合理，但是找不到税法条款禁止弥补。
有一种观点认为，可以用第五条第一款，亏损企业合并盈利企业，没有合理的商业目的来制止，但是合理的商业目的是享受特殊性税务处理的要件，而企业适用一般性税务处理，显然不能套用59号文件第五条第一款。
虽然盈利企业弥补亏损企业，亏损不能结转弥补，反过来以亏损企业弥补盈利企业，其亏损就能得到弥补的情形，似乎显然不合理，但是目前缺乏法定政策来制止这种情形，除非是启动一般反避税条款，而启动一般反避税条款，并不能成为常态的税务调整方式。
何况这种情形，也未必就没有合理的商业目的，例如某企业净资产为5亿元，但是未分配利润是负数，为了盘活资产，合并一个净资产为5000万元的盈利企业，也完全可以具有合理的商业目的。
（七）企业分立亏损弥补
特殊性税务处理中，被分立企业未超过法定弥补期限的亏损额可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企业继续弥补，无论存续分立，还是新设分立，均这样操作。一般性税务处理中，由于分立出去的资产隐含增值已经变现，由于分立产生的应纳税所得额会弥补一部分亏损，剩余亏损由存续企业继续弥补，而分立出去的新企业不能弥补亏损。
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