一、根肿菌门
主要致病特征：属于原生动物界，是寄主细胞内的专性寄生菌，引起寄主细胞膨大和组织增生，病部外表往往看不到病征。
根肿菌属：
云薹根肿菌--十字花科植物根肿病
粉痂菌属：
马铃薯粉痂菌--马铃薯粉痂病
多黏菌属：
禾谷多黏霉--其游动孢子是传播小麦土传花叶病毒和小麦梭条花叶病毒的介体。
二、卵菌门
主要致病特征：卵菌具有水生习性，只有在高湿条件下才能产生游动孢子囊和游动孢子，因此，在潮湿、多雨、低洼积水、通风透光条件差时发生严重；由于卵菌的喜湿习性，所以叶部症状一般呈现在其叶背。
水霉属：
串囊水霉--水稻烂秧
绵霉属：
稻绵霉--稻苗绵腐病
腐霉属：
瓜果腐霉--猝倒病、瓜果腐烂病
霜疫霉属：
荔枝霜疫霉--荔枝霜霉病
疫霉属：
致病疫霉--马铃薯晚疫病
霜霉属：
寄生霜霉--十字花科和大豆霜霉病
盘梗霉属：
菊苣盘梗霉--菊苣和菊科植物霜霉病
单轴霉属：
葡萄生单轴霉--葡萄霜霉病
假霜霉属：
古巴假霜霉--黄瓜霜霉病
指梗霉属：
禾生指梗霉--粟白发病
霜指霉属：
玉米霜指霉--玉米霜霉病
指疫霉属：
大孢指疫霉--小麦霜霉病、水稻黄化矮缩病、玉米“龙头”病
白锈菌属：
十字花科白锈菌--油菜、白菜、萝卜等白锈病
三、壶菌门
主要致病特征：多数为水生，腐生或寄生在水中的动植物残体上，少数寄生于高等植物。
节壶菌属：
玉米节壶菌--玉米褐斑病
四、接合菌门
主要致病特征：只有根霉和笄霉等少数几个属引起植物病害，造成植物花器、果实、块根和块茎等器官的腐烂，也可引起幼苗烂根；主要病征是在病部产生霉状物，初期为白色，后期转为灰白色，霉层上可见小黑点；引起病害称软腐病、褐腐病、根霉病和黑霉病。
根霉属：
匍枝根霉--甘薯软腐病；马铃薯、百合、棉铃、桃、梨、苹果、柑橘、葡萄等多种植物块（鳞）茎、果实等腐烂病。
笄霉属：
瓜笄霉--瓜类、棉花、茄子等花腐
毛霉属：
大毛霉--果实、蔬菜、蘑菇等腐烂
犁头霉属：引起贮藏物的腐烂
五、子囊菌门
主要致病特征：多数引起局部坏死，少数导致系统性维管束病害；一般在叶、茎、果实上形成明显的病斑，如叶斑病、炭疽病、白粉病、煤烟病、霉病、萎蔫病、干腐枝枯病、腐烂病、过度生长性病害等；主要病征为白粉、烟霉、各种颜色点状物（以黑色为主）、黑色刺毛状物、霉状物、颗粒状菌核和根状菌索；除白粉菌是活体营养生物，其它多为死体营养生物，既能寄生又能腐生。
外囊菌属：
畸形外囊菌--桃缩叶病
李外囊菌--李囊果病
樱外囊菌--樱桃丛枝病
梅外囊菌--梅及杏缩叶病
痂囊腔菌属：
藤蔓痂囊腔菌--葡萄黑痘病
柑橘痂囊腔菌--柑橘疮痂病
球腔菌属：
落花生球腔菌--花生叶斑病
格孢腔菌属：
枯叶格孢腔菌--葱、蒜、辣椒等黑斑病和叶枯病
旋孢腔菌属：
玉米旋孢腔菌--玉米小斑病
黑星菌属：
苹果黑星菌--苹果黑星病
梨黑星菌--梨黑星病
白粉菌属：
蓼白粉菌--烟草、芝麻、向日葵、瓜类白粉病
布氏白粉菌属：
禾布氏白粉菌小麦专化型--小麦白粉病
单丝壳属：
单丝壳--瓜类、豆类白粉病
蔷薇单丝壳--桃、蔷薇科植物白粉病
叉丝单囊壳属：
白叉丝单囊壳--苹果、花红、山荆子、海棠白粉病
球针壳属：
棒球针壳--桑、梨、柿、核桃白粉病
叉丝壳属：
山田叉丝壳--核桃白粉病
桤叉丝壳--栎、板栗、胡桃、榛白粉病
核盘菌属：
核盘菌--油菜、黄瓜菌核病
链核盘菌属：
果生链核盘菌--苹果、梨等仁果类果实褐腐病
葡萄孢核盘菌属：
灰葡萄孢--多种植物灰霉病
赤霉属：
玉米赤霉--大麦、小麦、玉米等禾本科赤霉病
藤仓赤霉--水稻恶苗病
麦角菌属：
麦角菌--禾本科植物麦角病
黑腐皮壳属：
苹果黑腐皮壳--苹果树腐烂病
长喙壳属：
甘薯长喙壳--甘薯黑斑病
黑痣菌属：
禾黑痣病菌--禾本科杂草及竹子叶片黑痣病
小丛壳属：
围小丛壳（无性态为胶孢炭疽菌）--苹果、梨、棉花、葡萄、冬瓜、黄瓜、辣椒、茄子炭疽病
聚端孢属：
粉红聚端孢--棉铃、苹果、梨、瓜果等果实腐烂，产生粉红色霉层
轮枝孢属：
黑白轮枝孢--棉花黄萎病、苜蓿黄萎病
青霉属：
意大利青霉--柑橘青霉病
指状青霉--柑橘绿霉病
尾孢属：
玉米尾孢--玉米灰斑病
链格孢属：
云薹链格孢--白菜类黑斑病
褐柱丝孢属：
葡萄大褐斑--葡萄褐斑病
镰刀菌属：
瓜类腐皮镰孢菌--根腐病
绿核菌属：
稻曲绿核菌--稻曲病
茎点霉属：
甜菜茎点霉--甜菜蛇眼病
大茎点霉属：
轮纹大茎点菌--苹果、梨轮纹病
拟茎点霉属：
茄褐纹拟茎点霉--茄子褐纹病
苹果拟茎点霉--苹果、梨、李、樱桃果腐和干腐
壳二孢属：
黄瓜壳二孢--黄瓜蔓枯病
色二孢属：
棉花色二孢--棉铃黑果病
壳针孢属：
颖枯壳针孢--小麦颖枯病
盘二孢属：
苹果盘二孢--苹果褐斑病
拟盘多毛孢属：
枯斑拟盘多毛孢--松针赤枯病，茶、琵琶灰斑病
六、担子菌门
主要致病特征：主要引起黑粉病、锈病、根腐病及过度生长性病害，表现为斑点、斑块、立枯、纹枯、根腐、肿胀和瘿瘤；病症为锈状物、黑粉状物、霉状物、颗粒状菌核或索状菌索；除锈菌、黑粉菌、丝核菌和外担菌外，担子菌很少引起叶斑病。
柄锈菌属：
禾柄锈菌--小麦秆锈病
胶锈菌属：
梨胶锈菌--梨锈病
山田胶锈菌--苹果锈病
单胞锈菌属：
瘤顶单胞锈菌--菜豆锈病
甜菜单胞锈菌--甜菜锈病
多胞锈菌属：
玫瑰多胞锈菌--玫瑰锈病
疣双胞锈菌属：
刺李疣双胞锈菌--桃褐锈病
栅锈菌属：
亚麻栅锈菌--亚麻锈病
层锈菌属：
枣层锈菌--早熟锈病
柱锈菌属：
栎柱锈菌--松、栗、栎锈病
隔担菌属：
柄隔担菌--桑膏药病
黑粉菌属：（多数寄生在禾本科植物上）
小麦散黑粉菌--小麦散黑穗病
裸黑粉菌--大麦散黑穗病
玉米黑粉菌--玉米瘤黑粉病
大麦坚黑粉菌--大麦坚黑穗病
轴黑粉菌属：
高粱轴黑粉菌--高粱散黑穗病
高粱坚轴黑粉菌--高粱坚黑穗病
丝轴黑粉菌--高粱和玉米丝黑穗病
腥黑粉菌属：
小麦光腥黑粉菌、网腥黑粉菌、矮腥黑粉菌--小麦黑粉病
条黑粉菌属：
小麦条黑粉菌--小麦秆黑粉病
叶黑粉菌属：
稻叶黑粉菌--水稻叶黑粉病
尾孢黑粉菌属：
稻粒黑粉菌--水稻粒黑穗病
外担菌属：
坏损外担菌--茶饼病（叶正面褪色凹陷，背面肿胀，上生白粉粉末；新梢有肿瘤，生白色粉末）
亡革菌属：
瓜亡革菌（无性阶段为立枯丝核菌）--棉、麻、大豆、花生、烟草和蔬菜立枯病；禾本科植物--纹枯病
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