元朝末年，社会越来越混乱，从皇室到地方，皇帝、贵族及大大小小的官吏，只知享乐腐化，欺压人民，人民的生活已到了无法维持的地步。这时，黄河中下游一带先是发生了罕见的洪水灾害，吞没了好几十个州县，洪水退下去后， 又一连几个月不下一滴雨，持续的干早又使刚长出的秧苗枯死大半，干旱刚过去，蝗灾又铺天盖地而来，那些快要枯萎的庄稼被蝗虫吃得精光，最后又是瘟疫的蔓延，老百姓在接连不断的灾难下，死亡无数，活着的人也无法再生活下去了。
可是，朝廷却因为洪水泛滥，影响了政府的财政收入， 想起治理黄河了，于是从各地征调了15万民工，强迫他们去疏通黄河。这就更激起了人民的不满情绪。
这时候，黄河两岸流传开一首民谣：“石人一只眼，挑动黄河天下反！”民谣在治河民工中也广为传唱着，不久，一些民工果然在河道底下挖出一个独眼石人，消息立刻在民工中传开了，人们认为天下反抗的肘候就要到了。
其实这个独眼石人是进行秘密宗教活动的首领韩山童、 刘福通等人事先埋下的，他们决定利用这次治河的时机发动武装起义。在这之前，他们一直以传教为掩护，秘密组织反对元朝的力量，准备起义。他们见石人出世带来这样大的影响，便果断发动了起义。
1351年五月，薜山童、刘福通在颍州（今安徹阜阳县）宣布起义，起义军头裹红布，所以人们叫它“红巾军〃。这些起义军大多信奉白莲教，烧香拜佛，人们又叫它“香军”。在刘福通等人的红巾军起义后，全国各地都相继爆发了红巾军起义。
邳（pei）州〈今江苏邳县）人芝麻李和赵均领导的起义军和蔽州（今安徽凤阳）人郭子兴的起义军都接受刘福通的领导，属于北方红巾军；
南方有著名的农民领袖彭莹玉（又称彭和尚）、徐寿辉领导的起义队伍，属于南方红巾军。
此外还有一些既不信仰白莲教，也不裹红布的起义队伍，其中属张士诚和方国珍领导的队伍势力最大。
响应起义军的贫苦农民越来越多，声势越来越浩大。
红巾军起义，使元朝统治者惶惶不安，连忙调军队去镇压，但是红巾军突破了元军的围剿，分三路北伐，准备一举攻克元大都，推翻元朝。其中一路一度抵达大都近郊，使顺帝吓得准备迁都逃跑。由于其他各路起义军没有很好配合，最后，三路北伐都失败了，刘福通也在战斗中牺牲了，1363年北方红巾军最后失败。
南方红巾军曾经几起几落，彭和尚在1353年就牺牲了， 后来又有渔民出身的倪文俊率领起义部队，但是起义军内部矛盾导致了互相斗杀，影响了它的战斗力。
这时处在南北红巾军之间的朱元璋却乘机发展起自己的势力。朱元璋原是郭子兴的部下，郭死后，他成了这支队伍的统帅。朱元璋听从谋士朱升的建议"高筑墙、广积粮、缓称王”,稳扎稳打，先后消灭了陈友谅、张士诚等力量，最后挥师北上，攻入大都，推翻了元朝，
1368年朱元璋建立了 明朝，元末红巾军大起义终于以元朝的灭亡而告结束。
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