引起呼吸系统疾病的病因很多，可归纳为以下几类。
1.感染 在呼吸系统疾病的病因中，以感染最为常见。其病原体有细菌、病毒、立克次体、衣原体、支原体、真菌等。由于至今尚未有防治病毒的特效方法，病毒感染性疾病的发病率未有明显降低；自抗生素广泛应用以来，肺炎预后有明显改善，但近年来肺炎总的病死率又有所上升，主要与病原体变迁、病原学诊断困难、易感人群结构变化，如社会人口老龄化、吸烟人群的低龄化、医院获得性肺炎发病率增高、不合理应用抗生素引起细菌耐药性增高、部分人群贫困化加剧等有关。
2.过敏因素 呼吸系统的很多疾病都与过敏有关。最常见的是支气管哮喘，其次是过敏性肺炎(如外源性变应性肺泡炎，肺嗜酸性粒细胞增多性综合征等)。有机粉尘如鸟类曲菌孢子等，皆可对致敏者引起肺炎。随着我国工业化的发展，可引起变应性疾病的变应原的种类和数量增多，如地毯、窗帘的广泛应用使室内尘螨数量增多，家庭饲养宠物导致动物毛变应原增多，还有空调机的真菌、城市绿化的某些花粉孢子、有机或无机化工原料、药物及食物添加剂等；某些促发因子的存在，如吸烟、汽车排出的氮氧化物、燃煤产生的二氧化硫、细菌及病毒感染等，均是哮喘患病率增加的因素。
3.大气污染和吸烟 流行病学调查证实，呼吸系统疾病的增加与空气污染和吸烟密切相关，当空气中二氧化硫浓度超过1000 mg/m³时，慢性支气管炎急性发作明显增多，二氧化硅、煤尘等可刺激呼吸系统引起各种尘肺，工业废气中致癌物质污染大气，是肺癌发病率增高的重要原因。吸烟者慢性支气管炎的发病率较非吸烟者高2倍以上，肺癌发病率高4倍以上。目前我国青年人吸烟人数增多，是慢性阻塞性肺疾病居高不下的重要因素。
4.自身免疫因素 主要见于风湿性肺炎、间质性肺疾病和免疫损害导致的肺炎。
5.肺血管因素 主要见于特发性肺动脉扩张、原发性肺动脉高压和肺动脉栓塞。
6.病因未明 此外有一些疾病病因未明，如肺泡微石症、肺泡蛋白沉着症等。
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