洪武十七年（1384年）四月，朱元璋对宦官机构进行第一次调整时，增设司礼监，主要负责掌管宫廷礼仪。当时的司礼监，只是众多内廷机构的其中之一，而且排在最末尾。
后来，等到明宣宗朱瞻基执政时，司礼监的权力得到很大提高，开始负责管理皇帝文书和印玺。再后来，随着明朝内阁制度的完善，内阁的权力变得越来越大，皇帝为压制这种局面，就在内阁中设置了“票拟”和“批红”两道程序。
票拟就是内阁提出对某件事情的处理意见，而批红就是皇帝对于内阁意见进行审批，但由于明朝后期皇帝的怠政行为，批红这个程序就逐渐交由太监来代替执行。
因为，当时司礼监主要负责管理皇帝文书和印玺，所以这个批红的职责，自然而然就落到司礼监的头上。在这种背景下，司礼监遂上升为“十二监”之首，成为内廷权力最大之机构。
当时，司礼监内部设掌印太监、秉笔太监、随堂太监和提督太监。其中，掌印太监在司礼监中排名第一，主要负责保管皇帝的印玺，完成“批红”最后的盖印环节。至于秉笔太监，地位仅次于掌印太监，主要负责保管皇帝审核奏折的御笔，完成“批红”中的批阅环节。
通俗点解释，就是明朝政府处理某项事情的正常流程，是先由内阁大臣提出解决方案，然后由皇帝审阅，如果皇帝同意这个方案，就让秉笔太监在这个方案上面打勾；如果皇帝对这份方案不满，就会让秉笔太监在这个方案上写上自己的改进意见。
当然，不管是直接打勾，还是写上自己的改进意见，接下来这个方案都要再移交给掌印太监进行最后的盖章确认。如果掌印太监认同这个方案，就直接盖章确认，然后交由内阁去执行；如果掌印太监不认同这个方案，可以拒绝在方案上盖章，并将其打回去重审。
从这里可以看出，掌印太监的权力，可以说是非常大，因为他能直接否决皇帝和内阁大臣的意见，所以当时人们又把掌印太监与内阁首辅相提并论，而把秉笔太监比作是内阁的次辅。
在这种背景下，司礼监也形成为一个以掌印、秉笔太监为首脑的内朝机构，他们在权力上，完全可以与内阁这个外朝机构分庭抗礼。
回到魏忠贤身上来，他作为天启年间最有权势的太监，按理说掌印太监理应当由他担任才对，但为何他却仅仅只担任一个排名第二的秉笔太监呢？其实，这个主要是由这两个职位的工作内容决定的。
首先，掌印太监的权力虽然最大，但他只有否定权。换句话说，对于内阁提出的方案，它只能选择同意或者不同意，而不能对其进行修改，更不能提出自己的解决方案。
在这种背景下，掌印太监的权力，实际上有很大的局限性。因为，皇帝审核或修改过的方案，掌印太监又哪里敢否决呢？
反观秉笔太监，他可以名正言顺地在方案上提出自己的看法和意见，虽然通常情况下，他的看法和意见，都是皇帝的授意，或者事先要经过皇帝的首肯才行。可问题是，不是每个皇帝都愿意事无巨细，所以这个时候秉笔太监的操作空间，就变得非常之大。
比如，如果皇帝非常勤奋，凡事事必躬亲，这样秉笔太监自然就变成一个传话筒，没有什么实际价值；问题是，如果皇帝非常懒惰，而且又对这个秉笔太监非常信任，让他全权代理自己进行批复。在这种背景下，这个秉笔太监的权力，就变得非常可怕！
因为，这种情况下的秉笔太监，已经可以直接根据自己的想法，对国家的军政大事进行干涉，并提出自己的意见。关键是，皇帝既然愿意把这样一份权力交由秉笔太监来全权处理，也就意味着秉笔太监的意见，皇帝都是默认同意。这样一来，掌印太监又哪里敢否决呢？
与此同时，按照明朝的规定，通常情况下，东厂都督都是由秉笔太监来兼任，这样秉笔太监又相当于掌握了一支监察文武百官的特殊机构。面对这样一份武装力量，再配合他可以直接干涩军国大事，在这种背景下，秉笔太监其实就相当于在扮演皇帝的角色。
这也是为什么魏忠贤只当秉笔太监的原因，因为天启皇帝对他实在太信任，将批复内阁方案的权力全都交给他直接负责。在这种背景下，魏忠贤跑去当掌印太监，不是白白放弃手中这份大好权力吗？因此他就举荐王体乾去当掌印太监，自己则继续当秉笔太监。
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