首发于“生信补给站” :https://mp.weixin.qq.com/s/LJfgxbTqsp8egnQxEI0nJg
生物医学或其他研究论文中的“表一”多为基线特征的描述性统计。使用R单独进行统计,汇总,然后结果复制到excel表中,耗时耗力且易错!
tableone包“应运而生”,可以非常简单快捷的解决这个问题,重点是学习成本很低,大概几分钟?
## install.packages("tableone")
library(tableone)
library(survival)
data(pbc)
head(pbc)
对pbc整个数据集进行描述汇总,使用CreateTableOne()
即可
tab1 <- CreateTableOne(data = pbc)
print(tab1)
由于数据中的分类变量是数值形式,所以分类变量展示的也是均值(标准差)。
dput(names(pbc)) # 输出据集变量名称
## 需要汇总的变量
myVars <- c("time", "status", "trt", "age", "sex", "ascites", "edema", "bili", "copper", "ast", "stage")
## 需要转为分类变量的变量
catVars <- c("status", "trt", "ascites", "stage")
## Create a TableOne object
tab2 <- CreateTableOne(vars = myVars, data = pbc, factorVars = catVars)
print(tab2, showAllLevels = TRUE)
showAllLevels = TRUE
会展示分类变量的所有分类因子的结果。
此处随意选择一些变量进行功能展示, 分类变量显示计数和百分比 。
由于默认连续变量呈正态分布,因此上面的连续变量均表示为均数+标准差。
实际数据中的非正态分布数据,可通过nonnormal
指定,则此变量展示为中位数(四分位数)。
#假设"bili","ast","copper"非正态分布
biomarkers <- c("bili","copper","ast")
print(tab2, nonnormal = biomarkers)
可见"bili","ast","copper"
均用中位数(四分位数)表示;如果设置nonnormal = TRUE
,则所有变量都按非正态分布处理。
实际结果中,通常需要对数据集按照某个变量的分组进行汇总。下面展示使用trt
进行分组汇总:
tab3 <- CreateTableOne(vars = myVars, strata = "trt" , data = pbc, factorVars = catVars)
tab3
注意NA不作为分组
结果可看出,对trt
进行分组且对每一组均进行了汇总,且统计输出了检验的P值。
检验方法:分类变量默认使用卡方检验(chisq.test()
);连续变量默认使用方差分析(oneway.test()
),当两组时方差分析等用于t
检验。
非正态性的数据展示方式为中位数(四分位数),检验方式也最好不使用T检验:
非正态分布的连续变量使用kruskal.test()
检验,两组间比较时,kruskal.test()
和wilcox.test()
等效;
分类变量可使用fisher.test()
进行fisher
精确检验,通过exact()
指定进行fisher精确检验的变量。
#addOverall 添加Overall信息
tab4 <- CreateTableOne(vars = myVars, strata = "trt" , data = pbc, factorVars = catVars,
addOverall = TRUE )
#exact设置fisher精确检验的变量
print(tab4, nonnormal = biomarkers, exact = "stage")
write.csv
一键导出结果
tab4Mat <- print(tab4, nonnormal = biomarkers, exact = "stage", quote = FALSE, noSpaces = TRUE, printToggle = FALSE, showAllLevels = TRUE)
## 保存为 CSV 格式文件
write.csv(tab4Mat, file = "myTable.csv")
随便套用了一个表格格式,可以在excel中弄成喜(文)欢(章)的样式,这个自己发
参考资料:
https://cran.r-project.org/web/packages/tableone/vignettes/introduction.html
PS:有个交流的讨论组,想沟通交流的,后台回复”入群“。
◆ ◆ ◆ ◆ ◆
联系客服