宏基因组分析软件概总

物种注释：PICRUSt需要与Greengene配合使用，Tax4fun推荐与Silva配合使用
扩增子分析中，16S序列注释以Greegene、Silva和 RDP为主，早期Greegene用的最多，当然这与打包在QIIME中密不可分，2013年5月后就一直没有更新，做分析的童鞋纷纷转去用Silva注释，Silva基本上每年还是都有更新的，好玩的是，后面我们会讲到两个比较有名的功能预测软件，PICRUSt需要与Greengene配合使用，Tax4fun推荐与Silva配合使用。另外，真菌ITS注释主要还是应用Unite数据库。功能基因早期用NT库注释效果惨不忍睹，
近几年Fungene不断完善，基本上是功能基因扩增子测序物种注释的不二选择了。