新生仔猪腹泻是养猪场常见的一种多因素疾病，由于仔猪发病率和死亡率增加导致经济损失。它主要影响仔猪出生后的第一周。有多个传染性病原体与仔猪新生仔猪腹泻有关。包括大肠杆菌、产气荚膜梭菌C 型和 A 型、艰难梭菌 、肠球菌 、冠状病毒、轮状病毒和猪囊等孢子菌都会造成腹泻。
由于病原较多，为了尽可能准确地做出诊断，我们设定了一个标准流程：在疾病急性期，必须将至少两头一周以内的仔猪活着送到实验室，并且没有事先对仔猪进行治疗或解剖。检测程序是：
培养
MALDI分型
PCR
肠道病变的显微镜评估
在过去三年中，发现不同病原体感染比例如下：
1、A型产气荚膜梭菌是最常检测到的病原体（61.3%）
2、海氏肠球菌（43.4%）
3、A型轮状病毒（RVA）（38.7%）、
4、C型轮状病毒（11.3%）
5、肠毒素大肠杆菌（3.8%）。
表 1.腹泻仔猪样本中细菌病原体和轮状病毒的检出率
病原体仔猪 （n=106）猪场 （n=38）
数%数%
通过培养分离的细菌病原体
产气荚膜梭菌A型6561.32873.7
肠球菌4643.42257.9
产肠毒素大肠杆菌43.837.9
通过PCR检测到轮状病毒
A型轮状病毒4138.71950.0
C型轮状病毒1111.3410.5
在此期间，没有诊断出由产气荚膜梭菌引起的新生仔猪出血性和坏死性肠炎病例。在过去的三十年中，产肠毒素大肠杆菌和产气荚膜梭菌C型的临床有所下降，这要归功于针对这两种病原体的疫苗接种计划（82%和75%的仔猪母都接种了疫苗）和洗消程序的改进。
艰难梭菌在新生仔猪中发病很少（猪病理学家很少观察到相关的微观病变，病原体也很少培养）。
混合感染
此外，我们观察到50.9%因新生仔猪腹泻解剖发现一种以上的病原体呈阳性。特别是在64.6%的阳性病例中，A型产气荚膜梭菌与至少另一种病原体同时分离（表2）。最常见的关联是A型轮状病毒和产气荚膜梭菌A型之间的关联（17.9%的仔猪）。还有一些研究表明，猪蓝耳病毒 （PRRSV） 也影响新生仔猪腹泻，在肠道中发现 PRRSV 阳性的巨噬细胞。所以在处理猪场新生仔猪腹泻时，必须检查猪群的PRRSV状况。
表 2.同时检测肠道病原体。
同时检测病原体仔猪 （n=106）
数%
轮状病毒A型（RVA）+产气荚膜梭菌 A型1917.9
产气荚膜梭菌 A 型 + 海氏肠球菌 （E. hirae)98.5
RVA + 产气荚膜梭菌 A 型 + 平弧肠杆菌76.6
轮状病毒 C 型 （RVC） + 产气荚膜梭菌 A 型54.7
RVA + 平江大肠杆菌43.8
产气荚膜梭菌 A 型 + 大肠杆菌（大肠杆菌)32.8
RVA + RVC21.9
RVC + 产气荚膜梭菌 A 型 + 平江大肠杆菌21.9
产气荚膜梭菌 A 型 + 平弧肠杆菌 + 大肠杆菌10.9
RVA + RVC + 产气荚膜梭菌 A 型10.9
RVC + E. hirae10.9
新生仔猪腹泻是日常养猪生产中最具挑战性的诊断之一。有两个问题：
首先，兽医可能会检测到一种以上的肠道病原体，并且必须提出优先控制其中一种病原体的建议;
其次，目前对一些病原体如产气荚膜梭菌、大肠杆菌、RVC和艰难梭菌作为重要病原体的理解很难得到证实，尽管有时针对其中一些病原体进行了疫苗销售。
此外，仅检测到病原体不足以阐明新生仔猪腹泻暴发背后的病因，也不足以帮助猪场设计预防方案。同时在确诊肠道病原体的同时，必须考虑相关的病理变化，以正确诊断所涉及的病原体，还必须排查所有相关危险因素。
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