瘟疫是具有强烈传染性并能引起流行的一类疾病的总称。根据其疾病性质寒热之不同，可分为温疫、寒疫和杂疫三类。
所谓温疫，是指具有温热性质，具有强烈传染性并能引起流行的外感热病，温疫包括湿热疫、暑热疫、温热疫等。
所谓寒疫，是指具风寒性质，具有强烈传染性并能引起流行的外感疾病，一年四季皆可罹患。
“杂疫”除具有强烈传染性并能引起流行的特点外，还具有临床表现千奇百怪（如出现特殊症状和体征的大头瘟、烂喉痧等）、病机多端（属寒、热、上寒下热、上热下寒、寒热错杂者皆有），以及治疗“往往以平素治法治之不应”等特点。
瘟疫学家强调瘟疫是由特殊的致病因素引起。如吴又可认为系杂气所感，杨栗山宗之；松峰认为是感邪毒而起；余霖认为是运气之变，为旺气为病。瘟疫有相对稳定的病变部立，如吴又可所论者，邪踞于募原而传胃；杨栗山述者，邪气怫郁三焦；余霖则认为邪毒炽盛充斥表里。
瘟疫学家所面对的是由特殊致病因素引起、威胁健康人群、呈流行性发展的外感热病，为控制其蔓延，有效地治疗现有患者无疑是非常紧迫和关键的。基于这个因素，瘟疫学家在治疗方面，以温疫学派为例，有如下特点：
一是倾向于寻找针对病因治疗的特效药。如吴又可用大黄祛邪治本，认为“三承气功效具在大黄，余皆治标之品也”；余霖强调重用石膏，直清胃热，而诸经之火自平；杨栗山重视芩、连、栀、柏、大黄等，亦是针对体内怫郁之邪气而用的。
二是注意选择直达病所的药物。正如刘松峰所说：“瘟疫用药，按其脉症，真知其邪在某处.....单刀直入，批隙导窾。”如吴又可以达原饮直达其巢穴，使邪气溃散，速离募原，其中槟榔、草果、厚朴是主药，以除伏邪之盘踞；余霖之所以选择石膏，是为了直入于胃，“先捣其窝巢之害”。
三是强调攻击性祛邪治疗。瘟疫学家认为无邪不病，邪气为本，发热为标，故“但能治邪，不治其热而热自已”。刘松峰还直接提出了“舍病治因论”，吴又可认为“大凡客邪贵乎早逐，乘人气血未乱，肌肉未消，津液未耗，病人不至危殆，投剂不至掣肘，愈后亦易复。欲为万全之策者，不过知邪之所在，早拔去病根为要耳”。“治邪”方法主要包括：
攻下逐邪。温疫初起，邪在募原，吴又可用达原饮使伏邪内溃，速离募原。疫邪或从表解，或内陷入胃。其入胃者，早用攻下，逐邪外出，以承气逐邪，主张攻邪勿拘结粪。
瘟疫学派虽不用卫气营血辨证，仍用气血概括病机，其逐邪侧重气分。如吴又可之治在募原与胃，余霖之治在胃，杨栗山之清热解毒、苦寒攻下方药，均以气分为主，盖由“邪在气分则易疏透，邪在血分恒多胶滞”，故积极逐邪外出，御邪深入，无疑对疾病的预后具有积极的意义。
清热解毒。吴又可不重视清热解毒，认为邪在募原，妄用寒凉则损生气；邪热在胃不用攻下，采用寒凉则抑遏胃气，火更屈曲，发热反盛。清热解毒之黄连只能清本热（正气被郁而发热），不能清邪热。吴又可忽略了清热与“治邪”之间在很大程度上的一致性。故乾隆癸丑年（1793）京师大疫，以又可法治之者不验。余霖看出了吴又可轻视清热解毒的缺陷，认为达原饮、三消饮、诸承气有附会表里之意。余氏吸取教训，结合临床，创制了“大寒解毒之剂”清瘟败毒饮。凡一切大热，表里俱盛之证，以此方为主。邵登瀛提出“疫重解毒”，盖“疫病感天地之疠气，故有大毒”，“古人治疫，全以解毒为要。尝考古方以解毒、消毒、败毒名，及以人中黄、生犀、大青、青黛、玄参、黄连立方者凡几十首，皆解毒之品”。
清热解毒与苦寒攻下并举。杨栗山既注重清热解毒，又重视苦寒攻下，两者常结合使用，使解毒与攻下并举。温疫轻者清之，包括神解散、清化汤、芳香饮、大清凉饮、小清凉饮、大复苏饮、小复苏饮、增损三黄石膏汤等8首方剂，这些几乎均以黄芩、黄连、黄柏、栀子等为主药，有时还加入龙胆草、金银花、知母等，以行清热解毒之功。重者泻之，即增损双解散、加味凉膈散、加味六一顺气汤、增损普济消毒饮、解毒承气汤等方是也。这些无不是清热解毒配伍苦寒攻下，常以芩、连、栀、柏等与大黄、芒硝并用，共成大清大下之剂。杨氏治法，兼有又可、余霖之长。
为了有效地击中病邪，瘟疫学家使用的方剂多是直接针对病机而提出的，组方稳定，用方不多。如吴又可首用达原，继用承气攻下；余霖之清瘟败毒饮，“不论始终，以此方为主”；杨栗山虽有10余首清、下之剂，但组方原则基本相同，“而升降散其总方也”。治疗方剂稳定，便于广大群众的防治，也较易观察疗效，如乾隆戊子年（1768）桐城温疫流行，乾隆癸丑年（1793）京师大疫，均以清瘟败毒饮授之，并皆霍然。这些方剂或解毒或攻下，充分体现了对病邪的攻击性。为了祛邪有力，余霖擅长使用大剂量石膏。
瘟疫学在学术上的独特见解，在当时不能为一般医家所接受，故遭到了强烈的抨击，如其时舆论“益复集矢于余氏”，汪曰桢说：“偶有特立之士，力排众论，别出心裁如师愚（余霖）者，且群目为怪物矣，欲求医学之昌明何可得乎。”
疫病理论对传染病的防治发挥了重要作用，为中华民族繁衍做出重要贡献。因此，我们今天应当兼收并蓄，系统整理历代瘟疫理论，指导当今传染病的防治。
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