对生信分析中得到的一些基因,进行KEGG富集分析,达到对基因进行注释和分类的目的。
本文利用R语言的ggplot2包,从头带您绘制文献级别的KEGG富集分析气泡图。
一 载入数据集和R包
library(ggplot2)
pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE)
head(pathway)
不同软件得到的KEGG结果的列名称可能不一致,但是这几列几乎都会有。
二 绘制KEGG气泡图
2.1初始化数据并绘制散点图
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +
geom_point()
可在以下几个方面进行优化:
A:标题,横纵坐标轴;
B:按照通路上基因的多少定义点的大小;
C:根据P值定义点的颜色;
2.2 修改点的大小
#按照Gene个数定义点的大小
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +
geom_point() +
geom_point(aes(size=Gene))
2.3 修改点的颜色
#定义连续型的配色
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+
geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+
scale_color_gradient(low="green",high = "red")
三 汇总展示
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+
geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+
scale_color_gradient(low="green",high = "red")+ #
labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene", ##expression函数定义函数样式 []添加下标,^添加上标
x="Pvalue", ##自定义标轴
y="Pathway name",
title="Pathway enrichment")+ ##自定义坐标轴
theme_bw() #去掉背景
四 参考资料
ggplot2:数据分析与图形艺术
好了,更换成自己的数据集即可以自己动手绘制KEGG通路气泡图了。
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