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针对计算机软件法律保护不仅仅通过著作权法保护软件，还可以通过商业秘密保护手段、专利法保护手段、反不正当竞争手段等多元化的手段进行软件著作权保护，为当事人争取更大的利益。
同样为企业商业信息的保护方式，其者有何不同之处?在实践中，该如何运用这种交叉的保护方式来保护企业计算机软件呢？
所谓计算机软件，是指计算机程序及其有关文档。根据《计算机软件保护条例》(以下简称“保护条例”)的第七条的规定，“软件著作权人可以向国务院著作权行政管理部门认定的软件登记机构办理登记”。根据《保护条例》第四条、第六条的规定：“受本条例保护的软件必须由开发者独立开发，并已固定在某种有形物体上”，“本条例对软件著作权的保护不延及开发软件所用的思想、处理过程、操作方法或者数学概念等。” 可见，从保护的对象来看，作为著作权保护的计算机软件作品，必须满足以下两个要件：(1)为开发者独立开发，具有独创性;(2)固定在某种有形物体上，即具有物理表现特征，例如某一具体的网页或程序等。
对于计算机软件的商业秘密保护，根据《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》，商业秘密的保护对象包括技术信息和经营信息两类。其中技术信息不仅包括有关设计、程序、产品配方、制作工艺、制作方法等完整的技术方案，还包括开发过程中的阶段性技术成果、取得的有价值的技术数据、针对技术问题的技术诀窍，以及技术中的思想内容。可见，只要是企业采取了一定的保护措施的、属于企业所有的具有一定的经济价值和实用性的企业信息，不论其是具有外在表现形式的物质载体，还是企业的经营理念或是技术代码，都可以成为企业商业秘密的保护对象，企业均可以通过商业秘密来加以保护。
可见，作为计算机软件的两种保护方式，软件著作权保护和商业秘密的保护的范围上仍然有所不同：商业秘密保护要比著作权保护的范围宽泛得多。著作权法只保护作品以及作品的表达形式。而在计算机、互联网行业中，给经营者带来巨大商机的往往是在软件开发过程中所使用的思想、处理过程、操作方法或数学概念等，如本案中的软件的设计文档和源代码。很明显，根据《著作权》和《计算机保护条例》，这些信息都被明确排除在保护的范畴之外。而这些信息若得不到合理保护，将会给企业带来巨大的信息灾难。
因此，对于计算机软件，企业可以根据该信息的主要内容和存在方式，合理选择著作权和商业秘密保护相结合的方式，最大程度地实现对企业知识产权的保护。
对企业进行商业秘密保护的建议
企业可以根据企业技术信息和经营信息的种类，采取不同的保护形式，以实现对企业商业秘密信息的全面保护。商业秘密保护和著作权作为企业知识产权的保护范畴，各有优劣。如前所述，虽然在保护对象上，商业秘密并没有过多限制，但也有不足之处，例如商业秘密没有排他性，即不可排除他人通过独立研发完成的相同或相似信息的合法权利;商业秘密一旦公开，其权利即宣告丧失。
因此，对于企业的计算机软件，企业可以通过软件著作权保护和商业秘密保护相结合的方式。对于软件程序和网页等有形载体，企业可以通过向国家版权局申请《著作权登记证书》的形式申请软件著作权保护;而对于开发软件的文档以及程序源代码等，则可以作为企业的商业秘密，通过对涉密信息进行加密保护、妥善保管、与涉密员工签订保密协议等方式进行保护，从而实现对企业商业信息的全面保护。
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